Structural Bioinformatics and Molecular Modeling
CRBM-CNRS Montpellier

Details of the profile LRR_BACT_20

Profile
Accession Number PS50500
Filename lrr_bact_20.prf
Author Andrey Kajava
Theme Leucine Rich Repeat
Category Repeats
Validated Yes
Description
Bacterial LRR subfamily profile
Full profile
ID   LRR_BACT_20; MATRIX.
AC   PS50500;
DT   OCT-2001 (CREATED); OCT-2001 (DATA UPDATE); OCT-2001 (INFO UPDATE).
DE   Bacterial 20-residue LRR profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=60;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=55;
CC   Automatic scaling using big reversed database;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.3868; R2=0.01087866; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1342; N_SCORE=15.0; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=665; N_SCORE=7.6; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; M0=-8;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='S'; M=-3,4,-21,6,3,-22,4,-6,-26,-4,-26,-19,7,-11,-1,-3,15,1,-19,-29,-15,0;
MA   /M: SY='N'; M=-9,13,-23,6,2,-10,2,-1,-22,-7,-22,-17,21,-18,-5,-7,4,-5,-23,-25,-8,-2;
MA   /M: SY='N'; M=-10,40,-20,20,0,-20,0,10,-20,0,-30,-20,60,-20,0,0,10,0,-30,-40,-20,0;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='Q'; M=-11,-2,-27,-5,4,-21,-18,4,-13,4,-16,-6,5,-16,14,9,-2,-7,-17,-20,-6,7;
MA   /M: SY='L'; M=-11,-30,-21,-31,-21,14,-31,-21,21,-30,45,19,-29,-29,-21,-21,-29,-10,11,-18,2,-21;
MA   /M: SY='T'; M=-2,0,-21,-3,8,-19,-17,-8,-18,6,-17,-12,2,-11,4,5,6,10,-13,-26,-11,5;
MA   /M: SY='E'; M=-3,2,-22,2,11,-22,-8,-8,-20,2,-20,-15,4,-11,2,3,9,3,-15,-30,-17,6;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-30,-19,-30,-21,9,-30,-21,21,-29,48,19,-30,-30,-21,-20,-29,-9,12,-21,-1,-21;
MA   /M: SY='P'; M=-7,-17,-25,-10,-2,-28,-18,-19,-21,-11,-29,-20,-15,66,-10,-19,-2,-5,-26,-33,-28,-10;
MA   /M: SY='E'; M=-7,14,-26,22,31,-28,-16,-5,-27,5,-20,-19,3,-6,8,-1,2,-4,-22,-31,-18,19;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-29,-20,-30,-20,12,-29,-18,19,-28,46,22,-29,-29,-19,-19,-29,-10,10,-19,1,-20;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
MA   /M: SY='P'; M=-10,-21,-38,-12,-2,-25,-21,-20,-15,-12,-21,-15,-21,76,-11,-20,-12,-10,-25,-29,-26,-11;
MA   /M: SY='P'; M=-5,-7,-30,-3,6,-28,-16,-7,-19,-5,-22,-13,-7,32,7,-10,-1,-6,-24,-29,-20,5;
MA   /M: SY='N'; M=-5,-1,-21,-5,-1,-8,-4,-5,-20,-5,-18,-12,6,-16,-3,-3,5,-1,-17,-24,-10,-2;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20,10,-30,-20,20,-30,50,20,-30,-30,-20,-20,-30,-10,10,-20,0,-20;
MA   /M: SY='E'; M=-9,-4,-25,-5,10,-17,-21,-8,-13,5,-11,-7,-5,-12,6,2,-3,3,-12,-21,-5,7;
MA   /M: SY='Y'; M=-3,-7,-25,-8,3,-8,-19,-7,-13,-1,-13,-9,-7,-15,0,-3,-3,-3,-12,-8,4,1;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-22,-32,-22,8,-32,-22,25,-30,45,20,-28,-28,-20,-22,-28,-10,13,-20,0,-22;
MA   /M: SY='N'; M=-11,3,-21,-2,-7,-8,-9,5,-17,-5,-17,-11,9,-21,-7,-3,-6,-9,-17,-14,2,-8;
MA   /M: SY='V'; M=20,-22,-12,-27,-22,-8,-18,-26,15,-17,2,2,-21,-21,-21,-21,-2,-1,27,-25,-13,-22;
MA   /M: SY='S'; M=-3,4,-21,6,3,-22,4,-6,-26,-4,-26,-19,7,-11,-1,-3,15,1,-19,-29,-15,0;
MA   /M: SY='N'; M=-9,13,-23,6,2,-10,2,-1,-22,-7,-22,-17,21,-18,-5,-7,4,-5,-23,-25,-8,-2;
MA   /M: SY='N'; M=-10,40,-20,20,0,-20,0,10,-20,0,-30,-20,60,-20,0,0,10,0,-30,-40,-20,0;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='Q'; M=-11,-2,-27,-5,4,-21,-18,4,-13,4,-16,-6,5,-16,14,9,-2,-7,-17,-20,-6,7;
MA   /M: SY='L'; M=-11,-30,-21,-31,-21,14,-31,-21,21,-30,45,19,-29,-29,-21,-21,-29,-10,11,-18,2,-21;
MA   /M: SY='T'; M=-2,0,-21,-3,8,-19,-17,-8,-18,6,-17,-12,2,-11,4,5,6,10,-13,-26,-11,5;
