Structural Bioinformatics and Molecular Modeling
CRBM-CNRS Montpellier

Details of the profile LRR_PS

Profile
Accession Number PS50502
Filename lrr_ps.prf
Author Andrey Kajava
Theme Leucine Rich Repeat
Category Repeats
Validated Yes
Description
Plant specific LRR subfamily profile
Full profile
ID   LRR_PS; MATRIX.
AC   PS50502;
DT   OCT-2001 (CREATED); OCT-2001 (DATA UPDATE); OCT-2001 (INFO UPDATE).
DE   Plant specific LRR profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=72;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=67;
CC   Automatic scaling using big reversed database;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1908; R2=0.01520676; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=629; N_SCORE=11.8; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=286; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='S'; M=4,-1,-18,-5,-4,-11,-7,-7,-16,-8,-18,-13,4,-15,-4,-6,11,4,-12,-25,-9,-4;
MA   /M: SY='N'; M=-11,4,-27,2,-1,-14,-5,-2,-21,2,-21,-12,8,-17,-3,1,-3,-8,-20,-18,-6,-3;
MA   /M: SY='N'; M=-7,31,-17,14,-1,-20,-3,7,-18,-1,-26,-15,48,-19,1,-2,8,1,-26,-38,-19,0;
MA   /M: SY='R'; M=-6,4,-22,0,2,-19,-11,-1,-19,7,-20,-8,12,-15,6,13,6,-1,-17,-29,-13,3;
MA   /M: SY='L'; M=-12,-30,-21,-34,-25,25,-32,-22,21,-29,33,14,-26,-28,-26,-22,-25,-9,14,-13,7,-25;
MA   /M: SY='S'; M=5,-1,-13,-4,0,-15,-10,-12,-13,-8,-19,-14,3,-12,-4,-10,22,20,-5,-32,-13,-2;
MA   /M: SY='G'; M=-1,-11,-29,-12,-21,-23,64,-20,-38,-21,-28,-19,-1,-21,-21,-20,-1,-19,-28,-18,-26,-21;
MA   /M: SY='E'; M=-1,4,-23,9,11,-25,-13,-10,-21,-2,-22,-16,0,7,1,-9,9,4,-17,-32,-19,5;
MA   /M: SY='I'; M=-6,-29,-24,-35,-26,2,-34,-26,36,-28,28,18,-24,-24,-20,-25,-21,-9,23,-21,-2,-26;
MA   /M: SY='P'; M=-6,-15,-33,-8,-2,-28,-11,-18,-21,-11,-29,-20,-13,63,-9,-18,0,-3,-25,-31,-28,-9;
MA   /M: SY='E'; M=-2,1,-24,3,4,-24,-11,-8,-18,1,-20,-11,0,1,0,-5,0,-5,-14,-29,-17,1;
MA   /M: SY='S'; M=-3,-4,-19,-5,0,-7,-10,-12,-13,-11,-10,-10,-1,-16,-6,-11,5,2,-9,-22,-10,-2;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-22,-23,-24,-19,9,-22,-17,12,-23,19,10,-19,-24,-16,-19,-17,-9,6,-16,3,-18;
MA   /M: SY='G'; M=1,-9,-19,-13,-15,-15,17,-17,-19,-16,-14,-12,-3,-16,-14,-16,1,-3,-14,-21,-17,-15;
MA   /M: SY='S'; M=-1,-1,-21,-4,-3,-19,-3,-8,-17,-4,-17,-9,4,-11,1,-4,7,0,-15,-28,-15,-1;
MA   /M: SY='L'; M=-6,-10,-17,-13,-11,-4,-22,-16,0,-13,9,2,-10,-21,-12,-13,-10,-2,-1,-22,-6,-11;
MA   /M: SY='K'; M=-6,3,-19,0,5,-24,-10,-9,-24,11,-24,-14,6,-4,2,3,2,0,-20,-29,-17,3;
MA   /I: I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27;
MA   /M: SY='N'; M=-4,2,-15,-3,-3,-9,-7,-2,-14,-2,-15,-9,7,-7,-2,-2,6,5,-12,-21,-8,-3; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-28,-19,-30,-21,11,-30,-21,19,-28,42,17,-28,-29,-21,-20,-25,-6,12,-20,0,-21;
