Structural Bioinformatics and Molecular Modeling
CRBM-CNRS Montpellier

Details of the profile Beta-solenoid-T1-repeat

Profile
Accession Number AK00175
Filename T1-beta-solenoid.prf
Author Andrey Kajava
Theme beta solenoid
Category Repeats
Validated Yes
Description
T1 type beta-solenoid repeats (see Kajava and Steven, 2006 J. Struct. Biol. in press) Also called R1 repeats of FHA (see Makhov et al., 1994, J Mol. Biol. 241:110 and Kajava et al., 2001, Mol. Microbiol. 42:279). Profile spans 3 repeats. These repeats were found in several TPS proteins including FHA protein from B. pertussis.
Full profile
ID   Beta-solenoid-T1-repeat; MATRIX.
AC   AK00175;
DE   Profile spans 3 repeats.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=57;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=52;
CC   Automatic scaling using big reversed database;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.5657; R2=0.01645255; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=420; N_SCORE=9.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=300; N_SCORE=7.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='L'; M=-4,-28,-19,-31,-24,3,-30,-23,27,-25,29,18,-26,-26,-21,-22,-20,-7,23,-22,-4,-23;
MA   /M: SY='D'; M=-3,9,-22,12,6,-25,-7,-2,-25,0,-21,-16,6,-12,3,1,7,1,-19,-30,-15,4;
MA   /M: SY='V'; M=2,-27,-13,-29,-25,-1,-27,-27,24,-21,15,10,-26,-27,-25,-20,-11,-2,35,-27,-9,-25;
MA   /M: SY='S'; M=-1,5,-19,3,3,-24,-7,-5,-21,-1,-23,-14,9,-13,8,3,16,7,-16,-32,-16,5;
MA   /M: SY='G'; M=18,-9,-21,-13,-15,-26,40,-19,-28,-16,-23,-17,-3,-16,-15,-19,7,-10,-18,-22,-26,-15;
MA   /M: SY='G'; M=-2,-5,-27,-4,-3,-27,18,-6,-30,-2,-24,-14,0,-15,0,0,0,-11,-24,-19,-17,-2;
MA   /M: SY='G'; M=-5,-2,-28,1,-3,-30,28,-11,-32,-6,-25,-17,1,-16,-2,-4,0,-14,-25,-24,-23,-3;
MA   /M: SY='A'; M=21,-5,-18,-10,-4,-23,-1,-11,-17,-3,-16,-11,-3,-13,-1,-7,6,-3,-9,-23,-17,-3;
MA   /M: SY='V'; M=1,-26,-14,-29,-24,1,-27,-24,22,-21,19,14,-26,-26,-22,-19,-13,-2,29,-25,-7,-23;
MA   /M: SY='S'; M=2,4,-20,2,0,-23,-7,-9,-20,2,-20,-14,5,-13,1,3,8,5,-13,-28,-16,0;
MA   /M: SY='L'; M=6,-22,-17,-24,-19,-2,-23,-22,15,-22,21,9,-22,-24,-19,-20,-14,-5,17,-23,-8,-19;
MA   /M: SY='G'; M=0,2,-26,2,-6,-27,20,-8,-29,-7,-22,-15,3,-16,-6,-5,0,-10,-22,-24,-20,-7;
