Structural Bioinformatics and Molecular Modeling
CRBM-CNRS Montpellier

Details of the profile Beta-solenoid-O2-repeat

Profile
Accession Number AK00183
Filename O2-beta-solenoid
Author Andrey Kajava
Theme beta solenoid
Category Repeats
Validated Yes
Description
O2 type beta-solenoid repeat(see Kajava and Steven, 2006 J. Struct. Biol. in press) Profile spans 3 repeats. These repeats were found in several trimeric autotransporter proteins including UspA2H from M.catarrahalis
Full profile
ID   Beta-solenoid-O2-repeat; MATRIX.
AC   AK00183;
DT   Tue Jan 22 13:25:26 2002
DE   Profile spans 3 repeats.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=42;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=38;
CC   Automatic scaling using big reversed database;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.0479; R2=0.01073959; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=775; N_SCORE=9.4; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=507; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='V'; M=15,-22,-16,-30,-22,5,-20,-24,14,-20,4,3,-18,-20,-21,-22,-6,-4,17,-17,-5,-22;
MA   /M: SY='V'; M=8,-23,-20,-29,-23,-7,-15,-25,18,-22,8,6,-19,-21,-20,-23,-10,-6,19,-22,-10,-23;
MA   /M: SY='G'; M=-2,-13,-28,-13,-20,-24,54,-20,-30,-22,-17,-14,-5,-22,-20,-20,-5,-18,-24,-20,-25,-20;
MA   /M: SY='G'; M=0,-6,-23,-8,-16,-23,38,-16,-25,-16,-24,-16,4,-20,-16,-16,6,-9,-16,-27,-25,-16;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='N'; M=-8,17,-24,16,14,-27,-11,-3,-27,17,-29,-18,19,-11,6,8,5,-3,-23,-32,-17,10;
MA   /M: SY='N'; M=-10,40,-20,20,0,-20,0,10,-20,0,-30,-20,60,-20,0,0,10,0,-30,-40,-20,0;
MA   /M: SY='T'; M=-6,-1,-19,-6,2,-22,-20,-7,-16,2,-15,-6,0,-11,17,6,10,22,-13,-25,-10,9;
MA   /M: SY='A'; M=28,-14,-12,-22,-15,-13,-12,-23,3,-14,-4,-4,-13,-14,-14,-20,5,7,11,-23,-15,-15;
MA   /M: SY='E'; M=-7,8,-24,5,14,-24,-7,-7,-25,11,-23,-15,10,-10,3,3,3,3,-21,-28,-17,9;
MA   /M: SY='G'; M=5,0,-24,0,-11,-27,34,-17,-31,-14,-24,-19,1,-16,-14,-17,4,-6,-21,-24,-24,-13;
MA   /M: SY='N'; M=1,7,-21,1,5,-24,0,-6,-21,-3,-20,-13,12,-12,6,-6,8,5,-20,-28,-18,5;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='N'; M=-10,9,-26,2,-5,-20,10,13,-24,-6,-24,-12,20,-20,4,-5,0,-10,-28,-22,-5,-2;
MA   /M: SY='S'; M=11,6,-13,8,2,-23,-2,-10,-22,-8,-27,-20,9,-10,-1,-11,30,13,-12,-37,-20,0;
MA   /M: SY='V'; M=-2,-20,-11,-25,-23,6,-27,-26,14,-18,3,2,-19,-23,-25,-17,-1,15,28,-25,-5,-23;
MA   /M: SY='V'; M=15,-22,-16,-30,-22,5,-20,-24,14,-20,4,3,-18,-20,-21,-22,-6,-4,17,-17,-5,-22;
MA   /M: SY='V'; M=8,-23,-20,-29,-23,-7,-15,-25,18,-22,8,6,-19,-21,-20,-23,-10,-6,19,-22,-10,-23;
MA   /M: SY='G'; M=-2,-13,-28,-13,-20,-24,54,-20,-30,-22,-17,-14,-5,-22,-20,-20,-5,-18,-24,-20,-25,-20;
