Structural Bioinformatics and Molecular Modeling
CRBM-CNRS Montpellier

Details of the profile LRR_TYPICAL

Profile
Accession Number PS50506
Filename lrr_typical.prf
Author Andrey Kajava
Theme Leucine Rich Repeat
Category Repeats
Validated Yes
Description
Typical subfamily LRR profile
Full profile
ID   LRR_TYPICAL; MATRIX.
AC   PS50506;
DT   OCT-2001 (CREATED); OCT-2001 (DATA UPDATE); OCT-2001 (INFO UPDATE).
DE   Typical LRR profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=72;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=67;
CC   Automatic scaling using big reversed database;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0153; R2=0.02177635; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=617; N_SCORE=15.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=302; N_SCORE=8.6; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; M0=-8;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='N'; M=1,6,-22,4,2,-21,-6,-5,-15,-6,-19,-12,8,-14,4,-9,7,-2,-15,-26,-11,2;
MA   /M: SY='H'; M=-15,19,-27,20,12,-22,-15,33,-27,-3,-22,-14,18,-15,5,-3,-1,-7,-27,-30,-1,7;
MA   /M: SY='N'; M=-8,29,-8,12,-3,-19,-4,3,-20,-4,-27,-19,45,-20,-3,-4,12,6,-24,-40,-20,-3;
MA   /M: SY='Q'; M=-9,4,-27,2,12,-27,-11,15,-23,5,-20,-8,8,-13,19,3,-1,-9,-25,-27,-9,14;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-23,-34,-24,11,-33,-24,29,-29,35,18,-26,-27,-22,-23,-25,-9,18,-19,1,-24;
MA   /M: SY='T'; M=-7,-1,-21,-4,1,-16,-19,-9,-15,2,-15,-10,0,-13,2,5,7,14,-10,-24,-6,0;
MA   /M: SY='R'; M=-6,-4,-20,-6,5,-14,-17,-8,-18,4,-16,-8,0,-12,5,9,8,9,-13,-26,-10,4;
MA   /M: SY='V'; M=-5,-29,-16,-31,-26,3,-30,-25,27,-24,25,17,-29,-29,-24,-20,-18,-5,32,-25,-5,-25;
MA   /M: SY='P'; M=-10,-12,-34,-7,2,-29,-15,-4,-22,-4,-25,-13,-10,41,6,-5,-5,-7,-27,-27,-20,1;
MA   /M: SY='D'; M=-3,5,-25,9,1,-26,4,-11,-25,-6,-24,-18,3,-2,-6,-8,5,-5,-18,-31,-22,-3;
MA   /M: SY='H'; M=-7,-2,-26,-1,3,-22,7,10,-27,-8,-23,-14,4,-9,1,-9,3,-6,-24,-25,-9,0;
MA   /M: SY='L'; M=12,-20,-16,-25,-17,-3,-19,-18,8,-18,15,8,-19,-20,-15,-19,-9,-1,8,-18,-3,-16;
MA   /I: I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27;
MA   /M: SY='F'; M=-12,-20,-17,-25,-17,36,-21,-14,-4,-16,4,-2,-12,-22,-21,-6,-9,-4,-3,-5,11,-17; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
MA   /M: SY='R'; M=-9,7,-22,10,10,-23,-6,-2,-25,7,-22,-15,8,-12,8,15,5,-4,-20,-26,-15,7; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
MA   /M: SY='G'; M=-1,8,-14,5,-3,-14,11,3,-16,-5,-15,-10,11,-10,-4,-6,2,-6,-15,-16,-11,-4; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-27; IM=-27; DM=-27;
MA   /M: SY='L'; M=-1,-21,-12,-23,-15,-7,-17,-17,1,-20,15,7,-21,-11,-12,-18,-16,-9,-3,-23,-11,-14;
MA   /M: SY='P'; M=-3,-12,-23,-11,-4,-13,-18,-16,-14,-6,-17,-13,-9,17,-8,-5,3,7,-11,-26,-15,-8;
MA   /M: SY='N'; M=0,11,-21,1,-3,-21,-1,3,-20,3,-23,-11,21,-16,0,3,6,-3,-19,-30,-15,-2;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-30,-20,-31,-22,8,-31,-22,24,-29,44,19,-29,-29,-21,-21,-28,-9,15,-21,-1,-22;
