Structural Bioinformatics and Molecular Modeling
CRBM-CNRS Montpellier

Details of the profile Beta-solenoid-T2-repeat

Profile
Accession Number AK00178
Filename T2-beta-solenoid.prf
Author Andrey Kajava
Theme beta solenoid
Category Repeats
Validated Yes
Description
T2 type beta-solenoid repeats (see Kajava and Steven, 2006 J. Struct. Biol. in press) Also called R2 repeats of FHA (see Makhov et al., 1994, J Mol. Biol. 241:110 and Kajava et al., 2001, Mol. Microbiol. 42:279). Profile spans 3 repeats. These repeats were found in several TPS proteins including FHA protein from B. pertussis.
Full profile
ID   Beta-solenoid-T2-repeat; MATRIX.
AC   AK00178;
DE   Profile spans 3 repeats
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=57;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=52;
CC   Automatic scaling using big reversed database;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.9523; R2=0.01502166; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=619; N_SCORE=11.3; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=480; N_SCORE=9.2; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='D'; M=-3,16,-18,21,12,-25,-8,-7,-25,-5,-26,-21,10,-9,1,-9,20,12,-17,-37,-18,6;
MA   /M: SY='N'; M=-10,34,-22,17,3,-23,-3,10,-20,2,-28,-17,51,-18,9,2,8,-2,-30,-37,-18,6;
MA   /M: SY='E'; M=-6,-4,-26,-3,7,-25,-5,-11,-26,7,-24,-16,-2,4,1,7,3,0,-21,-27,-19,2;
MA   /M: SY='G'; M=-7,-2,-27,-2,-11,-23,15,-16,-21,-10,-18,-13,0,-17,-11,-6,-1,-5,-15,-25,-18,-13;
MA   /M: SY='R'; M=-7,-13,-20,-16,-13,-11,-9,-16,-10,-5,-4,-4,-9,-20,-10,7,-3,7,-2,-24,-12,-13;
MA   /M: SY='L'; M=1,-26,-16,-30,-23,12,-24,-20,15,-21,20,15,-24,-26,-22,-19,-15,-6,18,-18,-1,-21;
MA   /M: SY='D'; M=-2,6,-20,8,4,-19,-16,-10,-10,-6,-9,-3,-4,-13,-4,-11,0,2,-3,-30,-14,0;
MA   /M: SY='A'; M=24,-4,-16,-6,-10,-21,4,-18,-13,-11,-13,-11,-7,-15,-13,-18,4,-5,-1,-25,-20,-12;
MA   /M: SY='G'; M=-8,-10,-30,-10,-4,-26,5,-8,-22,3,-19,-2,-6,-1,5,4,-7,-13,-21,-21,-17,-1;
MA   /M: SY='H'; M=-5,7,-24,6,0,-20,-14,20,-20,-1,-12,-7,7,-17,0,-3,-6,-10,-18,-28,-5,-1;
MA   /M: SY='D'; M=-17,27,-30,38,15,-35,-15,15,-34,8,-27,-18,12,-12,12,1,-3,-12,-28,-32,-11,13;
MA   /M: SY='I'; M=2,-23,-20,-28,-21,-4,-26,-24,24,-23,11,8,-17,-20,-17,-23,-7,-3,20,-25,-7,-21;
MA   /M: SY='T'; M=11,-2,-13,-11,-10,-11,-13,-16,-7,-12,-4,-7,1,-15,-10,-13,8,19,-3,-27,-13,-10;
MA   /M: SY='V'; M=3,-21,-17,-22,-17,-7,-22,-23,8,-18,8,2,-21,-5,-18,-18,-7,4,12,-26,-12,-18;
MA   /M: SY='T'; M=-5,-5,-20,-5,-10,-15,-9,-18,-10,-7,-6,-6,-7,-18,-12,-9,-2,7,-2,-27,-13,-11;
MA   /M: SY='A'; M=23,-9,-13,-15,-12,-17,4,-20,-11,-13,-13,-10,-6,-14,-12,-17,12,8,0,-26,-19,-12;
MA   /M: SY='P'; M=0,-7,-24,-5,6,-23,-15,-13,-20,-1,-21,-16,-5,18,-1,0,5,5,-17,-29,-20,1;
MA   /M: SY='G'; M=-4,-3,-24,0,-11,-24,23,-2,-25,-15,-23,-14,1,-19,-12,-15,3,-10,-15,-28,-18,-12;
MA   /I: I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29;
MA   /M: SY='G'; M=-5,-11,-20,-14,-11,-5,8,-13,-14,-14,-6,-5,-6,-17,-7,-11,-3,-2,-12,-15,-8,-9; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
MA   /M: SY='D'; M=-12,13,-25,19,14,-26,-14,-4,-29,7,-23,-19,7,-11,5,14,6,2,-20,-31,-16,8;
MA   /M: SY='N'; M=-10,40,-20,20,0,-20,0,10,-20,0,-30,-20,60,-20,0,0,10,0,-30,-40,-20,0;
