Structural Bioinformatics and Molecular Modeling
CRBM-CNRS Montpellier

Details of the profile Beta-solenoid-T3-repeat

Profile
Accession Number AK00179
Filename T3-beta-solenoid
Author Andrey Kajava
Theme beta solenoid
Category Repeats
Validated Yes
Description
T3 type beta-solenoid repeat(see Kajava and Steven, 2006 J. Struct. Biol. in press) Profile spans 2 repeats. These repeats were found in several autotransporter proteins including Hbp from E.coli.
Full profile
ID   Beta-solenoid-T3-repeat; MATRIX.
AC   AK00179;
DT   Tue Nov  8 11:06:47 2005
DE   Profile spans 2 repeats
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=38;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=4; N2=35;
CC   Automatic scaling using big reversed database;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-0.7209; R2=0.01790999; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=514; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=403; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-7; D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='S'; M=15,-2,-10,-5,-3,-18,-3,-13,-17,-10,-23,-17,5,-10,-3,-12,32,21,-7,-35,-18,-3;
MA   /M: SY='T'; M=0,4,-13,4,-5,-17,-13,-15,-13,-10,-17,-14,2,-13,-8,-11,19,23,-1,-35,-15,-6;
MA   /M: SY='F'; M=-10,-30,-17,-33,-27,30,-30,-23,17,-27,23,10,-27,-30,-30,-20,-20,-7,20,-13,7,-27;
MA   /M: SY='N'; M=-9,11,-24,3,-1,-24,1,16,-23,-5,-23,-11,21,-17,8,-3,5,-1,-25,-30,-11,2;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-30,-25,-35,-25,5,-35,-25,35,-30,35,20,-25,-25,-20,-25,-25,-10,20,-20,0,-25;
MA   /M: SY='G'; M=0,-1,-20,-6,-10,-20,19,-9,-19,-12,-21,-6,9,-16,-6,-12,12,-1,-16,-30,-20,-8;
MA   /M: SY='R'; M=-13,4,-26,8,6,-26,-15,17,-28,8,-23,-12,7,-15,14,22,2,-6,-23,-29,-8,7;
MA   /I: I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29;
MA   /M: SY='N'; M=-9,23,-17,20,5,-19,-5,2,-19,8,-20,-14,24,-10,2,3,2,-3,-19,-24,-12,3; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
MA   /M: SY='A'; M=28,-7,-13,-12,-8,-22,12,-17,-19,-12,-20,-15,-2,-12,-8,-17,18,3,-9,-27,-22,-8;
MA   /M: SY='V'; M=-7,-16,-20,-19,-14,-10,-26,-20,5,1,-4,1,-13,-20,-11,5,-6,3,14,-25,-9,-14;
MA   /M: SY='F'; M=-15,-28,-20,-35,-25,42,-28,-17,10,-27,26,17,-23,-28,-26,-18,-23,-10,5,-6,14,-23;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='N'; M=-8,26,-20,11,2,-22,-7,5,-18,0,-25,-15,39,-16,9,0,10,7,-25,-35,-16,5;
MA   /M: SY='G'; M=2,-7,-23,-8,-15,-25,42,-18,-31,-17,-27,-18,2,-17,-15,-17,11,-1,-21,-25,-25,-15;
MA   /M: SY='T'; M=-3,5,-20,4,-8,-22,11,-17,-25,-11,-20,-17,3,-13,-11,-13,10,17,-15,-29,-18,-10;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-30,-23,-37,-28,16,-35,-26,32,-28,22,15,-23,-25,-25,-25,-20,-8,24,-16,4,-28;