MA   /M: SY='E'; M=-6,-3,-24,0,12,-16,-19,-6,-15,-2,-5,-8,-6,-14,4,2,-3,-3,-14,-23,-8,7;
MA   /M: SY='H'; M=-2,-10,-23,-10,-2,-15,-16,7,-14,-5,-13,-7,-6,-17,5,-1,0,-5,-12,-11,0,0;
MA   /M: SY='L'; M=-8,-29,-20,-32,-24,6,-31,-22,27,-27,35,21,-28,-28,-20,-21,-24,-8,21,-22,-2,-23;
MA   /M: SY='Y'; M=-10,4,-27,5,-2,-11,-18,8,-15,-1,-15,-9,2,-18,1,-2,-5,-7,-16,-14,13,-3;
MA   /M: SY='L'; M=-8,-29,-18,-30,-22,7,-29,-19,22,-26,39,24,-29,-29,-19,-19,-25,-8,17,-22,-2,-20;
MA   /M: SY='N'; M=1,6,-22,4,2,-21,-6,-5,-15,-6,-19,-12,8,-14,4,-9,7,-2,-15,-26,-11,2;
MA   /M: SY='H'; M=-15,19,-27,20,12,-22,-15,33,-27,-3,-22,-14,18,-15,5,-3,-1,-7,-27,-30,-1,7;
MA   /M: SY='N'; M=-8,29,-8,12,-3,-19,-4,3,-20,-4,-27,-19,45,-20,-3,-4,12,6,-24,-40,-20,-3;
MA   /M: SY='Q'; M=-9,4,-27,2,12,-27,-11,15,-23,5,-20,-8,8,-13,19,3,-1,-9,-25,-27,-9,14;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-23,-34,-24,11,-33,-24,29,-29,35,18,-26,-27,-22,-23,-25,-9,18,-19,1,-24;
MA   /M: SY='T'; M=-7,-1,-21,-4,1,-16,-19,-9,-15,2,-15,-10,0,-13,2,5,7,14,-10,-24,-6,0;
MA   /M: SY='R'; M=-6,-4,-20,-6,5,-14,-17,-8,-18,4,-16,-8,0,-12,5,9,8,9,-13,-26,-10,4;
MA   /M: SY='V'; M=-5,-29,-16,-31,-26,3,-30,-25,27,-24,25,17,-29,-29,-24,-20,-18,-5,32,-25,-5,-25;
MA   /M: SY='P'; M=-10,-12,-34,-7,2,-29,-15,-4,-22,-4,-25,-13,-10,41,6,-5,-5,-7,-27,-27,-20,1;
MA   /M: SY='D'; M=-3,5,-25,9,1,-26,4,-11,-25,-6,-24,-18,3,-2,-6,-8,5,-5,-18,-31,-22,-3;
MA   /M: SY='H'; M=-7,-2,-26,-1,3,-22,7,10,-27,-8,-23,-14,4,-9,1,-9,3,-6,-24,-25,-9,0;
MA   /M: SY='L'; M=12,-20,-16,-25,-17,-3,-19,-18,8,-18,15,8,-19,-20,-15,-19,-9,-1,8,-18,-3,-16;
MA   /I: I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27;
MA   /M: SY='F'; M=-12,-20,-17,-25,-17,36,-21,-14,-4,-16,4,-2,-12,-22,-21,-6,-9,-4,-3,-5,11,-17; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
MA   /M: SY='R'; M=-9,7,-22,10,10,-23,-6,-2,-25,7,-22,-15,8,-12,8,15,5,-4,-20,-26,-15,7; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
MA   /M: SY='G'; M=-1,8,-14,5,-3,-14,11,3,-16,-5,-15,-10,11,-10,-4,-6,2,-6,-15,-16,-11,-4; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-27; IM=-27; DM=-27;
MA   /M: SY='L'; M=-1,-21,-12,-23,-15,-7,-17,-17,1,-20,15,7,-21,-11,-12,-18,-16,-9,-3,-23,-11,-14;
MA   /M: SY='P'; M=-3,-12,-23,-11,-4,-13,-18,-16,-14,-6,-17,-13,-9,17,-8,-5,3,7,-11,-26,-15,-8;
MA   /M: SY='N'; M=0,11,-21,1,-3,-21,-1,3,-20,3,-23,-11,21,-16,0,3,6,-3,-19,-30,-15,-2;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-30,-20,-31,-22,8,-31,-22,24,-29,44,19,-29,-29,-21,-21,-28,-9,15,-21,-1,-22;
MA   /M: SY='E'; M=-6,-3,-24,0,12,-16,-19,-6,-15,-2,-5,-8,-6,-14,4,2,-3,-3,-14,-23,-8,7;
MA   /M: SY='H'; M=-2,-10,-23,-10,-2,-15,-16,7,-14,-5,-13,-7,-6,-17,5,-1,0,-5,-12,-11,0,0;
MA   /M: SY='L'; M=-8,-29,-20,-32,-24,6,-31,-22,27,-27,35,21,-28,-28,-20,-21,-24,-8,21,-22,-2,-23;
