Structural Bioinformatics and Molecular Modeling
CRBM-CNRS Montpellier

Details of the profile 1VH4_v5

Profile
Accession Number AK00167
Filename 1VH4_v5.prf
Author Laurent Guth
Theme beta solenoid
Category Repeats
Validated Yes
Description
beta solenoid profile based on SufD protein from E.Coli (3 repeats)
Full profile
ID   1VH4_v5; MATRIX.
AC   AK00167;
DT   Fri May  5 16:07:32 2006
DE   beta solenoid profile based on SufD protein from E.Coli (3 repeats)
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=85;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=80;
CC   Automatic scaling using big reversed database;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.6036; R2=0.05014392; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=117; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=77; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='Q'; M=-3,-12,-22,-14,-7,-13,-15,-8,-6,-2,-5,-1,-9,-20,2,1,-6,-6,-4,-19,-3,-4;
MA   /M: SY='S'; M=7,3,-18,1,3,-22,-5,6,-19,-7,-21,-13,7,-13,2,-9,12,0,-14,-31,-14,2;
MA   /M: SY='F'; M=-5,-18,-20,-23,-17,8,-24,-7,4,-15,5,5,-14,-22,-13,-11,-10,-3,4,-15,7,-15;
MA   /M: SY='A'; M=7,-8,-14,-13,-11,-15,-1,1,-15,-14,-14,-9,-3,-17,-8,-14,6,1,-10,-24,-7,-11;
MA   /M: M=-11,-4,-25,-4,-10,-12,-10,-1,-12,-9,-14,-8,0,-14,-10,-4,-5,-8,-7,-26,-9,-12;
MA   /M: SY='Y'; M=3,-14,-20,-20,-15,9,-15,1,-9,-13,-6,-4,-9,-19,-14,-10,-4,-2,-6,-10,10,-15;
MA   /M: SY='H'; M=-14,4,-10,0,-4,-20,-15,17,-25,3,-22,-12,13,-21,1,17,-1,-7,-20,-32,-9,-4;
MA   /M: SY='T'; M=-6,-1,-20,-9,-11,-10,-3,-2,-14,-12,-9,-5,5,-18,-7,-10,2,9,-12,-24,-7,-9;
MA   /M: SY='H'; M=-9,-3,-23,-1,0,-9,-17,4,-16,-6,-10,-7,-3,-17,-3,-7,-1,-1,-13,-17,2,-2;
MA   /M: SY='I'; M=-3,-25,-21,-32,-24,0,-30,-25,28,-24,21,15,-21,-22,-19,-23,-15,-3,22,-22,-4,-23;
MA   /M: SY='E'; M=-5,3,-23,1,8,-16,-17,-5,-14,1,-11,-6,1,-14,6,-3,-2,-2,-14,-23,-8,7;
MA   /M: SY='V'; M=-7,-21,-19,-22,-17,-4,-29,-4,15,-19,12,9,-19,-24,-16,-16,-13,-5,19,-27,-2,-18;
MA   /M: SY='G'; M=11,3,-21,-5,-9,-23,17,-7,-23,-9,-23,-16,12,-12,-8,-10,7,-6,-19,-27,-21,-9;
MA   /I: I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25;
MA   /M: SY='N'; M=-6,4,-24,3,6,-25,-2,0,-23,4,-23,-13,7,-2,6,1,1,-6,-22,-25,-15,5; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
MA   /M: SY='E'; M=-3,0,-14,2,6,-13,-1,6,-15,-1,-12,-8,1,-1,2,-1,0,-5,-13,-14,-7,3; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