MA   /M: SY='Q'; M=-5,1,-23,-3,5,-23,-14,-5,-14,7,-19,-8,4,-13,9,2,3,0,-13,-27,-12,6;
MA   /M: SY='R'; M=-5,-7,-22,-8,-1,-11,-10,-8,-14,-2,-14,-9,-3,-16,-3,1,1,-1,-10,-21,-5,-3;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-30,-20,-32,-24,9,-31,-22,27,-28,35,20,-27,-28,-21,-21,-24,-8,20,-20,0,-23;
MA   /M: SY='D'; M=-13,14,-27,16,5,-21,-15,4,-22,-2,-20,-14,9,-15,0,-3,-2,-5,-20,-18,-7,1;
MA   /M: SY='L'; M=-8,-29,-21,-31,-22,10,-26,-22,20,-28,36,15,-26,-28,-22,-21,-24,-9,12,-19,0,-22;
MA   /M: SY='S'; M=4,-1,-18,-5,-4,-11,-7,-7,-16,-8,-18,-13,4,-15,-4,-6,11,4,-12,-25,-9,-4;
MA   /M: SY='N'; M=-11,4,-27,2,-1,-14,-5,-2,-21,2,-21,-12,8,-17,-3,1,-3,-8,-20,-18,-6,-3;
MA   /M: SY='N'; M=-7,31,-17,14,-1,-20,-3,7,-18,-1,-26,-15,48,-19,1,-2,8,1,-26,-38,-19,0;
MA   /M: SY='R'; M=-6,4,-22,0,2,-19,-11,-1,-19,7,-20,-8,12,-15,6,13,6,-1,-17,-29,-13,3;
MA   /M: SY='L'; M=-12,-30,-21,-34,-25,25,-32,-22,21,-29,33,14,-26,-28,-26,-22,-25,-9,14,-13,7,-25;
MA   /M: SY='S'; M=5,-1,-13,-4,0,-15,-10,-12,-13,-8,-19,-14,3,-12,-4,-10,22,20,-5,-32,-13,-2;
MA   /M: SY='G'; M=-1,-11,-29,-12,-21,-23,64,-20,-38,-21,-28,-19,-1,-21,-21,-20,-1,-19,-28,-18,-26,-21;
MA   /M: SY='E'; M=-1,4,-23,9,11,-25,-13,-10,-21,-2,-22,-16,0,7,1,-9,9,4,-17,-32,-19,5;
MA   /M: SY='I'; M=-6,-29,-24,-35,-26,2,-34,-26,36,-28,28,18,-24,-24,-20,-25,-21,-9,23,-21,-2,-26;
MA   /M: SY='P'; M=-6,-15,-33,-8,-2,-28,-11,-18,-21,-11,-29,-20,-13,63,-9,-18,0,-3,-25,-31,-28,-9;
MA   /M: SY='E'; M=-2,1,-24,3,4,-24,-11,-8,-18,1,-20,-11,0,1,0,-5,0,-5,-14,-29,-17,1;
MA   /M: SY='S'; M=-3,-4,-19,-5,0,-7,-10,-12,-13,-11,-10,-10,-1,-16,-6,-11,5,2,-9,-22,-10,-2;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-22,-23,-24,-19,9,-22,-17,12,-23,19,10,-19,-24,-16,-19,-17,-9,6,-16,3,-18;
MA   /M: SY='G'; M=1,-9,-19,-13,-15,-15,17,-17,-19,-16,-14,-12,-3,-16,-14,-16,1,-3,-14,-21,-17,-15;
MA   /M: SY='S'; M=-1,-1,-21,-4,-3,-19,-3,-8,-17,-4,-17,-9,4,-11,1,-4,7,0,-15,-28,-15,-1;
MA   /M: SY='L'; M=-6,-10,-17,-13,-11,-4,-22,-16,0,-13,9,2,-10,-21,-12,-13,-10,-2,-1,-22,-6,-11;
MA   /M: SY='K'; M=-6,3,-19,0,5,-24,-10,-9,-24,11,-24,-14,6,-4,2,3,2,0,-20,-29,-17,3;
MA   /I: I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27;
MA   /M: SY='N'; M=-4,2,-15,-3,-3,-9,-7,-2,-14,-2,-15,-9,7,-7,-2,-2,6,5,-12,-21,-8,-3; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-28,-19,-30,-21,11,-30,-21,19,-28,42,17,-28,-29,-21,-20,-25,-6,12,-20,0,-21;
MA   /M: SY='Q'; M=-5,1,-23,-3,5,-23,-14,-5,-14,7,-19,-8,4,-13,9,2,3,0,-13,-27,-12,6;
MA   /M: SY='R'; M=-5,-7,-22,-8,-1,-11,-10,-8,-14,-2,-14,-9,-3,-16,-3,1,1,-1,-10,-21,-5,-3;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-30,-20,-32,-24,9,-31,-22,27,-28,35,20,-27,-28,-21,-21,-24,-8,20,-20,0,-23;