MA   /M: SY='E'; M=-3,2,-22,2,11,-22,-8,-8,-20,2,-20,-15,4,-11,2,3,9,3,-15,-30,-17,6;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-30,-19,-30,-21,9,-30,-21,21,-29,48,19,-30,-30,-21,-20,-29,-9,12,-21,-1,-21;
MA   /M: SY='P'; M=-7,-17,-25,-10,-2,-28,-18,-19,-21,-11,-29,-20,-15,66,-10,-19,-2,-5,-26,-33,-28,-10;
MA   /M: SY='E'; M=-7,14,-26,22,31,-28,-16,-5,-27,5,-20,-19,3,-6,8,-1,2,-4,-22,-31,-18,19;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-29,-20,-30,-20,12,-29,-18,19,-28,46,22,-29,-29,-19,-19,-29,-10,10,-19,1,-20;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
MA   /M: SY='P'; M=-10,-21,-38,-12,-2,-25,-21,-20,-15,-12,-21,-15,-21,76,-11,-20,-12,-10,-25,-29,-26,-11;
MA   /M: SY='P'; M=-5,-7,-30,-3,6,-28,-16,-7,-19,-5,-22,-13,-7,32,7,-10,-1,-6,-24,-29,-20,5;
MA   /M: SY='N'; M=-5,-1,-21,-5,-1,-8,-4,-5,-20,-5,-18,-12,6,-16,-3,-3,5,-1,-17,-24,-10,-2;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20,10,-30,-20,20,-30,50,20,-30,-30,-20,-20,-30,-10,10,-20,0,-20;
MA   /M: SY='E'; M=-9,-4,-25,-5,10,-17,-21,-8,-13,5,-11,-7,-5,-12,6,2,-3,3,-12,-21,-5,7;
MA   /M: SY='Y'; M=-3,-7,-25,-8,3,-8,-19,-7,-13,-1,-13,-9,-7,-15,0,-3,-3,-3,-12,-8,4,1;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-22,-32,-22,8,-32,-22,25,-30,45,20,-28,-28,-20,-22,-28,-10,13,-20,0,-22;
MA   /M: SY='N'; M=-11,3,-21,-2,-7,-8,-9,5,-17,-5,-17,-11,9,-21,-7,-3,-6,-9,-17,-14,2,-8;
MA   /M: SY='V'; M=20,-22,-12,-27,-22,-8,-18,-26,15,-17,2,2,-21,-21,-21,-21,-2,-1,27,-25,-13,-22;
MA   /M: SY='S'; M=-3,4,-21,6,3,-22,4,-6,-26,-4,-26,-19,7,-11,-1,-3,15,1,-19,-29,-15,0;
MA   /M: SY='N'; M=-9,13,-23,6,2,-10,2,-1,-22,-7,-22,-17,21,-18,-5,-7,4,-5,-23,-25,-8,-2;
MA   /M: SY='N'; M=-10,40,-20,20,0,-20,0,10,-20,0,-30,-20,60,-20,0,0,10,0,-30,-40,-20,0;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='Q'; M=-11,-2,-27,-5,4,-21,-18,4,-13,4,-16,-6,5,-16,14,9,-2,-7,-17,-20,-6,7;
MA   /M: SY='L'; M=-11,-30,-21,-31,-21,14,-31,-21,21,-30,45,19,-29,-29,-21,-21,-29,-10,11,-18,2,-21;
MA   /M: SY='T'; M=-2,0,-21,-3,8,-19,-17,-8,-18,6,-17,-12,2,-11,4,5,6,10,-13,-26,-11,5;
MA   /M: SY='E'; M=-3,2,-22,2,11,-22,-8,-8,-20,2,-20,-15,4,-11,2,3,9,3,-15,-30,-17,6;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-30,-19,-30,-21,9,-30,-21,21,-29,48,19,-30,-30,-21,-20,-29,-9,12,-21,-1,-21;
MA   /M: SY='P'; M=-7,-17,-25,-10,-2,-28,-18,-19,-21,-11,-29,-20,-15,66,-10,-19,-2,-5,-26,-33,-28,-10;
MA   /M: SY='E'; M=-7,14,-26,22,31,-28,-16,-5,-27,5,-20,-19,3,-6,8,-1,2,-4,-22,-31,-18,19;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-29,-20,-30,-20,12,-29,-18,19,-28,46,22,-29,-29,-19,-19,-29,-10,10,-19,1,-20;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
MA   /M: SY='P'; M=-10,-21,-38,-12,-2,-25,-21,-20,-15,-12,-21,-15,-21,76,-11,-20,-12,-10,-25,-29,-26,-11;
MA   /M: SY='P'; M=-5,-7,-30,-3,6,-28,-16,-7,-19,-5,-22,-13,-7,32,7,-10,-1,-6,-24,-29,-20,5;
MA   /M: SY='N'; M=-5,-1,-21,-5,-1,-8,-4,-5,-20,-5,-18,-12,6,-16,-3,-3,5,-1,-17,-24,-10,-2;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20,10,-30,-20,20,-30,50,20,-30,-30,-20,-20,-30,-10,10,-20,0,-20;
MA   /M: SY='E'; M=-9,-4,-25,-5,10,-17,-21,-8,-13,5,-11,-7,-5,-12,6,2,-3,3,-12,-21,-5,7;
MA   /M: SY='Y'; M=-3,-7,-25,-8,3,-8,-19,-7,-13,-1,-13,-9,-7,-15,0,-3,-3,-3,-12,-8,4,1;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-22,-32,-22,8,-32,-22,25,-30,45,20,-28,-28,-20,-22,-28,-10,13,-20,0,-22;
MA   /M: SY='N'; M=-11,3,-21,-2,-7,-8,-9,5,-17,-5,-17,-11,9,-21,-7,-3,-6,-9,-17,-14,2,-8;
MA   /M: SY='V'; M=20,-22,-12,-27,-22,-8,-18,-26,15,-17,2,2,-21,-21,-21,-21,-2,-1,27,-25,-13,-22;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /STATUS=submitted;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /AUTHOR=A_Kajava;
DO   QDOC50500;
//