Structural Bioinformatics and Molecular Modeling
CRBM-CNRS Montpellier

Details of the profile LRR-GALA

Profile
Accession Number AK00204
Filename nemo
Author Andrey Kajava
Theme Leucine Rich Repeat
Category Repeats
Validated Yes
Description
Full profile
ID   LRR-GALA; MATRIX.
AC   AK00204;
DT   Thu Jul 06 15:40:51 2006
DE   Profile spans 3 repeats.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=72;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=67;
CC   Automatic scaling using big reversed database;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.5867; R2=0.01024195; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=895; N_SCORE=11.8; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=700; N_SCORE=9.8; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B0=*; B1=*; E0=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B0=0; B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='S'; M=-1,0,-3,1,-4,-23,2,-11,-27,-7,-28,-20,5,-16,-4,-2,19,5,-16,-36,-21,-5;
MA   /M: SY='G'; M=-5,1,-24,2,-6,-18,4,-6,-27,-6,-22,-17,2,-16,-7,-2,4,-2,-19,-17,-12,-7;
MA   /M: SY='N'; M=-8,16,1,1,-10,-19,-2,-6,-18,-10,-23,-16,29,-22,-9,-10,5,1,-19,-37,-20,-10;
MA   /M: SY='G'; M=-6,0,-24,2,-3,-25,8,-10,-29,-1,-26,-18,4,-10,-3,8,8,-1,-20,-29,-19,-5;
MA   /M: SY='I'; M=-3,-27,-15,-35,-26,-2,-33,-27,32,-28,19,14,-21,-22,-20,-27,-18,-9,20,-22,-4,-26;
MA   /M: SY='G'; M=-3,0,-23,2,-6,-25,20,-14,-26,-11,-23,-17,1,-16,-10,-11,7,-4,-15,-29,-22,-8;
MA   /M: SY='D'; M=-10,20,-24,28,6,-28,-11,-1,-25,-6,-25,-20,11,-1,-3,-10,6,0,-19,-37,-17,0;
MA   /M: SY='E'; M=8,-2,-24,-2,17,-26,-8,-6,-23,5,-17,-13,-3,-9,11,6,1,-7,-19,-23,-18,13;
MA   /M: SY='G'; M=13,-11,-23,-13,-17,-25,42,-20,-27,-17,-23,-16,-4,-18,-17,-19,4,-11,-17,-22,-26,-17;
MA   /M: SY='A'; M=27,-16,-15,-23,-15,-13,-2,-21,-2,-16,1,-3,-14,-16,-15,-21,-1,-4,4,-21,-16,-15;
MA   /M: SY='R'; M=-8,-14,-15,-14,-1,-11,-24,-8,-7,-4,3,0,-14,-21,2,4,-12,-8,-6,-21,-5,-1;
MA   /M: SY='A'; M=28,-10,-16,-17,-9,-18,-8,-7,-11,-9,-8,-8,-9,-6,-8,-13,4,0,-5,-22,-14,-9;
MA   /M: SY='L'; M=-11,-29,-22,-30,-21,11,-31,-16,20,-28,42,18,-28,-29,-19,-20,-28,-10,9,-14,9,-21;
MA   /M: SY='A'; M=33,-11,-12,-17,-10,-17,1,-18,-10,-13,-8,-9,-8,-13,-10,-18,10,1,-3,-23,-18,-10;
MA   /M: SY='A'; M=10,1,-21,-1,-2,-23,5,-11,-22,-4,-16,-14,2,-14,-5,-3,3,-6,-15,-25,-19,-4;
MA   /M: SY='N'; M=-1,14,-18,3,-3,-18,-4,0,-16,-1,-23,-10,27,-17,0,3,13,3,-17,-34,-17,-2;
MA   /M: SY='R'; M=-2,-12,-22,-14,-3,-14,-19,-11,-13,2,-3,-5,-9,-11,-3,15,-6,0,-9,-23,-12,-5;
MA   /M: SY='T'; M=3,-9,-17,-9,-3,-17,-16,-18,-8,-10,-15,-11,-8,6,-9,-13,10,13,-1,-31,-18,-7;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20,10,-30,-20,20,-30,50,20,-30,-30,-20,-20,-30,-10,10,-20,0,-20;