MA   /M: SY='N'; M=-6,6,-24,4,-3,-18,0,3,-24,-2,-20,-13,10,-17,-3,-2,1,-6,-20,-25,-9,-3;
MA   /M: SY='A'; M=22,-6,-2,-12,-5,-19,-4,-17,-16,-11,-17,-14,-4,-12,-8,-16,16,11,-6,-29,-19,-7;
MA   /M: SY='N'; M=-9,13,-23,12,8,-23,-13,8,-22,2,-22,-14,15,-14,4,3,6,0,-19,-33,-12,5;
MA   /M: SY='A'; M=7,-15,-10,-19,-16,-5,-9,-18,-4,-18,0,-4,-12,-20,-16,-17,1,3,3,-24,-9,-16;
MA   /M: SY='R'; M=-11,0,-18,-2,0,-19,-18,-5,-17,4,-17,-9,4,-16,8,12,1,-1,-15,-27,-11,2;
MA   /M: SY='M'; M=-7,-12,-22,-14,-7,-15,-21,7,1,-10,-3,8,-8,-19,8,-8,-3,-5,0,-26,-4,-1;
MA   /M: SY='I'; M=-8,-10,-22,-15,-12,-6,-25,-13,12,-18,9,4,-6,-20,-12,-16,-9,-1,6,-27,-6,-13;
MA   /M: SY='N'; M=-8,8,-24,5,10,-23,-9,13,-23,3,-24,-14,16,-13,5,3,6,-4,-22,-32,-11,6;
MA   /M: SY='Y'; M=-13,-12,-24,-15,-11,3,-24,6,-5,-7,6,3,-7,-24,-9,-2,-16,-10,-7,-17,7,-11;
MA   /M: SY='I'; M=0,-10,-13,-18,-16,0,-16,-16,2,-17,2,-1,-3,-21,-14,-16,-6,-2,0,-23,-8,-15;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-27,-21,-32,-23,12,-29,-21,21,-24,26,15,-24,-26,-21,-18,-21,-8,16,-17,1,-23;
MA   /M: M=-3,-16,-24,-14,-5,-13,-7,-18,-6,-15,-4,-6,-15,-10,-12,-16,-6,-7,-4,-16,-13,-9;
MA   /M: M=0,-7,-14,-11,-9,-14,-13,-12,-3,-13,-2,0,-3,-15,-4,-14,-2,-4,-5,-28,-13,-7;
MA   /M: SY='N'; M=-5,15,-24,15,10,-27,2,-5,-28,2,-27,-20,16,-9,1,-2,7,-4,-24,-32,-20,5;
MA   /I: I=-5; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
MA   /M: SY='Q'; M=-3,-10,-18,-11,-6,-11,-13,-7,-5,-2,-4,-1,-7,-17,2,0,-5,-5,-3,-16,-3,-3; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
MA   /M: SY='S'; M=6,2,-15,1,3,-19,-4,5,-16,-5,-17,-11,5,-11,2,-7,10,0,-12,-26,-11,2; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-25; IM=-25; DM=-25;
MA   /M: SY='F'; M=-5,-18,-20,-23,-17,8,-24,-7,4,-15,5,5,-14,-22,-13,-11,-10,-3,4,-15,7,-15;
MA   /M: SY='A'; M=7,-8,-14,-13,-11,-15,-1,1,-15,-14,-14,-9,-3,-17,-8,-14,6,1,-10,-24,-7,-11;
MA   /M: M=-11,-4,-25,-4,-10,-12,-10,-1,-12,-9,-14,-8,0,-14,-10,-4,-5,-8,-7,-26,-9,-12;
MA   /M: SY='Y'; M=3,-14,-20,-20,-15,9,-15,1,-9,-13,-6,-4,-9,-19,-14,-10,-4,-2,-6,-10,10,-15;
MA   /M: SY='H'; M=-14,4,-10,0,-4,-20,-15,17,-25,3,-22,-12,13,-21,1,17,-1,-7,-20,-32,-9,-4;
MA   /M: SY='T'; M=-6,-1,-20,-9,-11,-10,-3,-2,-14,-12,-9,-5,5,-18,-7,-10,2,9,-12,-24,-7,-9;
MA   /M: SY='H'; M=-9,-3,-23,-1,0,-9,-17,4,-16,-6,-10,-7,-3,-17,-3,-7,-1,-1,-13,-17,2,-2;
MA   /M: SY='I'; M=-3,-25,-21,-32,-24,0,-30,-25,28,-24,21,15,-21,-22,-19,-23,-15,-3,22,-22,-4,-23;
MA   /M: SY='E'; M=-5,3,-23,1,8,-16,-17,-5,-14,1,-11,-6,1,-14,6,-3,-2,-2,-14,-23,-8,7;