MA   /M: SY='S'; M=5,4,-20,4,3,-21,-8,-10,-20,1,-21,-14,5,-12,0,-4,10,1,-13,-29,-16,1;
MA   /M: SY='V'; M=13,-22,-14,-25,-19,-4,-19,-21,11,-19,15,8,-21,-22,-18,-19,-8,-3,17,-24,-10,-18;
MA   /M: SY='S'; M=3,1,-20,-1,2,-23,-7,-3,-20,3,-21,-12,4,-13,4,2,8,1,-14,-28,-15,3;
MA   /M: SY='S'; M=25,-5,-10,-9,-5,-19,-2,-15,-14,-10,-20,-15,1,-11,-5,-14,26,13,-4,-32,-19,-5;
MA   /M: SY='B'; M=2,4,-21,4,-3,-21,-7,-11,-17,-1,-14,-12,1,-16,-6,-1,1,-2,-9,-28,-16,-5;
MA   /M: SY='G'; M=9,-6,-24,-8,-9,-26,33,-15,-30,-10,-24,-17,-1,-16,-10,-9,5,-10,-21,-23,-24,-10;
MA   /I: I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
MA   /M: SY='A'; M=7,4,-21,4,1,-26,5,-9,-24,-2,-20,-15,3,-12,1,-2,4,-5,-18,-25,-19,0; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
MA   /M: SY='L'; M=-4,-28,-20,-32,-23,4,-30,-23,27,-26,31,18,-26,-26,-20,-22,-21,-8,21,-22,-3,-23;
MA   /M: SY='D'; M=-2,7,-23,10,9,-26,-6,-3,-26,1,-21,-15,4,-11,4,1,6,0,-19,-29,-16,6;
MA   /M: SY='V'; M=3,-27,-13,-28,-25,-1,-26,-26,23,-21,15,9,-26,-27,-24,-20,-11,-2,33,-27,-9,-25;
MA   /M: SY='S'; M=-2,2,-19,1,3,-23,-8,-5,-21,1,-23,-14,8,-13,9,6,15,8,-16,-31,-16,5;
MA   /M: SY='G'; M=19,-9,-21,-13,-15,-26,39,-19,-28,-16,-23,-16,-3,-16,-15,-19,7,-9,-18,-22,-26,-15;
MA   /M: SY='G'; M=-2,-5,-27,-5,-2,-27,17,-4,-30,-3,-24,-13,0,-15,3,-2,0,-11,-24,-18,-17,0;
MA   /M: SY='G'; M=-5,-2,-28,0,-4,-28,27,-11,-32,-5,-25,-17,1,-17,-4,-2,0,-13,-24,-24,-22,-5;
MA   /M: SY='A'; M=18,-5,-18,-9,-3,-22,-1,-11,-16,-3,-16,-11,-4,-13,-2,-7,6,-2,-8,-24,-17,-3;
MA   /M: SY='V'; M=0,-26,-14,-28,-23,0,-26,-24,21,-21,19,14,-25,-26,-22,-19,-13,-1,27,-25,-7,-23;
MA   /M: SY='S'; M=4,2,-19,0,-1,-22,-6,-10,-19,-1,-19,-13,3,-13,0,0,9,5,-11,-28,-16,-1;
MA   /M: SY='L'; M=7,-20,-16,-21,-18,-4,-22,-22,12,-21,19,7,-21,-23,-18,-20,-13,-5,15,-24,-9,-18;
MA   /M: SY='G'; M=-3,4,-26,6,-4,-27,15,-8,-29,-4,-21,-16,5,-16,-4,-2,-1,-9,-22,-25,-19,-5;
MA   /M: SY='S'; M=4,5,-20,5,3,-21,-8,-10,-20,1,-20,-15,5,-12,-1,-4,8,0,-14,-29,-16,1;
MA   /M: SY='V'; M=12,-21,-14,-25,-18,-4,-18,-21,11,-19,14,8,-21,-22,-17,-19,-7,-2,16,-24,-10,-18;
MA   /M: SY='S'; M=3,1,-21,-1,2,-23,-5,-3,-21,3,-21,-12,4,-13,3,2,7,0,-15,-28,-15,2;
MA   /M: SY='A'; M=26,-5,-10,-9,-5,-19,-2,-15,-14,-10,-20,-15,0,-11,-5,-14,26,12,-4,-31,-19,-5;
