Structural Bioinformatics and Molecular Modeling
CRBM-CNRS Montpellier

Details of the profile Beta-solenoid-L1-repeat

Profile
Accession Number AK00184
Filename L1-beta-solenoid
Author Andrey Kajava
Theme beta solenoid
Category Repeats
Validated Yes
Description
L1 type beta-solenoid repeat(see Kajava and Steven, 2006 J. Struct. Biol. in press) Profile spans 3 repeats. These repeats were found in several autotransporter proteins including pertactin (pdb code 1DAB), serum resistance protein brkA, BapC protein from B. pertussis etc.
Full profile
ID   Beta-solenoid-L1-repeat; MATRIX.
AC   AK00184;
DT   Wed Jul 10 18:14:34 2002
DE   Profile spans 3 repeats.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=63;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=58;
CC   Automatic scaling using big reversed database;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2918; R2=0.01732390; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=358; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=242; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='G'; M=12,-11,-5,-16,-16,-17,19,-15,-24,-17,-19,-14,-5,-19,-16,-19,4,-6,-14,-24,-20,-16;
MA   /M: SY='I'; M=-6,-27,-14,-32,-25,10,-30,-24,20,-24,14,8,-24,-20,-24,-23,-16,-7,19,-18,1,-26;
MA   /M: M=-4,-3,-21,-2,-3,-14,-19,-4,-11,-3,-10,-7,-6,-17,-4,-2,-2,0,-4,-22,-2,-4;
MA   /M: SY='I'; M=-2,-27,-19,-31,-25,0,-30,-26,30,-24,18,13,-24,-25,-22,-23,-14,-4,30,-25,-6,-25;
MA   /M: SY='G'; M=-2,1,-23,1,2,-25,5,-10,-22,-2,-20,-11,0,-13,2,-6,4,-2,-16,-26,-18,2;
MA   /M: SY='S'; M=0,2,-22,3,0,-24,6,-10,-25,-3,-21,-15,5,-14,-1,-2,7,-2,-18,-28,-19,-1;
MA   /I: I=-3; MI=-17; MD=-17; IM=-17;
MA   /M: SY='G'; M=-3,-1,-13,-2,-6,-20,12,-12,-21,-12,-19,-14,3,-11,-10,-13,5,-3,-15,-27,-20,-8; D=-3;
MA   /I: I=-3; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
MA   /M: SY='S'; M=9,9,-18,8,-3,-24,7,-11,-23,-9,-23,-18,9,-13,-7,-13,14,5,-15,-31,-20,-5;
MA   /M: SY='N'; M=-10,0,-24,-3,2,-16,-13,1,-15,1,-10,-6,6,-18,5,6,-4,-7,-16,-25,-8,2;
MA   /M: SY='V'; M=0,-27,-14,-28,-25,0,-27,-26,23,-22,18,10,-26,-27,-24,-20,-12,-2,32,-27,-8,-25;
MA   /M: SY='T'; M=-5,-8,-19,-11,-5,-14,-20,-4,-9,-7,-10,-5,-6,-16,-1,-7,4,12,-3,-19,-6,-3;
MA   /M: SY='I'; M=-1,-26,-20,-31,-23,9,-27,-21,20,-24,20,13,-23,-24,-20,-21,-17,-7,17,-16,2,-23;
MA   /M: SY='D'; M=-3,4,-22,7,5,-25,-15,-8,-19,1,-17,-12,0,-8,6,1,4,1,-14,-29,-15,5;
MA   /M: SY='N'; M=-10,16,-25,11,-2,-25,11,9,-29,-3,-28,-17,25,-18,0,1,4,-8,-28,-31,-17,-2;
MA   /M: SY='N'; M=3,-1,-18,-8,-11,-15,1,-11,-9,-13,-11,-6,8,-18,-9,-13,6,1,-8,-30,-16,-10;
MA   /M: SY='Y'; M=-3,-5,-20,-11,-11,-6,-19,3,-4,-10,-9,-5,0,-18,-5,-10,2,7,-5,-17,10,-10;