MA   /M: SY='T'; M=8,-5,-16,-12,-6,-17,-16,-16,-14,5,-14,-9,-4,-12,-5,5,7,17,-4,-25,-12,-6;
MA   /M: SY='S'; M=11,-2,-11,-4,-2,-19,-2,-12,-15,-11,-26,-17,7,-11,-2,-12,35,17,-7,-38,-19,-2;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20,10,-30,-20,20,-30,50,20,-30,-30,-20,-20,-30,-10,10,-20,0,-20;
MA   /M: SY='D'; M=-15,36,-28,44,21,-33,-11,1,-33,8,-29,-24,22,-10,4,-1,1,-8,-29,-36,-19,12;
MA   /M: SY='L'; M=-1,-28,-19,-31,-23,2,-28,-24,24,-26,29,14,-26,-26,-21,-22,-19,-7,21,-22,-4,-23;
MA   /M: SY='S'; M=2,-5,-1,-6,-6,-21,3,-12,-25,-8,-28,-19,4,-16,-4,-2,23,8,-14,-36,-21,-6;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='D'; M=-8,6,-26,9,-4,-19,3,-5,-29,-6,-22,-18,3,-16,-7,-2,0,-4,-21,-17,-12,-6;
MA   /M: SY='N'; M=-7,18,-11,3,-8,-18,-1,-5,-16,-8,-22,-15,31,-19,-8,-8,8,7,-18,-35,-18,-8;
MA   /M: SY='S'; M=-5,2,-24,5,3,-26,8,-10,-29,-2,-26,-19,4,-9,-2,2,9,-1,-21,-30,-20,-1;
MA   /M: SY='I'; M=-2,-27,-13,-34,-26,-2,-32,-27,30,-27,18,13,-22,-23,-21,-26,-17,-8,22,-23,-5,-26;
MA   /M: SY='G'; M=-3,0,-23,2,-6,-25,20,-14,-26,-11,-23,-17,1,-16,-10,-11,7,-4,-15,-29,-22,-8;
MA   /M: SY='D'; M=-7,16,-22,21,4,-26,-11,-2,-23,-7,-25,-19,10,-1,-3,-10,10,3,-17,-37,-17,-1;
MA   /M: SY='E'; M=8,0,-23,-2,11,-25,-6,-5,-22,4,-18,-13,3,-11,9,6,2,-6,-19,-24,-18,9;
MA   /M: SY='G'; M=13,-11,-23,-13,-17,-25,42,-20,-27,-17,-23,-16,-4,-18,-17,-19,4,-11,-17,-22,-26,-17;
MA   /M: SY='A'; M=27,-16,-15,-23,-15,-13,-2,-21,-2,-16,1,-3,-14,-16,-15,-21,-1,-4,4,-21,-16,-15;
MA   /M: SY='R'; M=-10,-12,-17,-12,2,-13,-23,-5,-13,0,0,-2,-11,-20,6,12,-12,-9,-13,-20,-5,2;
MA   /M: SY='A'; M=28,-10,-16,-17,-9,-18,-8,-7,-11,-9,-8,-8,-9,-6,-8,-13,4,0,-5,-22,-14,-9;
MA   /M: SY='L'; M=-11,-29,-22,-30,-21,11,-31,-16,20,-28,42,18,-28,-29,-19,-20,-28,-10,9,-14,9,-21;
MA   /M: SY='A'; M=33,-11,-12,-17,-10,-17,1,-18,-10,-13,-8,-9,-8,-13,-10,-18,10,1,-3,-23,-18,-10;
MA   /M: SY='A'; M=10,1,-21,-1,-2,-23,5,-11,-22,-4,-16,-14,2,-14,-5,-3,3,-6,-15,-25,-19,-4;
MA   /M: SY='N'; M=-1,13,-18,3,-3,-17,-5,-2,-16,-3,-20,-14,26,-18,-2,2,12,3,-17,-34,-17,-3;
MA   /M: SY='R'; M=0,-9,-21,-11,-1,-17,-16,-10,-17,3,-11,-9,-5,-9,-1,16,1,2,-11,-25,-14,-3;
MA   /M: SY='T'; M=3,-6,-17,-9,-9,-16,-14,-17,-7,-11,-16,-11,-2,4,-11,-13,11,14,-1,-32,-18,-11;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20,10,-30,-20,20,-30,50,20,-30,-30,-20,-20,-30,-10,10,-20,0,-20;
MA   /M: SY='T'; M=8,-4,-16,-10,-2,-17,-16,-15,-14,1,-13,-10,-4,-11,-4,2,8,17,-5,-26,-13,-3;
MA   /M: SY='S'; M=11,-2,-11,-4,-2,-19,-2,-12,-15,-11,-26,-17,7,-11,-2,-12,35,17,-7,-38,-19,-2;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-31,-21,9,-31,-21,23,-30,47,20,-29,-29,-20,-21,-29,-10,12,-20,0,-21;
