Structural Bioinformatics and Molecular Modeling
CRBM-CNRS Montpellier

Details of the profile LRR-RI-2006

Profile
Accession Number AK00217
Filename LRR28all.prf
Author Andrey Kajava
Theme Leucine Rich Repeat
Category Repeats
Validated Yes
Description
Ribonuclease inhibitor-like LRR profile (Kajava, A.V. 1998, J. Mol. Biol. 277:519). Updated in 2006 and now includes Rna1p (pdb code 1YRG) and tropomodulins (pdb codes 1IO0 and 1PGV).
Full profile
ID   LRR-RI-2006; MATRIX.
AC   AK00217;
DT   Tue Jul 11 14:29:51 2006
DE   Profile spans 3 repeats.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=84;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=79;
CC   Automatic scaling using big reversed database;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=4.0071; R2=0.01390722; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=323; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=179; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B0=*; B1=*; E0=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B0=0; B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='E'; M=-4,9,-24,9,14,-27,-7,-2,-22,2,-21,-14,11,-12,11,0,4,-5,-20,-29,-18,12;
MA   /M: SY='N'; M=-3,17,-19,10,0,-18,-2,-1,-21,-4,-25,-18,25,-16,-2,-6,13,6,-20,-31,-12,-2;
MA   /M: SY='N'; M=-8,10,-2,-3,-9,-15,-13,-4,-9,-9,-15,-4,21,-20,-4,-9,3,3,-13,-35,-15,-7;
MA   /I: I=-13; MI=-27; MD=-27; IM=-27;
MA   /M: SY='S'; M=-4,-4,-22,-4,3,-15,-3,-7,-21,1,-18,-10,-1,-11,0,1,4,-2,-16,-21,-9,1; D=-13;
MA   /I: I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
MA   /M: SY='I'; M=-7,-27,-21,-31,-23,5,-31,-24,27,-27,27,14,-23,-25,-20,-22,-18,-4,19,-22,-2,-23;
MA   /M: SY='G'; M=-2,-4,-22,-4,-6,-21,11,-13,-24,-10,-24,-17,1,-2,-8,-11,11,6,-18,-27,-17,-8;
MA   /M: SY='D'; M=-9,11,-27,16,5,-26,-9,-7,-20,-5,-20,-16,5,-1,-5,-11,-1,-7,-17,-32,-18,-1;
MA   /M: SY='E'; M=3,2,-25,4,9,-25,-11,-6,-20,-3,-19,-14,-1,8,-1,-10,2,-4,-18,-29,-18,3;
MA   /M: SY='G'; M=-1,-8,-23,-9,-12,-16,16,-13,-19,-12,-14,-9,-4,-19,-13,-11,-2,-8,-11,-23,-16,-13;
MA   /M: SY='V'; M=7,-21,-1,-27,-18,-4,-23,-23,9,-21,8,2,-18,-22,-18,-22,-9,-5,10,-24,-10,-19;
MA   /M: SY='R'; M=-2,-3,-23,-7,0,-18,-12,-2,-19,10,-16,-5,2,-15,4,14,-1,-4,-14,-23,-10,1;
MA   /M: SY='A'; M=6,-7,-21,-8,-2,-18,-13,-15,-9,-4,-9,-8,-7,-11,-6,-4,0,-2,-4,-25,-15,-5;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-29,-15,-31,-23,6,-31,-22,23,-28,37,20,-28,-28,-20,-21,-25,-9,16,-22,-2,-22;