MA   /M: SY='Y'; M=-10,4,-27,5,-2,-11,-18,8,-15,-1,-15,-9,2,-18,1,-2,-5,-7,-16,-14,13,-3;
MA   /M: SY='L'; M=-8,-29,-18,-30,-22,7,-29,-19,22,-26,39,24,-29,-29,-19,-19,-25,-8,17,-22,-2,-20;
MA   /M: SY='N'; M=1,6,-22,4,2,-21,-6,-5,-15,-6,-19,-12,8,-14,4,-9,7,-2,-15,-26,-11,2;
MA   /M: SY='H'; M=-15,19,-27,20,12,-22,-15,33,-27,-3,-22,-14,18,-15,5,-3,-1,-7,-27,-30,-1,7;
MA   /M: SY='N'; M=-8,29,-8,12,-3,-19,-4,3,-20,-4,-27,-19,45,-20,-3,-4,12,6,-24,-40,-20,-3;
MA   /M: SY='Q'; M=-9,4,-27,2,12,-27,-11,15,-23,5,-20,-8,8,-13,19,3,-1,-9,-25,-27,-9,14;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-23,-34,-24,11,-33,-24,29,-29,35,18,-26,-27,-22,-23,-25,-9,18,-19,1,-24;
MA   /M: SY='T'; M=-7,-1,-21,-4,1,-16,-19,-9,-15,2,-15,-10,0,-13,2,5,7,14,-10,-24,-6,0;
MA   /M: SY='R'; M=-6,-4,-20,-6,5,-14,-17,-8,-18,4,-16,-8,0,-12,5,9,8,9,-13,-26,-10,4;
MA   /M: SY='V'; M=-5,-29,-16,-31,-26,3,-30,-25,27,-24,25,17,-29,-29,-24,-20,-18,-5,32,-25,-5,-25;
MA   /M: SY='P'; M=-10,-12,-34,-7,2,-29,-15,-4,-22,-4,-25,-13,-10,41,6,-5,-5,-7,-27,-27,-20,1;
MA   /M: SY='D'; M=-3,5,-25,9,1,-26,4,-11,-25,-6,-24,-18,3,-2,-6,-8,5,-5,-18,-31,-22,-3;
MA   /M: SY='H'; M=-7,-2,-26,-1,3,-22,7,10,-27,-8,-23,-14,4,-9,1,-9,3,-6,-24,-25,-9,0;
MA   /M: SY='L'; M=12,-20,-16,-25,-17,-3,-19,-18,8,-18,15,8,-19,-20,-15,-19,-9,-1,8,-18,-3,-16;
MA   /I: I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27;
MA   /M: SY='F'; M=-12,-20,-17,-25,-17,36,-21,-14,-4,-16,4,-2,-12,-22,-21,-6,-9,-4,-3,-5,11,-17; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
MA   /M: SY='R'; M=-9,7,-22,10,10,-23,-6,-2,-25,7,-22,-15,8,-12,8,15,5,-4,-20,-26,-15,7; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
MA   /M: SY='G'; M=-1,8,-14,5,-3,-14,11,3,-16,-5,-15,-10,11,-10,-4,-6,2,-6,-15,-16,-11,-4; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-27; IM=-27; DM=-27;
MA   /M: SY='L'; M=-1,-21,-12,-23,-15,-7,-17,-17,1,-20,15,7,-21,-11,-12,-18,-16,-9,-3,-23,-11,-14;
MA   /M: SY='P'; M=-3,-12,-23,-11,-4,-13,-18,-16,-14,-6,-17,-13,-9,17,-8,-5,3,7,-11,-26,-15,-8;
MA   /M: SY='N'; M=0,11,-21,1,-3,-21,-1,3,-20,3,-23,-11,21,-16,0,3,6,-3,-19,-30,-15,-2;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-30,-20,-31,-22,8,-31,-22,24,-29,44,19,-29,-29,-21,-21,-28,-9,15,-21,-1,-22;
MA   /M: SY='E'; M=-6,-3,-24,0,12,-16,-19,-6,-15,-2,-5,-8,-6,-14,4,2,-3,-3,-14,-23,-8,7;
MA   /M: SY='H'; M=-2,-10,-23,-10,-2,-15,-16,7,-14,-5,-13,-7,-6,-17,5,-1,0,-5,-12,-11,0,0;
MA   /M: SY='L'; M=-8,-29,-20,-32,-24,6,-31,-22,27,-27,35,21,-28,-28,-20,-21,-24,-8,21,-22,-2,-23;
MA   /M: SY='Y'; M=-10,4,-27,5,-2,-11,-18,8,-15,-1,-15,-9,2,-18,1,-2,-5,-7,-16,-14,13,-3;
MA   /M: SY='L'; M=-8,-29,-18,-30,-22,7,-29,-19,22,-26,39,24,-29,-29,-19,-19,-25,-8,17,-22,-2,-20;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /STATUS=submitted;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /AUTHOR=A_Kajava;
DO   QDOC50500;
//