Structural Bioinformatics and Molecular Modeling
CRBM-CNRS Montpellier

Details of the profile Beta-solenoid-T8-repeat

Profile
Accession Number AK00174
Filename T8-beta-solenoid
Author Andrey Kajava
Theme beta solenoid
Category Repeats
Validated Yes
Description
T8 type beta-solenoid repeats (see Kajava and Steven, 2006, J Struct Biol in press) Profile spans 2 repeats and one additional beta-strand. These tandem repeats were found in several autotransporter proteins including Lspa1 from H.ducreyi.
Full profile
ID   Beta-solenoid-T8-repeat; MATRIX.
AC   AK00174;
DT   Wed Nov  9 11:23:33 2005
DE   Profile spans 2.3 repeats
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=45;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=41;
CC   Automatic scaling using big reversed database;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.1984; R2=0.01693406; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=490; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=372; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-7; D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='I'; M=3,-27,-18,-32,-25,-2,-29,-27,29,-23,17,12,-23,-23,-22,-23,-13,-5,29,-23,-7,-25;
MA   /M: SY='T'; M=0,8,-17,5,7,-20,-14,-11,-19,-1,-18,-15,6,-9,-1,-6,13,20,-12,-31,-15,3;
MA   /M: SY='L'; M=-8,-27,-18,-30,-23,12,-30,-23,20,-27,32,14,-26,-27,-22,-20,-21,-3,17,-20,0,-23;
MA   /M: SY='N'; M=-8,9,-21,3,2,-18,-15,-5,-11,-4,-13,-10,14,-15,2,-2,5,6,-14,-31,-13,1;
MA   /M: SY='G'; M=-1,6,-26,0,-5,-26,31,-8,-30,-7,-27,-18,16,-17,-8,-6,3,-11,-27,-26,-24,-7;
MA   /I: I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
MA   /M: SY='S'; M=12,-1,-13,-4,4,-20,-6,-9,-16,-1,-18,-12,1,-8,4,-5,16,7,-9,-25,-15,4; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
MA   /M: SY='S'; M=19,-3,-12,-6,-4,-21,6,-13,-19,-11,-25,-17,4,-11,-4,-13,29,11,-9,-33,-21,-4;
MA   /M: SY='E'; M=-3,3,-22,6,23,-26,-14,-6,-25,10,-24,-16,3,-7,13,3,12,4,-20,-30,-16,18;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-29,-17,-30,-23,6,-29,-21,23,-26,37,21,-29,-29,-21,-19,-24,-7,21,-23,-3,-22;
MA   /M: SY='S'; M=5,-6,-15,-7,-3,-19,-11,-12,-13,-1,-19,-11,0,-14,1,0,17,11,-4,-31,-15,-1;
MA   /M: SY='A'; M=35,-7,-12,-14,-8,-21,6,-17,-15,-11,-17,-14,-4,-11,-8,-17,17,4,-5,-25,-21,-8;
MA   /M: SY='D'; M=-9,16,-28,17,11,-30,8,-3,-31,4,-28,-19,17,-13,3,-2,1,-10,-29,-29,-20,7;
MA   /M: SY='N'; M=-4,11,-21,6,-2,-23,5,-8,-25,3,-27,-17,17,-14,-3,-2,10,5,-20,-31,-18,-3;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='L'; M=4,-25,-18,-29,-21,0,-25,-22,20,-23,25,15,-24,-24,-18,-21,-17,-6,17,-22,-6,-20;
MA   /M: SY='B'; M=-10,13,-23,10,4,-21,-16,-7,-18,6,-19,-13,13,-13,0,5,2,6,-15,-30,-13,1;
MA   /M: SY='L'; M=-8,-30,-20,-32,-24,6,-32,-24,28,-28,38,18,-28,-28,-22,-22,-25,-8,20,-22,-2,-24;
MA   /M: SY='N'; M=-9,8,-24,-2,-4,-19,-16,-7,-8,11,-18,-7,17,-17,-2,4,-4,-5,-9,-29,-12,-4;
MA   /M: SY='A'; M=19,-11,-12,-14,-12,-16,-1,-19,-7,-13,-14,-10,-6,-15,-12,-16,15,7,5,-29,-18,-12;
MA   /M: SY='T'; M=-5,-1,-21,-4,7,-19,-13,-2,-16,-6,-15,-9,0,-10,4,-7,8,13,-13,-28,-11,4;