MA   /M: SY='A'; M=10,-18,-2,-24,-18,-8,-14,-22,-1,-18,1,-1,-16,-18,-17,-20,-6,-5,4,-24,-13,-18;
MA   /M: SY='E'; M=-8,8,-26,11,23,-27,-12,-2,-25,6,-22,-16,5,-6,10,1,3,-2,-23,-30,-16,16;
MA   /M: SY='A'; M=22,-15,-15,-21,-16,-13,-2,-19,-1,-15,-1,2,-13,-17,-13,-18,1,-2,5,-22,-15,-15;
MA   /M: SY='L'; M=-4,-26,-19,-30,-21,7,-28,-21,19,-26,32,16,-25,-26,-19,-20,-21,-6,13,-20,-2,-21;
MA   /M: SY='R'; M=-3,-6,-13,-6,5,-21,-19,-5,-20,7,-11,-8,-6,-16,3,8,-8,-9,-15,-25,-12,3;
MA   /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='S'; M=2,-5,-19,-7,-2,-16,-15,-12,-10,-4,-15,-8,-3,-5,-4,-8,7,7,-4,-28,-12,-4;
MA   /M: SY='N'; M=-5,19,-19,6,-2,-18,-7,0,-16,-1,-22,-13,31,-17,1,-2,9,5,-20,-29,-15,0;
MA   /M: SY='Q'; M=-5,-6,-12,-8,2,-22,-18,-11,-19,0,-17,-11,-5,2,4,1,1,3,-16,-28,-17,2;
MA   /M: SY='S'; M=1,0,-18,-2,-2,-18,-10,6,-20,-6,-21,-13,4,-8,-1,-6,14,11,-14,-29,-8,-3;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-30,-15,-32,-23,6,-32,-23,25,-29,37,17,-28,-29,-22,-22,-25,-9,18,-23,-3,-23;
MA   /M: SY='K'; M=-10,-5,-26,-3,13,-21,-21,-8,-18,16,-13,-7,-5,-13,9,16,-6,-5,-14,-24,-11,10;
MA   /M: SY='E'; M=-7,1,-24,2,18,-19,-17,-6,-21,12,-20,-12,0,-10,6,6,4,-1,-16,-26,-11,12;
MA   /M: SY='L'; M=-12,-30,-20,-33,-24,24,-31,-21,19,-30,37,15,-27,-29,-25,-21,-26,-10,12,-14,6,-24;
MA   /M: SY='N'; M=-7,9,-19,8,2,-23,-5,0,-25,1,-25,-15,12,-15,1,2,8,-1,-21,-28,-15,1;
MA   /M: SY='L'; M=-4,-28,-20,-30,-22,7,-29,-21,21,-26,31,14,-26,-27,-20,-21,-21,-8,16,-18,1,-22;
MA   /M: SY='E'; M=-4,9,-24,9,14,-27,-7,-2,-22,2,-21,-14,11,-12,11,0,4,-5,-20,-29,-18,12;
MA   /M: SY='N'; M=-3,17,-19,10,0,-18,-2,-1,-21,-4,-25,-18,25,-16,-2,-6,13,6,-20,-31,-12,-2;
MA   /M: SY='N'; M=-8,10,-2,-3,-9,-15,-13,-4,-9,-9,-15,-4,21,-20,-4,-9,3,3,-13,-35,-15,-7;
MA   /I: I=-13; MI=-27; MD=-27; IM=-27;
MA   /M: SY='S'; M=-4,-4,-22,-4,3,-15,-3,-7,-21,1,-18,-10,-1,-11,0,1,4,-2,-16,-21,-9,1; D=-13;
MA   /I: I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
MA   /M: SY='I'; M=-7,-27,-21,-31,-23,5,-31,-24,27,-27,27,14,-23,-25,-20,-22,-18,-4,19,-22,-2,-23;
MA   /M: SY='G'; M=-2,-4,-22,-4,-6,-21,11,-13,-24,-10,-24,-17,1,-2,-8,-11,11,6,-18,-27,-17,-8;
MA   /M: SY='D'; M=-9,11,-27,16,5,-26,-9,-7,-20,-5,-20,-16,5,-1,-5,-11,-1,-7,-17,-32,-18,-1;
MA   /M: SY='E'; M=3,2,-25,4,9,-25,-11,-6,-20,-3,-19,-14,-1,8,-1,-10,2,-4,-18,-29,-18,3;
MA   /M: SY='G'; M=-1,-8,-23,-9,-12,-16,16,-13,-19,-12,-14,-9,-4,-19,-13,-11,-2,-8,-11,-23,-16,-13;
