Structural Bioinformatics and Molecular Modeling
CRBM-CNRS Montpellier

Details of the profile Beta-solenoid-T6-repeat

Profile
Accession Number AK00177
Filename T6-beta-solenoid
Author Andrey Kajava
Theme beta solenoid
Category Repeats
Validated Yes
Description
T6 type beta-solenoid repeat(see Kajava and Steven, 2006 J. Struct. Biol. in press) Profile spans 3 repeats. These repeats were found in several autotransporter proteins including Hap from H.influenzae.
Full profile
ID   Beta-solenoid-T6-repeat; MATRIX.
AC   AK00177;
DT   Tue Nov  8 15:22:25 2005
DE   Profile spans 3 repeats.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=52;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=47;
CC   Automatic scaling using big reversed database;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.8305; R2=0.01151539; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=700; N_SCORE=8.9; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=550; N_SCORE=7.2; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-7; D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='N'; M=-5,28,-18,21,3,-23,-2,1,-23,-3,-30,-22,36,-15,0,-5,19,5,-23,-40,-20,2;
MA   /M: SY='V'; M=-5,-30,-18,-33,-28,2,-33,-28,35,-25,20,15,-27,-27,-25,-23,-17,-5,36,-25,-5,-28;
MA   /M: SY='N'; M=-8,12,-20,4,-1,-19,-10,17,-22,0,-24,-13,23,-17,2,8,10,6,-20,-34,-9,-1;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20,10,-30,-20,20,-30,50,20,-30,-30,-20,-20,-30,-10,10,-20,0,-20;
MA   /M: SY='T'; M=10,-7,-10,-14,-12,-11,-15,-20,-4,-12,-10,-8,-5,-14,-12,-13,16,28,7,-30,-13,-12;
MA   /M: SY='D'; M=-17,47,-27,54,13,-33,-7,3,-33,0,-30,-27,33,-13,0,-7,3,-7,-30,-40,-20,7;
MA   /M: SY='N'; M=-6,13,-20,5,2,-22,-10,15,-20,-3,-23,-12,23,-15,11,-2,12,7,-21,-33,-11,6;
MA   /M: SY='A'; M=31,-5,-10,-11,-5,-20,0,-15,-15,-10,-19,-15,-1,-10,-5,-15,24,9,-5,-29,-20,-5;
MA   /M: SY='Q'; M=-8,6,-22,-1,3,-23,-16,-1,-18,5,-19,-8,11,-13,19,11,7,11,-19,-27,-12,10;
MA   /M: SY='F'; M=15,-20,-15,-30,-20,30,-15,-20,-5,-20,0,-5,-15,-20,-25,-20,-5,-5,0,-5,5,-20;
MA   /M: SY='T'; M=0,7,-12,-3,-6,-14,-13,-13,-14,-8,-17,-14,12,-12,-6,-8,22,36,-7,-34,-14,-6;
MA   /M: SY='L'; M=-5,-30,-15,-30,-25,5,-30,-25,25,-25,30,15,-30,-30,-25,-20,-20,-5,30,-25,-5,-25;
MA   /M: SY='N'; M=-5,15,-22,14,7,-27,-9,-5,-27,15,-30,-18,17,-12,4,6,11,1,-20,-33,-16,5;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
MA   /M: SY='N'; M=-10,15,-23,5,3,-22,-12,5,-13,-2,-13,-6,25,-18,17,0,0,-5,-23,-30,-13,10;
MA   /M: SY='A'; M=42,-8,-10,-16,-8,-20,0,-18,-12,-10,-14,-12,-6,-10,-8,-18,16,4,-2,-24,-20,-8;
MA   /M: SY='T'; M=-7,6,-19,-2,-3,-17,-17,9,-19,2,-18,-10,11,-13,-1,0,8,19,-14,-30,-6,-3;
MA   /M: SY='L'; M=-12,-21,-23,-23,-9,8,-27,-11,4,-18,21,10,-19,-24,1,-11,-19,-10,-4,-14,3,-3;
MA   /M: SY='N'; M=-4,4,-19,-8,-11,-12,-16,-12,4,-13,-11,-6,15,-16,-8,-13,8,10,-2,-32,-12,-11;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='N'; M=-5,28,-18,21,3,-23,-2,1,-23,-3,-30,-22,36,-15,0,-5,19,5,-23,-40,-20,2;
MA   /M: SY='V'; M=-5,-30,-18,-33,-28,2,-33,-28,35,-25,20,15,-27,-27,-25,-23,-17,-5,36,-25,-5,-28;
