Structural Bioinformatics and Molecular Modeling
CRBM-CNRS Montpellier

Details of the profile Beta-solenoid-T5-repeat

Profile
Accession Number AK00172
Filename beta-solenoid-T5
Author Andrey Kajava
Theme beta solenoid
Category Repeats
Validated Yes
Description
T5 type beta-solenoid repeats (Kajava and Steven, J. Struct. Biol. 2006 in press). Profile contains three repeats. This motif was found in several autotransporter proteins including YapA protein from Y. pestis.
Full profile
ID   Beta-solenoid-T5-repeat; MATRIX.
AC   AK00172;
DT   Tue Nov  8 17:44:04 2005
DE   profile spans 3 repeats.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=52;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=47;
CC   Automatic scaling using big reversed database;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.5249; R2=0.00924679; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=754; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=538; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='G'; M=-3,-1,-28,1,-11,-30,44,-17,-36,-10,-28,-19,2,-17,-14,-13,1,-12,-26,-23,-25,-13;
MA   /M: SY='A'; M=20,-8,-19,-14,-12,-22,19,-9,-22,-13,-18,-12,-4,-14,-12,-17,6,-3,-13,-22,-18,-12;
MA   /M: SY='T'; M=6,-5,-11,-13,-10,-10,-17,-19,-7,-13,-4,-7,-4,-13,-10,-13,14,32,0,-29,-11,-10;
MA   /M: SY='A'; M=40,-13,-11,-23,-13,-6,-4,-20,-9,-13,-7,-9,-11,-13,-14,-20,6,-1,0,-16,-13,-13;
MA   /M: SY='T'; M=3,6,-14,-4,-6,-16,-14,-13,-14,-1,-16,-12,10,-12,-6,-4,13,28,-8,-29,-13,-6;
MA   /M: SY='N'; M=-10,23,-24,18,12,-25,-11,-1,-25,12,-26,-18,25,-12,4,5,4,1,-24,-33,-16,8;
MA   /M: SY='T'; M=0,-7,-10,-14,-14,-8,-22,-22,-1,-12,-6,-6,-7,-14,-14,-12,13,39,11,-30,-10,-14;
MA   /M: SY='T'; M=-3,0,-17,-4,4,-17,-18,-13,-18,4,-17,-12,1,-10,-1,4,13,26,-9,-29,-12,1;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-28,-19,-32,-24,10,-29,-18,24,-23,27,26,-26,-26,-19,-19,-21,-8,20,-20,0,-22;
MA   /M: SY='N'; M=-5,17,-20,10,-2,-22,1,-6,-23,-1,-26,-18,23,-15,-4,-4,12,9,-20,-33,-18,-3;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='G'; M=2,4,-27,7,-9,-31,43,-15,-36,-14,-27,-21,3,-16,-14,-18,1,-15,-26,-25,-26,-12;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='A'; M=8,-8,-19,-12,-3,-19,-8,-16,-7,-9,-10,-6,-8,-13,-1,-12,3,4,-3,-24,-15,-2;
MA   /M: SY='F'; M=-13,-29,-19,-34,-26,60,-29,-19,12,-26,34,25,-24,-29,-198,-19,-22,-9,11,-8,12,-25;
MA   /M: SY='T'; M=3,-6,-15,-7,-9,-8,-16,-12,-6,-13,-6,-7,-6,-17,-10,-13,8,12,0,-24,-3,-10;
MA   /M: SY='V'; M=4,-22,-15,-24,-22,-5,-13,-24,10,-20,11,4,-21,-24,-22,-19,-8,0,19,-25,-11,-22;
MA   /M: SY='N'; M=-4,13,-21,9,3,-16,-11,0,-20,-1,-20,-16,16,-15,-1,0,7,4,-18,-26,-6,0;
MA   /I: I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
MA   /M: SY='G'; M=-4,13,-20,9,-5,-22,18,-7,-25,-8,-24,-18,18,-14,-7,-10,9,0,-21,-28,-20,-6; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
MA   /M: SY='G'; M=-3,-1,-28,1,-11,-30,44,-17,-36,-10,-28,-19,2,-17,-14,-13,1,-12,-26,-23,-25,-13;
MA   /M: SY='A'; M=20,-8,-19,-14,-12,-22,19,-9,-22,-13,-18,-12,-4,-14,-12,-17,6,-3,-13,-22,-18,-12;
MA   /M: SY='T'; M=6,-5,-11,-13,-10,-10,-17,-19,-7,-13,-4,-7,-4,-13,-10,-13,14,32,0,-29,-11,-10;