MA   /M: SY='V'; M=7,-21,-1,-27,-18,-4,-23,-23,9,-21,8,2,-18,-22,-18,-22,-9,-5,10,-24,-10,-19;
MA   /M: SY='R'; M=-2,-3,-23,-7,0,-18,-12,-2,-19,10,-16,-5,2,-15,4,14,-1,-4,-14,-23,-10,1;
MA   /M: SY='A'; M=6,-7,-21,-8,-2,-18,-13,-15,-9,-4,-9,-8,-7,-11,-6,-4,0,-2,-4,-25,-15,-5;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-29,-15,-31,-23,6,-31,-22,23,-28,37,20,-28,-28,-20,-21,-25,-9,16,-22,-2,-22;
MA   /M: SY='A'; M=10,-18,-2,-24,-18,-8,-14,-22,-1,-18,1,-1,-16,-18,-17,-20,-6,-5,4,-24,-13,-18;
MA   /M: SY='E'; M=-8,8,-26,11,23,-27,-12,-2,-25,6,-22,-16,5,-6,10,1,3,-2,-23,-30,-16,16;
MA   /M: SY='A'; M=22,-15,-15,-21,-16,-13,-2,-19,-1,-15,-1,2,-13,-17,-13,-18,1,-2,5,-22,-15,-15;
MA   /M: SY='L'; M=-4,-26,-19,-30,-21,7,-28,-21,19,-26,32,16,-25,-26,-19,-20,-21,-6,13,-20,-2,-21;
MA   /M: SY='R'; M=-3,-6,-13,-6,5,-21,-19,-5,-20,7,-11,-8,-6,-16,3,8,-8,-9,-15,-25,-12,3;
MA   /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='S'; M=2,-5,-19,-7,-2,-16,-15,-12,-10,-4,-15,-8,-3,-5,-4,-8,7,7,-4,-28,-12,-4;
MA   /M: SY='N'; M=-5,19,-19,6,-2,-18,-7,0,-16,-1,-22,-13,31,-17,1,-2,9,5,-20,-29,-15,0;
MA   /M: SY='Q'; M=-5,-6,-12,-8,2,-22,-18,-11,-19,0,-17,-11,-5,2,4,1,1,3,-16,-28,-17,2;
MA   /M: SY='S'; M=1,0,-18,-2,-2,-18,-10,6,-20,-6,-21,-13,4,-8,-1,-6,14,11,-14,-29,-8,-3;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-30,-15,-32,-23,6,-32,-23,25,-29,37,17,-28,-29,-22,-22,-25,-9,18,-23,-3,-23;
MA   /M: SY='K'; M=-10,-5,-26,-3,13,-21,-21,-8,-18,16,-13,-7,-5,-13,9,16,-6,-5,-14,-24,-11,10;
MA   /M: SY='E'; M=-7,1,-24,2,18,-19,-17,-6,-21,12,-20,-12,0,-10,6,6,4,-1,-16,-26,-11,12;
MA   /M: SY='L'; M=-12,-30,-20,-33,-24,24,-31,-21,19,-30,37,15,-27,-29,-25,-21,-26,-10,12,-14,6,-24;
MA   /M: SY='N'; M=-7,9,-19,8,2,-23,-5,0,-25,1,-25,-15,12,-15,1,2,8,-1,-21,-28,-15,1;
MA   /M: SY='L'; M=-4,-28,-20,-30,-22,7,-29,-21,21,-26,31,14,-26,-27,-20,-21,-21,-8,16,-18,1,-22;
MA   /M: SY='E'; M=-4,9,-24,9,14,-27,-7,-2,-22,2,-21,-14,11,-12,11,0,4,-5,-20,-29,-18,12;
MA   /M: SY='N'; M=-3,17,-19,10,0,-18,-2,-1,-21,-4,-25,-18,25,-16,-2,-6,13,6,-20,-31,-12,-2;
MA   /M: SY='N'; M=-8,10,-2,-3,-9,-15,-13,-4,-9,-9,-15,-4,21,-20,-4,-9,3,3,-13,-35,-15,-7;
MA   /I: I=-13; MI=-27; MD=-27; IM=-27;
MA   /M: SY='S'; M=-4,-4,-22,-4,3,-15,-3,-7,-21,1,-18,-10,-1,-11,0,1,4,-2,-16,-21,-9,1; D=-13;
MA   /I: I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
MA   /M: SY='I'; M=-7,-27,-21,-31,-23,5,-31,-24,27,-27,27,14,-23,-25,-20,-22,-18,-4,19,-22,-2,-23;