MA   /M: SY='N'; M=-8,15,-23,8,15,-26,-13,3,-20,3,-21,-12,20,-12,20,1,7,4,-24,-30,-15,18;
MA   /M: SY='A'; M=33,-11,-12,-18,-10,-15,-5,-18,-7,-13,-4,-7,-9,-13,-10,-18,9,2,0,-24,-17,-10;
MA   /M: SY='B'; M=-8,10,-21,9,0,-14,-14,-2,-20,2,-21,-15,10,-15,-2,-2,7,7,-16,-23,1,-2;
MA   /M: SY='N'; M=-10,29,-21,21,5,-25,-8,3,-22,0,-25,-17,33,-15,7,-2,9,6,-24,-35,-17,6;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='S'; M=15,-2,-10,-5,-3,-18,-3,-13,-17,-10,-23,-17,5,-10,-3,-12,32,21,-7,-35,-18,-3;
MA   /M: SY='T'; M=0,4,-13,4,-5,-17,-13,-15,-13,-10,-17,-14,2,-13,-8,-11,19,23,-1,-35,-15,-6;
MA   /M: SY='F'; M=-10,-30,-17,-33,-27,30,-30,-23,17,-27,23,10,-27,-30,-30,-20,-20,-7,20,-13,7,-27;
MA   /M: SY='N'; M=-9,11,-24,3,-1,-24,1,16,-23,-5,-23,-11,21,-17,8,-3,5,-1,-25,-30,-11,2;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-30,-25,-35,-25,5,-35,-25,35,-30,35,20,-25,-25,-20,-25,-25,-10,20,-20,0,-25;
MA   /M: SY='G'; M=0,-1,-20,-6,-10,-20,19,-9,-19,-12,-21,-6,9,-16,-6,-12,12,-1,-16,-30,-20,-8;
MA   /M: SY='R'; M=-13,4,-26,8,6,-26,-15,17,-28,8,-23,-12,7,-15,14,22,2,-6,-23,-29,-8,7;
MA   /I: I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29;
MA   /M: SY='N'; M=-9,23,-17,20,5,-19,-5,2,-19,8,-20,-14,24,-10,2,3,2,-3,-19,-24,-12,3; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
MA   /M: SY='A'; M=28,-7,-13,-12,-8,-22,12,-17,-19,-12,-20,-15,-2,-12,-8,-17,18,3,-9,-27,-22,-8;
MA   /M: SY='V'; M=-7,-16,-20,-19,-14,-10,-26,-20,5,1,-4,1,-13,-20,-11,5,-6,3,14,-25,-9,-14;
MA   /M: SY='F'; M=-15,-28,-20,-35,-25,42,-28,-17,10,-27,26,17,-23,-28,-26,-18,-23,-10,5,-6,14,-23;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='N'; M=-8,26,-20,11,2,-22,-7,5,-18,0,-25,-15,39,-16,9,0,10,7,-25,-35,-16,5;
MA   /M: SY='G'; M=2,-7,-23,-8,-15,-25,42,-18,-31,-17,-27,-18,2,-17,-15,-17,11,-1,-21,-25,-25,-15;
MA   /M: SY='T'; M=-3,5,-20,4,-8,-22,11,-17,-25,-11,-20,-17,3,-13,-11,-13,10,17,-15,-29,-18,-10;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-30,-23,-37,-28,16,-35,-26,32,-28,22,15,-23,-25,-25,-25,-20,-8,24,-16,4,-28;
MA   /M: SY='N'; M=-8,15,-23,8,15,-26,-13,3,-20,3,-21,-12,20,-12,20,1,7,4,-24,-30,-15,18;
MA   /M: SY='A'; M=33,-11,-12,-18,-10,-15,-5,-18,-7,-13,-4,-7,-9,-13,-10,-18,9,2,0,-24,-17,-10;
MA   /M: SY='B'; M=-8,10,-21,9,0,-14,-14,-2,-20,2,-21,-15,10,-15,-2,-2,7,7,-16,-23,1,-2;
MA   /M: SY='N'; M=-10,29,-21,21,5,-25,-8,3,-22,0,-25,-17,33,-15,7,-2,9,6,-24,-35,-17,6;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /GENERATED_BY="pfmake hbp-two-rep-art.msf /home/kajava/blosum45.cmp";
CC   /AUTHOR=Kajava Andrey;
//