MA   /M: SY='I'; M=-8,-28,-14,-33,-26,5,-32,-26,24,-26,19,11,-25,-26,-23,-23,-19,-5,21,-14,-2,-26;
MA   /M: SY='T'; M=-2,-2,-20,-2,-1,-15,-17,-6,-12,-4,-13,-9,-4,-15,4,-4,5,7,-8,-20,-1,1;
MA   /M: SY='N'; M=-1,14,-23,8,-4,-24,11,1,-26,-4,-26,-18,22,-17,-4,-1,5,-6,-24,-30,-19,-5;
MA   /M: SY='V'; M=-1,-18,-24,-19,-17,-14,-4,-21,-3,-15,-11,-6,-13,-10,-13,-14,-3,-5,1,-16,-14,-16;
MA   /I: I=-2; MI=-12; MD=-12; IM=-12;
MA   /M: SY='G'; M=-3,2,-25,6,2,-27,7,1,-28,-6,-25,-16,3,-2,0,-6,6,-6,-23,-28,-17,-1; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-12; MD=-12; IM=-12; DM=-12;
MA   /M: SY='G'; M=2,2,-18,1,-5,-19,5,-11,-17,-7,-13,-11,1,-14,-5,-7,1,-2,-11,-22,-15,-6; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-12; MD=-12; IM=-12; DM=-12;
MA   /M: SY='H'; M=-5,-2,-17,-3,-4,-8,-8,8,-11,-6,-6,-4,0,-14,0,-3,-3,-3,-11,-14,3,-3; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12;
MA   /M: SY='G'; M=12,-11,-5,-16,-16,-17,19,-15,-24,-17,-19,-14,-5,-19,-16,-19,4,-6,-14,-24,-20,-16;
MA   /M: SY='I'; M=-6,-27,-14,-32,-25,10,-30,-24,20,-24,14,8,-24,-20,-24,-23,-16,-7,19,-18,1,-26;
MA   /M: M=-4,-3,-21,-2,-3,-14,-19,-4,-11,-3,-10,-7,-6,-17,-4,-2,-2,0,-4,-22,-2,-4;
MA   /M: SY='I'; M=-2,-27,-19,-31,-25,0,-30,-26,30,-24,18,13,-24,-25,-22,-23,-14,-4,30,-25,-6,-25;
MA   /M: SY='G'; M=-2,1,-23,1,2,-25,5,-10,-22,-2,-20,-11,0,-13,2,-6,4,-2,-16,-26,-18,2;
MA   /M: SY='S'; M=0,2,-22,3,0,-24,6,-10,-25,-3,-21,-15,5,-14,-1,-2,7,-2,-18,-28,-19,-1;
MA   /I: I=-3; MI=-17; MD=-17; IM=-17;
MA   /M: SY='G'; M=-3,-1,-13,-2,-6,-20,12,-12,-21,-12,-19,-14,3,-11,-10,-13,5,-3,-15,-27,-20,-8; D=-3;
MA   /I: I=-3; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
MA   /M: SY='S'; M=9,9,-18,8,-3,-24,7,-11,-23,-9,-23,-18,9,-13,-7,-13,14,5,-15,-31,-20,-5;
MA   /M: SY='N'; M=-10,0,-24,-3,2,-16,-13,1,-15,1,-10,-6,6,-18,5,6,-4,-7,-16,-25,-8,2;
MA   /M: SY='V'; M=0,-27,-14,-28,-25,0,-27,-26,23,-22,18,10,-26,-27,-24,-20,-12,-2,32,-27,-8,-25;
MA   /M: SY='T'; M=-5,-8,-19,-11,-5,-14,-20,-4,-9,-7,-10,-5,-6,-16,-1,-7,4,12,-3,-19,-6,-3;
MA   /M: SY='I'; M=-1,-26,-20,-31,-23,9,-27,-21,20,-24,20,13,-23,-24,-20,-21,-17,-7,17,-16,2,-23;
MA   /M: SY='D'; M=-3,4,-22,7,5,-25,-15,-8,-19,1,-17,-12,0,-8,6,1,4,1,-14,-29,-15,5;
MA   /M: SY='N'; M=-10,16,-25,11,-2,-25,11,9,-29,-3,-28,-17,25,-18,0,1,4,-8,-28,-31,-17,-2;
MA   /M: SY='N'; M=3,-1,-18,-8,-11,-15,1,-11,-9,-13,-11,-6,8,-18,-9,-13,6,1,-8,-30,-16,-10;
MA   /M: SY='Y'; M=-3,-5,-20,-11,-11,-6,-19,3,-4,-10,-9,-5,0,-18,-5,-10,2,7,-5,-17,10,-10;
MA   /M: SY='I'; M=-8,-28,-14,-33,-26,5,-32,-26,24,-26,19,11,-25,-26,-23,-23,-19,-5,21,-14,-2,-26;