MA   /M: SY='N'; M=-11,12,-27,9,6,-28,-7,7,-27,15,-27,-13,18,-15,13,13,-2,-9,-27,-27,-13,8;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
MA   /M: SY='D'; M=-9,20,-19,21,5,-22,1,-1,-23,6,-22,-15,18,-10,0,0,1,-6,-20,-24,-14,2; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=-29; IM=-29; DM=-29;
MA   /M: SY='I'; M=3,-27,-18,-32,-25,-2,-29,-27,29,-23,17,12,-23,-23,-22,-23,-13,-5,29,-23,-7,-25;
MA   /M: SY='T'; M=0,8,-17,5,7,-20,-14,-11,-19,-1,-18,-15,6,-9,-1,-6,13,20,-12,-31,-15,3;
MA   /M: SY='L'; M=-8,-27,-18,-30,-23,12,-30,-23,20,-27,32,14,-26,-27,-22,-20,-21,-3,17,-20,0,-23;
MA   /M: SY='N'; M=-8,9,-21,3,2,-18,-15,-5,-11,-4,-13,-10,14,-15,2,-2,5,6,-14,-31,-13,1;
MA   /M: SY='G'; M=-1,6,-26,0,-5,-26,31,-8,-30,-7,-27,-18,16,-17,-8,-6,3,-11,-27,-26,-24,-7;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='S'; M=22,-4,-12,-7,-5,-21,6,-14,-18,-11,-24,-17,3,-11,-5,-14,27,10,-8,-32,-21,-5;
MA   /M: SY='K'; M=-6,4,-25,3,12,-29,-14,-4,-25,23,-28,-12,7,-10,17,13,5,-3,-21,-27,-14,14;
MA   /M: SY='V'; M=0,-27,-15,-29,-24,2,-26,-23,22,-22,24,16,-27,-27,-22,-19,-16,-5,27,-24,-6,-23;
MA   /M: SY='S'; M=5,-8,-15,-9,-6,-17,-12,-3,-10,-7,-17,-8,-2,-16,-1,-3,14,5,0,-32,-13,-4;
MA   /M: SY='A'; M=42,-9,-12,-17,-10,-21,7,-19,-14,-11,-14,-12,-7,-11,-10,-19,12,0,-4,-22,-21,-10;
MA   /M: SY='B'; M=-11,20,-28,20,11,-32,2,1,-29,3,-27,-17,18,-13,13,-1,2,-9,-29,-30,-19,12;
MA   /I: I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29;
MA   /M: SY='K'; M=-8,7,-23,5,2,-23,-4,-5,-25,16,-25,-14,11,-13,2,16,2,-2,-19,-25,-14,1; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
MA   /M: SY='K'; M=-1,3,-14,5,6,-15,0,-5,-16,7,-13,-9,1,-5,1,1,-1,-5,-11,-13,-9,4; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=-29; IM=-29; DM=-29;
MA   /M: SY='L'; M=0,-23,-21,-27,-21,-4,-9,-21,11,-24,19,11,-20,-24,-18,-21,-16,-10,7,-21,-9,-20;
MA   /M: SY='D'; M=-8,19,-22,20,11,-23,-12,-5,-19,-4,-21,-18,17,-11,0,-8,10,6,-17,-35,-17,5;
MA   /M: SY='V'; M=-1,-28,-18,-32,-26,0,-30,-27,30,-24,20,13,-25,-25,-23,-23,-15,-5,32,-24,-6,-26;
MA   /M: SY='N'; M=-8,14,-24,9,6,-23,-13,-5,-18,10,-23,-14,18,-13,2,3,4,1,-18,-31,-15,4;
MA   /M: SY='A'; M=22,-13,-10,-17,-14,-13,-10,-21,-1,-13,-9,-6,-10,-16,-14,-17,12,8,12,-28,-16,-14;
MA   /M: SY='T'; M=1,2,-18,0,3,-18,-16,-14,-14,-3,-16,-12,1,-10,-3,-7,12,19,-7,-30,-14,0;
MA   /M: SY='N'; M=-11,15,-25,9,-2,-23,3,14,-27,1,-26,-15,23,-17,-1,3,2,-4,-26,-31,-13,-3;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
MA   /M: SY='N'; M=-5,8,-15,4,1,-15,2,-2,-16,10,-17,-9,13,-9,1,5,0,-4,-14,-16,-10,1; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=-29; IM=-29; DM=-29;
MA   /M: SY='I'; M=-4,-29,-23,-34,-26,1,-33,-27,35,-27,24,16,-23,-23,-21,-25,-19,-8,26,-22,-3,-26;
MA   /M: SY='N'; M=-2,6,-20,1,7,-21,-13,2,-20,0,-19,-12,10,-12,6,2,9,10,-17,-30,-13,6;
MA   /M: SY='L'; M=-8,-30,-18,-32,-24,12,-31,-23,24,-28,34,16,-28,-29,-24,-21,-23,-8,21,-20,0,-24;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /GENERATED_BY="pfmake lspa-hemol-rep.msf /home/kajava/blosum45.cmp";
CC   /AUTHOR=Kajava Andrey;
//