MA   /M: SY='G'; M=0,-6,-23,-8,-16,-23,38,-16,-25,-16,-24,-16,4,-20,-16,-16,6,-9,-16,-27,-25,-16;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='N'; M=-8,17,-24,16,14,-27,-11,-3,-27,17,-29,-18,19,-11,6,8,5,-3,-23,-32,-17,10;
MA   /M: SY='N'; M=-10,40,-20,20,0,-20,0,10,-20,0,-30,-20,60,-20,0,0,10,0,-30,-40,-20,0;
MA   /M: SY='T'; M=-6,-1,-19,-6,2,-22,-20,-7,-16,2,-15,-6,0,-11,17,6,10,22,-13,-25,-10,9;
MA   /M: SY='A'; M=28,-14,-12,-22,-15,-13,-12,-23,3,-14,-4,-4,-13,-14,-14,-20,5,7,11,-23,-15,-15;
MA   /M: SY='E'; M=-7,8,-24,5,14,-24,-7,-7,-25,11,-23,-15,10,-10,3,3,3,3,-21,-28,-17,9;
MA   /M: SY='G'; M=5,0,-24,0,-11,-27,34,-17,-31,-14,-24,-19,1,-16,-14,-17,4,-6,-21,-24,-24,-13;
MA   /M: SY='N'; M=1,7,-21,1,5,-24,0,-6,-21,-3,-20,-13,12,-12,6,-6,8,5,-20,-28,-18,5;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='N'; M=-10,9,-26,2,-5,-20,10,13,-24,-6,-24,-12,20,-20,4,-5,0,-10,-28,-22,-5,-2;
MA   /M: SY='S'; M=11,6,-13,8,2,-23,-2,-10,-22,-8,-27,-20,9,-10,-1,-11,30,13,-12,-37,-20,0;
MA   /M: SY='V'; M=-2,-20,-11,-25,-23,6,-27,-26,14,-18,3,2,-19,-23,-25,-17,-1,15,28,-25,-5,-23;
MA   /M: SY='V'; M=15,-22,-16,-30,-22,5,-20,-24,14,-20,4,3,-18,-20,-21,-22,-6,-4,17,-17,-5,-22;
MA   /M: SY='V'; M=8,-23,-20,-29,-23,-7,-15,-25,18,-22,8,6,-19,-21,-20,-23,-10,-6,19,-22,-10,-23;
MA   /M: SY='G'; M=-2,-13,-28,-13,-20,-24,54,-20,-30,-22,-17,-14,-5,-22,-20,-20,-5,-18,-24,-20,-25,-20;
MA   /M: SY='G'; M=0,-6,-23,-8,-16,-23,38,-16,-25,-16,-24,-16,4,-20,-16,-16,6,-9,-16,-27,-25,-16;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='N'; M=-8,17,-24,16,14,-27,-11,-3,-27,17,-29,-18,19,-11,6,8,5,-3,-23,-32,-17,10;
MA   /M: SY='N'; M=-10,40,-20,20,0,-20,0,10,-20,0,-30,-20,60,-20,0,0,10,0,-30,-40,-20,0;
MA   /M: SY='T'; M=-6,-1,-19,-6,2,-22,-20,-7,-16,2,-15,-6,0,-11,17,6,10,22,-13,-25,-10,9;
MA   /M: SY='A'; M=28,-14,-12,-22,-15,-13,-12,-23,3,-14,-4,-4,-13,-14,-14,-20,5,7,11,-23,-15,-15;
MA   /M: SY='E'; M=-7,8,-24,5,14,-24,-7,-7,-25,11,-23,-15,10,-10,3,3,3,3,-21,-28,-17,9;
MA   /M: SY='G'; M=5,0,-24,0,-11,-27,34,-17,-31,-14,-24,-19,1,-16,-14,-17,4,-6,-21,-24,-24,-13;
MA   /M: SY='N'; M=1,7,-21,1,5,-24,0,-6,-21,-3,-20,-13,12,-12,6,-6,8,5,-20,-28,-18,5;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='N'; M=-10,9,-26,2,-5,-20,10,13,-24,-6,-24,-12,20,-20,4,-5,0,-10,-28,-22,-5,-2;
MA   /M: SY='S'; M=11,6,-13,8,2,-23,-2,-10,-22,-8,-27,-20,9,-10,-1,-11,30,13,-12,-37,-20,0;
MA   /M: SY='V'; M=-2,-20,-11,-25,-23,6,-27,-26,14,-18,3,2,-19,-23,-25,-17,-1,15,28,-25,-5,-23;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /GENERATED_BY="pfmake uspa1.msf /home/kajava/prtool/pft2.1/blosum45.cmp";
CC   /AUTHOR=Kajava Andrey;
//