MA   /M: SY='N'; M=-8,12,-20,4,-1,-19,-10,17,-22,0,-24,-13,23,-17,2,8,10,6,-20,-34,-9,-1;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20,10,-30,-20,20,-30,50,20,-30,-30,-20,-20,-30,-10,10,-20,0,-20;
MA   /M: SY='T'; M=10,-7,-10,-14,-12,-11,-15,-20,-4,-12,-10,-8,-5,-14,-12,-13,16,28,7,-30,-13,-12;
MA   /M: SY='D'; M=-17,47,-27,54,13,-33,-7,3,-33,0,-30,-27,33,-13,0,-7,3,-7,-30,-40,-20,7;
MA   /M: SY='N'; M=-6,13,-20,5,2,-22,-10,15,-20,-3,-23,-12,23,-15,11,-2,12,7,-21,-33,-11,6;
MA   /M: SY='A'; M=31,-5,-10,-11,-5,-20,0,-15,-15,-10,-19,-15,-1,-10,-5,-15,24,9,-5,-29,-20,-5;
MA   /M: SY='Q'; M=-8,6,-22,-1,3,-23,-16,-1,-18,5,-19,-8,11,-13,19,11,7,11,-19,-27,-12,10;
MA   /M: SY='F'; M=15,-20,-15,-30,-20,30,-15,-20,-5,-20,0,-5,-15,-20,-25,-20,-5,-5,0,-5,5,-20;
MA   /M: SY='T'; M=0,7,-12,-3,-6,-14,-13,-13,-14,-8,-17,-14,12,-12,-6,-8,22,36,-7,-34,-14,-6;
MA   /M: SY='L'; M=-5,-30,-15,-30,-25,5,-30,-25,25,-25,30,15,-30,-30,-25,-20,-20,-5,30,-25,-5,-25;
MA   /M: SY='N'; M=-5,15,-22,14,7,-27,-9,-5,-27,15,-30,-18,17,-12,4,6,11,1,-20,-33,-16,5;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
MA   /M: SY='N'; M=-10,15,-23,5,3,-22,-12,5,-13,-2,-13,-6,25,-18,17,0,0,-5,-23,-30,-13,10;
MA   /M: SY='A'; M=42,-8,-10,-16,-8,-20,0,-18,-12,-10,-14,-12,-6,-10,-8,-18,16,4,-2,-24,-20,-8;
MA   /M: SY='T'; M=-7,6,-19,-2,-3,-17,-17,9,-19,2,-18,-10,11,-13,-1,0,8,19,-14,-30,-6,-3;
MA   /M: SY='L'; M=-12,-21,-23,-23,-9,8,-27,-11,4,-18,21,10,-19,-24,1,-11,-19,-10,-4,-14,3,-3;
MA   /M: SY='N'; M=-4,4,-19,-8,-11,-12,-16,-12,4,-13,-11,-6,15,-16,-8,-13,8,10,-2,-32,-12,-11;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='N'; M=-5,28,-18,21,3,-23,-2,1,-23,-3,-30,-22,36,-15,0,-5,19,5,-23,-40,-20,2;
MA   /M: SY='V'; M=-5,-30,-18,-33,-28,2,-33,-28,35,-25,20,15,-27,-27,-25,-23,-17,-5,36,-25,-5,-28;
MA   /M: SY='N'; M=-8,12,-20,4,-1,-19,-10,17,-22,0,-24,-13,23,-17,2,8,10,6,-20,-34,-9,-1;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20,10,-30,-20,20,-30,50,20,-30,-30,-20,-20,-30,-10,10,-20,0,-20;
MA   /M: SY='T'; M=10,-7,-10,-14,-12,-11,-15,-20,-4,-12,-10,-8,-5,-14,-12,-13,16,28,7,-30,-13,-12;
MA   /M: SY='D'; M=-17,47,-27,54,13,-33,-7,3,-33,0,-30,-27,33,-13,0,-7,3,-7,-30,-40,-20,7;
MA   /M: SY='N'; M=-6,13,-20,5,2,-22,-10,15,-20,-3,-23,-12,23,-15,11,-2,12,7,-21,-33,-11,6;
MA   /M: SY='A'; M=31,-5,-10,-11,-5,-20,0,-15,-15,-10,-19,-15,-1,-10,-5,-15,24,9,-5,-29,-20,-5;
MA   /M: SY='Q'; M=-8,6,-22,-1,3,-23,-16,-1,-18,5,-19,-8,11,-13,19,11,7,11,-19,-27,-12,10;
MA   /M: SY='F'; M=15,-20,-15,-30,-20,30,-15,-20,-5,-20,0,-5,-15,-20,-25,-20,-5,-5,0,-5,5,-20;
MA   /M: SY='T'; M=0,7,-12,-3,-6,-14,-13,-13,-14,-8,-17,-14,12,-12,-6,-8,22,36,-7,-34,-14,-6;
MA   /M: SY='L'; M=-5,-30,-15,-30,-25,5,-30,-25,25,-25,30,15,-30,-30,-25,-20,-20,-5,30,-25,-5,-25;
MA   /M: SY='N'; M=-5,15,-22,14,7,-27,-9,-5,-27,15,-30,-18,17,-12,4,6,11,1,-20,-33,-16,5;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /GENERATED_BY="pfmake hap-three-rep.msf /home/kajava/blosum45.cmp";
CC   /AUTHOR=Kajava Andrey;
//