MA   /M: SY='T'; M=4,-1,-16,-7,2,-16,-17,-14,-16,-2,-13,-12,-2,-10,-3,1,11,25,-7,-27,-13,-1;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='K'; M=-6,4,-23,1,6,-26,-12,-3,-25,19,-27,-13,11,-13,12,19,7,-1,-20,-28,-14,8;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-27,-17,-30,-23,4,-27,-17,23,-21,29,29,-27,-27,-17,-17,-21,-7,21,-23,-3,-20;
MA   /M: SY='K'; M=-11,3,-27,7,12,-22,-21,-3,-18,13,-18,-9,-3,-14,10,5,-7,-9,-14,-20,-2,10;
MA   /M: SY='A'; M=29,-15,-10,-20,-15,-14,-9,-22,1,-13,-7,-5,-13,-16,-15,-18,8,3,14,-26,-17,-15;
MA   /M: SY='R'; M=-10,2,-28,0,4,-25,7,-5,-31,13,-26,-15,9,-16,2,20,-3,-11,-25,-24,-18,1;
MA   /M: SY='H'; M=-14,9,-28,9,20,-25,-17,39,-28,7,-23,-11,13,-12,11,5,-4,-12,-28,-30,-3,14;
MA   /M: SY='D'; M=-6,32,-27,44,9,-35,3,-6,-35,-5,-27,-25,12,-11,-5,-13,2,-10,-25,-34,-21,2;
MA   /M: SY='I'; M=7,-24,-20,-33,-24,5,-26,-26,23,-23,9,7,-19,-20,-21,-24,-10,-6,20,-17,-3,-24;
MA   /M: SY='T'; M=5,-6,-13,-13,-12,-11,-18,-6,-7,-12,-8,-6,-5,-14,-10,-12,10,26,4,-28,-8,-12;
MA   /M: SY='I'; M=-7,-30,-22,-34,-27,3,-34,-27,36,-27,26,17,-26,-26,-23,-24,-20,-7,30,-23,-3,-27;
MA   /M: SY='T'; M=-7,-1,-21,-2,-4,-19,-23,-14,-5,-1,-10,-5,-4,-14,0,-5,0,8,0,-27,-10,-3;
MA   /M: SY='A'; M=19,-8,-13,-16,-13,-12,-11,-18,-1,-13,-2,-4,-5,-17,-13,-16,3,6,5,-26,-14,-13;
MA   /M: SY='A'; M=28,-4,-16,-9,6,-24,-6,-12,-16,-4,-15,-11,-5,-8,5,-12,11,0,-10,-24,-19,6;
MA   /M: SY='Q'; M=1,5,-21,7,7,-29,-10,-3,-23,2,-23,-13,5,-11,17,5,12,0,-19,-29,-16,11;
MA   /M: SY='F'; M=-12,-24,-22,-29,-24,29,-18,-22,3,-17,1,0,-16,-25,-27,-15,-15,-10,5,-8,7,-24;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='D'; M=-12,13,-25,19,14,-26,-14,-4,-29,7,-23,-19,7,-11,5,14,6,2,-20,-31,-16,8;
MA   /M: SY='N'; M=-10,40,-20,20,0,-20,0,10,-20,0,-30,-20,60,-20,0,0,10,0,-30,-40,-20,0;
MA   /M: SY='T'; M=4,-1,-16,-7,2,-16,-17,-14,-16,-2,-13,-12,-2,-10,-3,1,11,25,-7,-27,-13,-1;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='K'; M=-6,4,-23,1,6,-26,-12,-3,-25,19,-27,-13,11,-13,12,19,7,-1,-20,-28,-14,8;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-27,-17,-30,-23,4,-27,-17,23,-21,29,29,-27,-27,-17,-17,-21,-7,21,-23,-3,-20;
MA   /M: SY='K'; M=-11,3,-27,7,12,-22,-21,-3,-18,13,-18,-9,-3,-14,10,5,-7,-9,-14,-20,-2,10;
MA   /M: SY='A'; M=29,-15,-10,-20,-15,-14,-9,-22,1,-13,-7,-5,-13,-16,-15,-18,8,3,14,-26,-17,-15;
MA   /M: SY='R'; M=-10,2,-28,0,4,-25,7,-5,-31,13,-26,-15,9,-16,2,20,-3,-11,-25,-24,-18,1;
MA   /M: SY='H'; M=-14,9,-28,9,20,-25,-17,39,-28,7,-23,-11,13,-12,11,5,-4,-12,-28,-30,-3,14;
MA   /M: SY='D'; M=-6,32,-27,44,9,-35,3,-6,-35,-5,-27,-25,12,-11,-5,-13,2,-10,-25,-34,-21,2;
MA   /M: SY='I'; M=7,-24,-20,-33,-24,5,-26,-26,23,-23,9,7,-19,-20,-21,-24,-10,-6,20,-17,-3,-24;
MA   /M: SY='T'; M=5,-6,-13,-13,-12,-11,-18,-6,-7,-12,-8,-6,-5,-14,-10,-12,10,26,4,-28,-8,-12;
MA   /M: SY='I'; M=-7,-30,-22,-34,-27,3,-34,-27,36,-27,26,17,-26,-26,-23,-24,-20,-7,30,-23,-3,-27;
MA   /M: SY='T'; M=-7,-1,-21,-2,-4,-19,-23,-14,-5,-1,-10,-5,-4,-14,0,-5,0,8,0,-27,-10,-3;
MA   /M: SY='A'; M=19,-8,-13,-16,-13,-12,-11,-18,-1,-13,-2,-4,-5,-17,-13,-16,3,6,5,-26,-14,-13;
MA   /M: SY='A'; M=28,-4,-16,-9,6,-24,-6,-12,-16,-4,-15,-11,-5,-8,5,-12,11,0,-10,-24,-19,6;
MA   /M: SY='Q'; M=1,5,-21,7,7,-29,-10,-3,-23,2,-23,-13,5,-11,17,5,12,0,-19,-29,-16,11;
MA   /M: SY='F'; M=-12,-24,-22,-29,-24,29,-18,-22,3,-17,1,0,-16,-25,-27,-15,-15,-10,5,-8,7,-24;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /GENERATED_BY="pfmake r2-triple.msf /home/kajava/blosum45.cmp";
CC   /AUTHOR=Kajava Andrey;
//