MA   /M: SY='D'; M=-13,14,-27,16,5,-21,-15,4,-22,-2,-20,-14,9,-15,0,-3,-2,-5,-20,-18,-7,1;
MA   /M: SY='L'; M=-8,-29,-21,-31,-22,10,-26,-22,20,-28,36,15,-26,-28,-22,-21,-24,-9,12,-19,0,-22;
MA   /M: SY='S'; M=4,-1,-18,-5,-4,-11,-7,-7,-16,-8,-18,-13,4,-15,-4,-6,11,4,-12,-25,-9,-4;
MA   /M: SY='N'; M=-11,4,-27,2,-1,-14,-5,-2,-21,2,-21,-12,8,-17,-3,1,-3,-8,-20,-18,-6,-3;
MA   /M: SY='N'; M=-7,31,-17,14,-1,-20,-3,7,-18,-1,-26,-15,48,-19,1,-2,8,1,-26,-38,-19,0;
MA   /M: SY='R'; M=-6,4,-22,0,2,-19,-11,-1,-19,7,-20,-8,12,-15,6,13,6,-1,-17,-29,-13,3;
MA   /M: SY='L'; M=-12,-30,-21,-34,-25,25,-32,-22,21,-29,33,14,-26,-28,-26,-22,-25,-9,14,-13,7,-25;
MA   /M: SY='S'; M=5,-1,-13,-4,0,-15,-10,-12,-13,-8,-19,-14,3,-12,-4,-10,22,20,-5,-32,-13,-2;
MA   /M: SY='G'; M=-1,-11,-29,-12,-21,-23,64,-20,-38,-21,-28,-19,-1,-21,-21,-20,-1,-19,-28,-18,-26,-21;
MA   /M: SY='E'; M=-1,4,-23,9,11,-25,-13,-10,-21,-2,-22,-16,0,7,1,-9,9,4,-17,-32,-19,5;
MA   /M: SY='I'; M=-6,-29,-24,-35,-26,2,-34,-26,36,-28,28,18,-24,-24,-20,-25,-21,-9,23,-21,-2,-26;
MA   /M: SY='P'; M=-6,-15,-33,-8,-2,-28,-11,-18,-21,-11,-29,-20,-13,63,-9,-18,0,-3,-25,-31,-28,-9;
MA   /M: SY='E'; M=-2,1,-24,3,4,-24,-11,-8,-18,1,-20,-11,0,1,0,-5,0,-5,-14,-29,-17,1;
MA   /M: SY='S'; M=-3,-4,-19,-5,0,-7,-10,-12,-13,-11,-10,-10,-1,-16,-6,-11,5,2,-9,-22,-10,-2;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-22,-23,-24,-19,9,-22,-17,12,-23,19,10,-19,-24,-16,-19,-17,-9,6,-16,3,-18;
MA   /M: SY='G'; M=1,-9,-19,-13,-15,-15,17,-17,-19,-16,-14,-12,-3,-16,-14,-16,1,-3,-14,-21,-17,-15;
MA   /M: SY='S'; M=-1,-1,-21,-4,-3,-19,-3,-8,-17,-4,-17,-9,4,-11,1,-4,7,0,-15,-28,-15,-1;
MA   /M: SY='L'; M=-6,-10,-17,-13,-11,-4,-22,-16,0,-13,9,2,-10,-21,-12,-13,-10,-2,-1,-22,-6,-11;
MA   /M: SY='K'; M=-6,3,-19,0,5,-24,-10,-9,-24,11,-24,-14,6,-4,2,3,2,0,-20,-29,-17,3;
MA   /I: I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27;
MA   /M: SY='N'; M=-4,2,-15,-3,-3,-9,-7,-2,-14,-2,-15,-9,7,-7,-2,-2,6,5,-12,-21,-8,-3; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-28,-19,-30,-21,11,-30,-21,19,-28,42,17,-28,-29,-21,-20,-25,-6,12,-20,0,-21;
MA   /M: SY='Q'; M=-5,1,-23,-3,5,-23,-14,-5,-14,7,-19,-8,4,-13,9,2,3,0,-13,-27,-12,6;
MA   /M: SY='R'; M=-5,-7,-22,-8,-1,-11,-10,-8,-14,-2,-14,-9,-3,-16,-3,1,1,-1,-10,-21,-5,-3;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-30,-20,-32,-24,9,-31,-22,27,-28,35,20,-27,-28,-21,-21,-24,-8,20,-20,0,-23;
MA   /M: SY='D'; M=-13,14,-27,16,5,-21,-15,4,-22,-2,-20,-14,9,-15,0,-3,-2,-5,-20,-18,-7,1;
MA   /M: SY='L'; M=-8,-29,-21,-31,-22,10,-26,-22,20,-28,36,15,-26,-28,-22,-21,-24,-9,12,-19,0,-22;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /STATUS=submitted;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /AUTHOR=A_Kajava;
DO   QDOC50500;
//