MA   /M: SY='G'; M=-2,-4,-22,-4,-6,-21,11,-13,-24,-10,-24,-17,1,-2,-8,-11,11,6,-18,-27,-17,-8;
MA   /M: SY='D'; M=-9,11,-27,16,5,-26,-9,-7,-20,-5,-20,-16,5,-1,-5,-11,-1,-7,-17,-32,-18,-1;
MA   /M: SY='E'; M=3,2,-25,4,9,-25,-11,-6,-20,-3,-19,-14,-1,8,-1,-10,2,-4,-18,-29,-18,3;
MA   /M: SY='G'; M=-1,-8,-23,-9,-12,-16,16,-13,-19,-12,-14,-9,-4,-19,-13,-11,-2,-8,-11,-23,-16,-13;
MA   /M: SY='V'; M=7,-21,-1,-27,-18,-4,-23,-23,9,-21,8,2,-18,-22,-18,-22,-9,-5,10,-24,-10,-19;
MA   /M: SY='R'; M=-2,-3,-23,-7,0,-18,-12,-2,-19,10,-16,-5,2,-15,4,14,-1,-4,-14,-23,-10,1;
MA   /M: SY='A'; M=6,-7,-21,-8,-2,-18,-13,-15,-9,-4,-9,-8,-7,-11,-6,-4,0,-2,-4,-25,-15,-5;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-29,-15,-31,-23,6,-31,-22,23,-28,37,20,-28,-28,-20,-21,-25,-9,16,-22,-2,-22;
MA   /M: SY='A'; M=10,-18,-2,-24,-18,-8,-14,-22,-1,-18,1,-1,-16,-18,-17,-20,-6,-5,4,-24,-13,-18;
MA   /M: SY='E'; M=-8,8,-26,11,23,-27,-12,-2,-25,6,-22,-16,5,-6,10,1,3,-2,-23,-30,-16,16;
MA   /M: SY='A'; M=22,-15,-15,-21,-16,-13,-2,-19,-1,-15,-1,2,-13,-17,-13,-18,1,-2,5,-22,-15,-15;
MA   /M: SY='L'; M=-4,-26,-19,-30,-21,7,-28,-21,19,-26,32,16,-25,-26,-19,-20,-21,-6,13,-20,-2,-21;
MA   /M: SY='R'; M=-3,-6,-13,-6,5,-21,-19,-5,-20,7,-11,-8,-6,-16,3,8,-8,-9,-15,-25,-12,3;
MA   /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='S'; M=2,-5,-19,-7,-2,-16,-15,-12,-10,-4,-15,-8,-3,-5,-4,-8,7,7,-4,-28,-12,-4;
MA   /M: SY='N'; M=-5,19,-19,6,-2,-18,-7,0,-16,-1,-22,-13,31,-17,1,-2,9,5,-20,-29,-15,0;
MA   /M: SY='Q'; M=-5,-6,-12,-8,2,-22,-18,-11,-19,0,-17,-11,-5,2,4,1,1,3,-16,-28,-17,2;
MA   /M: SY='S'; M=1,0,-18,-2,-2,-18,-10,6,-20,-6,-21,-13,4,-8,-1,-6,14,11,-14,-29,-8,-3;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-30,-15,-32,-23,6,-32,-23,25,-29,37,17,-28,-29,-22,-22,-25,-9,18,-23,-3,-23;
MA   /M: SY='K'; M=-10,-5,-26,-3,13,-21,-21,-8,-18,16,-13,-7,-5,-13,9,16,-6,-5,-14,-24,-11,10;
MA   /M: SY='E'; M=-7,1,-24,2,18,-19,-17,-6,-21,12,-20,-12,0,-10,6,6,4,-1,-16,-26,-11,12;
MA   /M: SY='L'; M=-12,-30,-20,-33,-24,24,-31,-21,19,-30,37,15,-27,-29,-25,-21,-26,-10,12,-14,6,-24;
MA   /M: SY='N'; M=-7,9,-19,8,2,-23,-5,0,-25,1,-25,-15,12,-15,1,2,8,-1,-21,-28,-15,1;
MA   /M: SY='L'; M=-4,-28,-20,-30,-22,7,-29,-21,21,-26,31,14,-26,-27,-20,-21,-21,-8,16,-18,1,-22;
MA   /I: E0=0; E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /GENERATED_BY="pfmake -1 -E 0.5 LRR28all.msf blosum45.cmp";
CC   /AUTHOR=Kajava Andrey;
//