MA   /M: SY='V'; M=-7,-21,-19,-22,-17,-4,-29,-4,15,-19,12,9,-19,-24,-16,-16,-13,-5,19,-27,-2,-18;
MA   /M: SY='G'; M=11,3,-21,-5,-9,-23,17,-7,-23,-9,-23,-16,12,-12,-8,-10,7,-6,-19,-27,-21,-9;
MA   /I: I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25;
MA   /M: SY='N'; M=-6,4,-24,3,6,-25,-2,0,-23,4,-23,-13,7,-2,6,1,1,-6,-22,-25,-15,5; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
MA   /M: SY='E'; M=-3,0,-14,2,6,-13,-1,6,-15,-1,-12,-8,1,-1,2,-1,0,-5,-13,-14,-7,3; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
MA   /M: SY='N'; M=-6,6,-24,4,-3,-18,0,3,-24,-2,-20,-13,10,-17,-3,-2,1,-6,-20,-25,-9,-3;
MA   /M: SY='A'; M=22,-6,-2,-12,-5,-19,-4,-17,-16,-11,-17,-14,-4,-12,-8,-16,16,11,-6,-29,-19,-7;
MA   /M: SY='N'; M=-9,13,-23,12,8,-23,-13,8,-22,2,-22,-14,15,-14,4,3,6,0,-19,-33,-12,5;
MA   /M: SY='A'; M=7,-15,-10,-19,-16,-5,-9,-18,-4,-18,0,-4,-12,-20,-16,-17,1,3,3,-24,-9,-16;
MA   /M: SY='R'; M=-11,0,-18,-2,0,-19,-18,-5,-17,4,-17,-9,4,-16,8,12,1,-1,-15,-27,-11,2;
MA   /M: SY='M'; M=-7,-12,-22,-14,-7,-15,-21,7,1,-10,-3,8,-8,-19,8,-8,-3,-5,0,-26,-4,-1;
MA   /M: SY='I'; M=-8,-10,-22,-15,-12,-6,-25,-13,12,-18,9,4,-6,-20,-12,-16,-9,-1,6,-27,-6,-13;
MA   /M: SY='N'; M=-8,8,-24,5,10,-23,-9,13,-23,3,-24,-14,16,-13,5,3,6,-4,-22,-32,-11,6;
MA   /M: SY='Y'; M=-13,-12,-24,-15,-11,3,-24,6,-5,-7,6,3,-7,-24,-9,-2,-16,-10,-7,-17,7,-11;
MA   /M: SY='I'; M=0,-10,-13,-18,-16,0,-16,-16,2,-17,2,-1,-3,-21,-14,-16,-6,-2,0,-23,-8,-15;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-27,-21,-32,-23,12,-29,-21,21,-24,26,15,-24,-26,-21,-18,-21,-8,16,-17,1,-23;
MA   /M: M=-3,-16,-24,-14,-5,-13,-7,-18,-6,-15,-4,-6,-15,-10,-12,-16,-6,-7,-4,-16,-13,-9;
MA   /M: M=0,-7,-14,-11,-9,-14,-13,-12,-3,-13,-2,0,-3,-15,-4,-14,-2,-4,-5,-28,-13,-7;
MA   /M: SY='N'; M=-5,15,-24,15,10,-27,2,-5,-28,2,-27,-20,16,-9,1,-2,7,-4,-24,-32,-20,5;
MA   /I: I=-5; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
MA   /M: SY='Q'; M=-3,-10,-18,-11,-6,-11,-13,-7,-5,-2,-4,-1,-7,-17,2,0,-5,-5,-3,-16,-3,-3; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
MA   /M: SY='S'; M=6,2,-15,1,3,-19,-4,5,-16,-5,-17,-11,5,-11,2,-7,10,0,-12,-26,-11,2; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-25; IM=-25; DM=-25;
MA   /M: SY='F'; M=-5,-18,-20,-23,-17,8,-24,-7,4,-15,5,5,-14,-22,-13,-11,-10,-3,4,-15,7,-15;
MA   /M: SY='A'; M=7,-8,-14,-13,-11,-15,-1,1,-15,-14,-14,-9,-3,-17,-8,-14,6,1,-10,-24,-7,-11;