MA   /M: SY='T'; M=-2,-2,-20,-2,-1,-15,-17,-6,-12,-4,-13,-9,-4,-15,4,-4,5,7,-8,-20,-1,1;
MA   /M: SY='N'; M=-1,14,-23,8,-4,-24,11,1,-26,-4,-26,-18,22,-17,-4,-1,5,-6,-24,-30,-19,-5;
MA   /M: SY='V'; M=-1,-18,-24,-19,-17,-14,-4,-21,-3,-15,-11,-6,-13,-10,-13,-14,-3,-5,1,-16,-14,-16;
MA   /I: I=-2; MI=-12; MD=-12; IM=-12;
MA   /M: SY='G'; M=-3,2,-25,6,2,-27,7,1,-28,-6,-25,-16,3,-2,0,-6,6,-6,-23,-28,-17,-1; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-12; MD=-12; IM=-12; DM=-12;
MA   /M: SY='G'; M=2,2,-18,1,-5,-19,5,-11,-17,-7,-13,-11,1,-14,-5,-7,1,-2,-11,-22,-15,-6; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-12; MD=-12; IM=-12; DM=-12;
MA   /M: SY='H'; M=-5,-2,-17,-3,-4,-8,-8,8,-11,-6,-6,-4,0,-14,0,-3,-3,-3,-11,-14,3,-3; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12;
MA   /M: SY='G'; M=12,-11,-5,-16,-16,-17,19,-15,-24,-17,-19,-14,-5,-19,-16,-19,4,-6,-14,-24,-20,-16;
MA   /M: SY='I'; M=-6,-27,-14,-32,-25,10,-30,-24,20,-24,14,8,-24,-20,-24,-23,-16,-7,19,-18,1,-26;
MA   /M: M=-4,-3,-21,-2,-3,-14,-19,-4,-11,-3,-10,-7,-6,-17,-4,-2,-2,0,-4,-22,-2,-4;
MA   /M: SY='I'; M=-2,-27,-19,-31,-25,0,-30,-26,30,-24,18,13,-24,-25,-22,-23,-14,-4,30,-25,-6,-25;
MA   /M: SY='G'; M=-2,1,-23,1,2,-25,5,-10,-22,-2,-20,-11,0,-13,2,-6,4,-2,-16,-26,-18,2;
MA   /M: SY='S'; M=0,2,-22,3,0,-24,6,-10,-25,-3,-21,-15,5,-14,-1,-2,7,-2,-18,-28,-19,-1;
MA   /I: I=-3; MI=-17; MD=-17; IM=-17;
MA   /M: SY='G'; M=-3,-1,-13,-2,-6,-20,12,-12,-21,-12,-19,-14,3,-11,-10,-13,5,-3,-15,-27,-20,-8; D=-3;
MA   /I: I=-3; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
MA   /M: SY='S'; M=9,9,-18,8,-3,-24,7,-11,-23,-9,-23,-18,9,-13,-7,-13,14,5,-15,-31,-20,-5;
MA   /M: SY='N'; M=-10,0,-24,-3,2,-16,-13,1,-15,1,-10,-6,6,-18,5,6,-4,-7,-16,-25,-8,2;
MA   /M: SY='V'; M=0,-27,-14,-28,-25,0,-27,-26,23,-22,18,10,-26,-27,-24,-20,-12,-2,32,-27,-8,-25;
MA   /M: SY='T'; M=-5,-8,-19,-11,-5,-14,-20,-4,-9,-7,-10,-5,-6,-16,-1,-7,4,12,-3,-19,-6,-3;
MA   /M: SY='I'; M=-1,-26,-20,-31,-23,9,-27,-21,20,-24,20,13,-23,-24,-20,-21,-17,-7,17,-16,2,-23;
MA   /M: SY='D'; M=-3,4,-22,7,5,-25,-15,-8,-19,1,-17,-12,0,-8,6,1,4,1,-14,-29,-15,5;
MA   /M: SY='N'; M=-10,16,-25,11,-2,-25,11,9,-29,-3,-28,-17,25,-18,0,1,4,-8,-28,-31,-17,-2;
MA   /M: SY='N'; M=3,-1,-18,-8,-11,-15,1,-11,-9,-13,-11,-6,8,-18,-9,-13,6,1,-8,-30,-16,-10;
MA   /M: SY='Y'; M=-3,-5,-20,-11,-11,-6,-19,3,-4,-10,-9,-5,0,-18,-5,-10,2,7,-5,-17,10,-10;
MA   /M: SY='I'; M=-8,-28,-14,-33,-26,5,-32,-26,24,-26,19,11,-25,-26,-23,-23,-19,-5,21,-14,-2,-26;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /GENERATED_BY="pfmake 1HG8-rep.msf /home/kajava/backup/blosum45.cmp";
CC   /AUTHOR=Kajava Andrey;
//