MA   /M: SY='A'; M=4,1,-20,1,-4,-20,-7,-12,-17,-1,-13,-11,-1,-15,-6,0,1,-2,-9,-27,-15,-6;
MA   /M: SY='G'; M=6,-6,-24,-7,-8,-26,30,-14,-30,-8,-24,-17,0,-16,-8,-5,4,-10,-21,-23,-23,-9;
MA   /I: I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
MA   /M: SY='G'; M=5,4,-22,4,1,-25,6,-9,-25,-2,-20,-15,3,-13,-1,-1,4,-5,-18,-24,-19,-1; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
MA   /M: SY='L'; M=-4,-28,-20,-32,-23,3,-30,-22,27,-26,30,19,-26,-26,-19,-22,-21,-8,21,-22,-3,-23;
MA   /M: SY='D'; M=-1,5,-22,7,7,-24,-6,-4,-24,-1,-19,-14,3,-12,3,-1,7,2,-17,-29,-15,4;
MA   /M: SY='V'; M=3,-27,-13,-28,-25,-1,-26,-26,23,-21,15,9,-26,-27,-24,-20,-11,-2,33,-27,-9,-25;
MA   /M: SY='S'; M=0,0,-18,-1,2,-22,-8,-6,-19,-1,-22,-13,6,-13,8,4,17,9,-13,-31,-16,4;
MA   /M: SY='G'; M=21,-9,-20,-13,-14,-25,36,-19,-26,-15,-22,-16,-3,-15,-14,-19,7,-9,-16,-22,-25,-14;
MA   /M: SY='G'; M=0,-5,-27,-5,-3,-27,19,-4,-29,-5,-24,-14,-1,-15,1,-3,0,-11,-24,-18,-17,-1;
MA   /M: SY='G'; M=-4,-2,-28,0,-4,-29,28,-12,-32,-7,-25,-17,1,-17,-5,-3,0,-14,-24,-24,-23,-5;
MA   /M: SY='A'; M=19,-5,-17,-10,-4,-22,0,-12,-16,-4,-16,-11,-3,-13,-4,-7,6,-2,-8,-24,-17,-4;
MA   /M: SY='V'; M=0,-26,-15,-28,-23,1,-26,-23,21,-21,21,14,-25,-26,-21,-19,-14,-1,26,-25,-6,-22;
MA   /M: SY='S'; M=4,0,-19,-2,-1,-22,-6,-10,-19,0,-19,-12,2,-14,1,2,8,4,-11,-28,-16,0;
MA   /M: SY='L'; M=10,-19,-16,-21,-17,-5,-20,-21,11,-20,16,5,-20,-22,-18,-20,-11,-5,14,-23,-10,-18;
MA   /M: SY='G'; M=-2,3,-26,3,-5,-26,16,-10,-28,-4,-21,-15,5,-17,-4,0,0,-9,-22,-25,-20,-6;
MA   /M: SY='S'; M=6,4,-20,3,3,-21,-8,-10,-19,1,-19,-14,5,-12,-1,-4,8,0,-13,-28,-16,1;
MA   /M: SY='L'; M=12,-21,-14,-25,-18,-4,-18,-21,11,-19,15,8,-21,-22,-17,-19,-8,-3,15,-24,-10,-17;
MA   /M: SY='S'; M=2,0,-21,-2,2,-23,-7,-3,-20,3,-20,-11,4,-14,4,2,6,-1,-14,-27,-14,2;
MA   /M: SY='S'; M=25,-5,-10,-9,-5,-19,-2,-15,-14,-10,-20,-15,1,-11,-5,-14,26,13,-4,-32,-19,-5;
MA   /M: SY='R'; M=2,0,-21,0,-4,-20,-8,-12,-18,1,-14,-11,-1,-16,-5,3,0,-2,-10,-26,-15,-5;
MA   /M: SY='G'; M=8,-6,-24,-7,-8,-27,33,-15,-30,-10,-24,-17,-1,-15,-9,-10,5,-10,-21,-23,-24,-9;
MA   /M: SY='A'; M=9,3,-22,3,1,-26,3,-10,-24,-2,-20,-15,2,-13,1,-2,4,-4,-17,-25,-19,0;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC /GENERATED=from r1-triple.msf by using blosum45;
CC  /AUTHOR=Kajava Andrey
//