MA   /M: M=-11,-4,-25,-4,-10,-12,-10,-1,-12,-9,-14,-8,0,-14,-10,-4,-5,-8,-7,-26,-9,-12;
MA   /M: SY='Y'; M=3,-14,-20,-20,-15,9,-15,1,-9,-13,-6,-4,-9,-19,-14,-10,-4,-2,-6,-10,10,-15;
MA   /M: SY='H'; M=-14,4,-10,0,-4,-20,-15,17,-25,3,-22,-12,13,-21,1,17,-1,-7,-20,-32,-9,-4;
MA   /M: SY='T'; M=-6,-1,-20,-9,-11,-10,-3,-2,-14,-12,-9,-5,5,-18,-7,-10,2,9,-12,-24,-7,-9;
MA   /M: SY='H'; M=-9,-3,-23,-1,0,-9,-17,4,-16,-6,-10,-7,-3,-17,-3,-7,-1,-1,-13,-17,2,-2;
MA   /M: SY='I'; M=-3,-25,-21,-32,-24,0,-30,-25,28,-24,21,15,-21,-22,-19,-23,-15,-3,22,-22,-4,-23;
MA   /M: SY='E'; M=-5,3,-23,1,8,-16,-17,-5,-14,1,-11,-6,1,-14,6,-3,-2,-2,-14,-23,-8,7;
MA   /M: SY='V'; M=-7,-21,-19,-22,-17,-4,-29,-4,15,-19,12,9,-19,-24,-16,-16,-13,-5,19,-27,-2,-18;
MA   /M: SY='G'; M=11,3,-21,-5,-9,-23,17,-7,-23,-9,-23,-16,12,-12,-8,-10,7,-6,-19,-27,-21,-9;
MA   /I: I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25;
MA   /M: SY='N'; M=-6,4,-24,3,6,-25,-2,0,-23,4,-23,-13,7,-2,6,1,1,-6,-22,-25,-15,5; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
MA   /M: SY='E'; M=-3,0,-14,2,6,-13,-1,6,-15,-1,-12,-8,1,-1,2,-1,0,-5,-13,-14,-7,3; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
MA   /M: SY='N'; M=-6,6,-24,4,-3,-18,0,3,-24,-2,-20,-13,10,-17,-3,-2,1,-6,-20,-25,-9,-3;
MA   /M: SY='A'; M=22,-6,-2,-12,-5,-19,-4,-17,-16,-11,-17,-14,-4,-12,-8,-16,16,11,-6,-29,-19,-7;
MA   /M: SY='N'; M=-9,13,-23,12,8,-23,-13,8,-22,2,-22,-14,15,-14,4,3,6,0,-19,-33,-12,5;
MA   /M: SY='A'; M=7,-15,-10,-19,-16,-5,-9,-18,-4,-18,0,-4,-12,-20,-16,-17,1,3,3,-24,-9,-16;
MA   /M: SY='R'; M=-11,0,-18,-2,0,-19,-18,-5,-17,4,-17,-9,4,-16,8,12,1,-1,-15,-27,-11,2;
MA   /M: SY='M'; M=-7,-12,-22,-14,-7,-15,-21,7,1,-10,-3,8,-8,-19,8,-8,-3,-5,0,-26,-4,-1;
MA   /M: SY='I'; M=-8,-10,-22,-15,-12,-6,-25,-13,12,-18,9,4,-6,-20,-12,-16,-9,-1,6,-27,-6,-13;
MA   /M: SY='N'; M=-8,8,-24,5,10,-23,-9,13,-23,3,-24,-14,16,-13,5,3,6,-4,-22,-32,-11,6;
MA   /M: SY='Y'; M=-13,-12,-24,-15,-11,3,-24,6,-5,-7,6,3,-7,-24,-9,-2,-16,-10,-7,-17,7,-11;
MA   /M: SY='I'; M=0,-10,-13,-18,-16,0,-16,-16,2,-17,2,-1,-3,-21,-14,-16,-6,-2,0,-23,-8,-15;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-27,-21,-32,-23,12,-29,-21,21,-24,26,15,-24,-26,-21,-18,-21,-8,16,-17,1,-23;
MA   /M: M=-3,-16,-24,-14,-5,-13,-7,-18,-6,-15,-4,-6,-15,-10,-12,-16,-6,-7,-4,-16,-13,-9;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /GENERATED_BY="pfmake 1VH4_v5.msf ../../matrices/blosum45.cmp";
CC   /AUTHOR=Guth Laurent;
//