MA   /M: SY='D'; M=-15,39,-27,44,15,-32,-9,2,-32,7,-30,-24,28,-12,2,-1,2,-7,-29,-37,-19,9;
MA   /M: SY='L'; M=-1,-28,-19,-31,-23,2,-28,-24,24,-26,29,14,-26,-26,-21,-22,-19,-7,21,-22,-4,-23;
MA   /M: SY='S'; M=2,-5,-1,-6,-6,-21,3,-12,-25,-8,-28,-19,4,-16,-4,-2,23,8,-14,-36,-21,-6;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='G'; M=-8,-2,-25,-2,-8,-8,1,-7,-25,-8,-18,-15,-1,-18,-11,-3,-2,-4,-18,-12,-7,-10;
MA   /M: SY='N'; M=-7,18,-11,3,-8,-18,-1,-5,-16,-8,-22,-15,31,-19,-8,-8,8,7,-18,-35,-18,-8;
MA   /M: SY='S'; M=-4,-2,-22,0,-6,-23,7,-13,-23,-5,-23,-16,1,-11,-7,0,8,0,-13,-30,-19,-8;
MA   /M: SY='I'; M=-2,-27,-13,-34,-26,-2,-32,-27,30,-27,18,13,-22,-23,-21,-26,-17,-8,22,-23,-5,-26;
MA   /M: SY='G'; M=-3,0,-21,2,-5,-23,12,-14,-23,-10,-21,-16,1,-15,-9,-10,9,3,-12,-29,-20,-7;
MA   /M: SY='D'; M=-10,20,-24,28,6,-28,-11,-1,-25,-6,-25,-20,11,-1,-3,-10,6,0,-19,-37,-17,0;
MA   /M: SY='E'; M=10,-3,-22,-4,11,-25,-6,-7,-22,3,-18,-13,-2,-10,9,5,5,-5,-17,-24,-18,9;
MA   /M: SY='G'; M=13,-11,-23,-13,-17,-25,42,-20,-27,-17,-23,-16,-4,-18,-17,-19,4,-11,-17,-22,-26,-17;
MA   /M: SY='A'; M=27,-16,-15,-23,-15,-13,-2,-21,-2,-16,1,-3,-14,-16,-15,-21,-1,-4,4,-21,-16,-15;
MA   /M: SY='R'; M=-10,-12,-17,-12,2,-13,-23,-5,-13,0,0,-2,-11,-20,6,12,-12,-9,-13,-20,-5,2;
MA   /M: SY='A'; M=29,-10,-16,-17,-8,-19,-8,-18,-11,-4,-9,-8,-10,-6,-8,-10,4,1,-4,-21,-17,-8;
MA   /M: SY='L'; M=-11,-29,-22,-30,-21,11,-31,-16,20,-28,42,18,-28,-29,-19,-20,-28,-10,9,-14,9,-21;
MA   /M: SY='A'; M=33,-11,-12,-17,-10,-17,1,-18,-10,-13,-8,-9,-8,-13,-10,-18,10,1,-3,-23,-18,-10;
MA   /M: SY='A'; M=10,1,-21,-1,-2,-23,5,-11,-22,-4,-16,-14,2,-14,-5,-3,3,-6,-15,-25,-19,-4;
MA   /M: SY='N'; M=-1,13,-18,3,-3,-17,-5,-2,-16,-3,-20,-14,26,-18,-2,2,12,3,-17,-34,-17,-3;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='R'; M=-1,-9,-21,-12,-2,-16,-18,-11,-16,3,-9,-8,-6,-9,-2,16,-1,5,-10,-24,-13,-4;
MA   /M: SY='T'; M=5,-10,-16,-11,-9,-16,-14,-19,-7,-12,-16,-11,-7,5,-11,-14,14,16,1,-32,-18,-11;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20,10,-30,-20,20,-30,50,20,-30,-30,-20,-20,-30,-10,10,-20,0,-20;
MA   /M: SY='T'; M=7,-6,-16,-13,-7,-16,-16,-15,-14,3,-13,-9,-4,-13,-5,8,7,17,-4,-25,-12,-7;
MA   /M: SY='S'; M=10,-2,-11,-5,-3,-18,-4,-13,-14,-11,-24,-16,6,-11,-3,-12,33,20,-6,-37,-18,-3;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20,10,-30,-20,20,-30,50,20,-30,-30,-20,-20,-30,-10,10,-20,0,-20;
MA   /M: SY='D'; M=-15,39,-27,44,15,-32,-9,2,-32,7,-30,-24,28,-12,2,-1,2,-7,-29,-37,-19,9;
MA   /M: SY='L'; M=-1,-28,-19,-31,-23,2,-28,-24,24,-26,29,14,-26,-26,-21,-22,-19,-7,21,-22,-4,-23;
MA   /I: E0=0; E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /GENERATED_BY="pfmake -1 lrrgala.msf blosum45.cmp";
CC   /AUTHOR=Kajava Andrey;
//