MA   /M: SY='A'; M=40,-13,-11,-23,-13,-6,-4,-20,-9,-13,-7,-9,-11,-13,-14,-20,6,-1,0,-16,-13,-13;
MA   /M: SY='T'; M=3,6,-14,-4,-6,-16,-14,-13,-14,-1,-16,-12,10,-12,-6,-4,13,28,-8,-29,-13,-6;
MA   /M: SY='N'; M=-10,23,-24,18,12,-25,-11,-1,-25,12,-26,-18,25,-12,4,5,4,1,-24,-33,-16,8;
MA   /M: SY='T'; M=0,-7,-10,-14,-14,-8,-22,-22,-1,-12,-6,-6,-7,-14,-14,-12,13,39,11,-30,-10,-14;
MA   /M: SY='T'; M=-3,0,-17,-4,4,-17,-18,-13,-18,4,-17,-12,1,-10,-1,4,13,26,-9,-29,-12,1;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-28,-19,-32,-24,10,-29,-18,24,-23,27,26,-26,-26,-19,-19,-21,-8,20,-20,0,-22;
MA   /M: SY='N'; M=-5,17,-20,10,-2,-22,1,-6,-23,-1,-26,-18,23,-15,-4,-4,12,9,-20,-33,-18,-3;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='G'; M=2,4,-27,7,-9,-31,43,-15,-36,-14,-27,-21,3,-16,-14,-18,1,-15,-26,-25,-26,-12;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='A'; M=8,-8,-19,-12,-3,-19,-8,-16,-7,-9,-10,-6,-8,-13,-1,-12,3,4,-3,-24,-15,-2;
MA   /M: SY='F'; M=-13,-29,-19,-34,-26,60,-29,-19,12,-26,24,15,-24,-29,-198,-19,-22,-9,11,-8,12,-25;
MA   /M: SY='T'; M=3,-6,-15,-7,-9,-8,-16,-12,-6,-13,-6,-7,-6,-17,-10,-13,8,12,0,-24,-3,-10;
MA   /M: SY='V'; M=4,-22,-15,-24,-22,-5,-13,-24,10,-20,11,4,-21,-24,-22,-19,-8,0,19,-25,-11,-22;
MA   /M: SY='N'; M=-4,13,-21,9,3,-16,-11,0,-20,-1,-20,-16,16,-15,-1,0,7,4,-18,-26,-6,0;
MA   /I: I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
MA   /M: SY='G'; M=-4,13,-20,9,-5,-22,18,-7,-25,-8,-24,-18,18,-14,-7,-10,9,0,-21,-28,-20,-6; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
MA   /M: SY='G'; M=-3,-1,-28,1,-11,-30,44,-17,-36,-10,-28,-19,2,-17,-14,-13,1,-12,-26,-23,-25,-13;
MA   /M: SY='A'; M=20,-8,-19,-14,-12,-22,19,-9,-22,-13,-18,-12,-4,-14,-12,-17,6,-3,-13,-22,-18,-12;
MA   /M: SY='T'; M=6,-5,-11,-13,-10,-10,-17,-19,-7,-13,-4,-7,-4,-13,-10,-13,14,32,0,-29,-11,-10;
MA   /M: SY='A'; M=40,-13,-11,-23,-13,-6,-4,-20,-9,-13,-7,-9,-11,-13,-14,-20,6,-1,0,-16,-13,-13;
MA   /M: SY='T'; M=3,6,-14,-4,-6,-16,-14,-13,-14,-1,-16,-12,10,-12,-6,-4,13,28,-8,-29,-13,-6;
MA   /M: SY='N'; M=-10,23,-24,18,12,-25,-11,-1,-25,12,-26,-18,25,-12,4,5,4,1,-24,-33,-16,8;
MA   /M: SY='T'; M=0,-7,-10,-14,-14,-8,-22,-22,-1,-12,-6,-6,-7,-14,-14,-12,13,39,11,-30,-10,-14;
MA   /M: SY='T'; M=-3,0,-17,-4,4,-17,-18,-13,-18,4,-17,-12,1,-10,-1,4,13,26,-9,-29,-12,1;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-28,-19,-32,-24,10,-29,-18,24,-23,27,26,-26,-26,-19,-19,-21,-8,20,-20,0,-22;
MA   /M: SY='N'; M=-5,17,-20,10,-2,-22,1,-6,-23,-1,-26,-18,23,-15,-4,-4,12,9,-20,-33,-18,-3;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='G'; M=2,4,-27,7,-9,-31,43,-15,-36,-14,-27,-21,3,-16,-14,-18,1,-15,-26,-25,-26,-12;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='A'; M=8,-8,-19,-12,-3,-19,-8,-16,-7,-9,-10,-6,-8,-13,-1,-12,3,4,-3,-24,-15,-2;
MA   /M: SY='F'; M=-13,-29,-19,-34,-26,38,-29,-19,12,-26,24,15,-24,-29,-28,-19,-22,-9,11,-8,12,-25;
MA   /M: SY='T'; M=3,-6,-15,-7,-9,-8,-16,-12,-6,-13,-6,-7,-6,-17,-10,-13,8,12,0,-24,-3,-10;
MA   /M: SY='V'; M=4,-22,-15,-24,-22,-5,-13,-24,10,-20,11,4,-21,-24,-22,-19,-8,0,19,-25,-11,-22;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /GENERATED_BY=from tiba-F.msf using blosum45.cmp;
CC   /AUTHOR=Kajava Andrey
//