Structural Bioinformatics and Molecular Modeling
CRBM-CNRS Montpellier

Details of the profile LRR-GALA1

Profile
Accession Number AK00229
Filename lrrgala-one
Author Andrey Kajava
Theme Leucine Rich Repeat
Category Repeats
Validated Yes
Description
Profile spans one LRR
Full profile
ID   LRR-GALA1; MATRIX.
AC   AK00229;
DT   Wed Oct 18 18:05:19 2006
DE   Profile spans one LRR
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=24;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=3; N2=22;
CC   Automatic scaling using small shuffled database;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.9762; R2=0.02143197; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=351; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=257; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B0=*; B1=*; E0=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B0=0; B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='S'; M=3,-2,-14,-2,-4,-22,9,-11,-26,-7,-28,-19,6,-14,-3,-2,24,8,-15,-34,-21,-4;
MA   /M: SY='D'; M=-7,2,-26,4,-6,-15,2,-5,-27,-7,-21,-16,1,-17,-8,-3,-1,-7,-20,-14,-10,-7;
MA   /M: SY='N'; M=-8,20,-7,4,-8,-18,-4,-4,-16,-8,-22,-16,33,-20,-7,-8,7,6,-19,-36,-18,-8;
MA   /M: SY='G'; M=-6,0,-25,3,-3,-25,9,-11,-29,-2,-25,-18,3,-8,-5,4,6,-2,-20,-28,-20,-5;
MA   /M: SY='I'; M=-6,-28,-16,-36,-27,-1,-34,-27,34,-28,21,15,-22,-23,-20,-27,-19,-9,22,-22,-4,-27;
MA   /M: SY='G'; M=-3,1,-23,3,-4,-25,19,-13,-27,-9,-24,-18,3,-15,-8,-8,8,-2,-17,-29,-22,-6;
MA   /M: SY='D'; M=-10,20,-24,25,5,-27,-11,0,-24,-6,-25,-20,13,0,-3,-10,6,0,-20,-37,-17,0;
MA   /M: SY='E'; M=9,-3,-23,-4,11,-26,-6,-7,-22,5,-18,-12,-2,-11,10,7,2,-6,-18,-23,-17,10;
MA   /M: SY='G'; M=11,-11,-23,-13,-17,-25,45,-20,-28,-17,-23,-16,-3,-18,-17,-19,4,-12,-17,-22,-26,-17;
MA   /M: SY='A'; M=31,-15,-14,-23,-15,-14,-4,-21,-1,-15,0,-3,-14,-15,-14,-21,1,-3,5,-21,-16,-15;
MA   /M: SY='R'; M=-9,-11,-16,-11,3,-16,-22,-5,-13,1,-3,-3,-10,-19,9,11,-10,-9,-13,-20,-5,5;
MA   /M: SY='A'; M=30,-11,-15,-17,-8,-18,-7,-13,-11,-7,-9,-8,-10,-6,-8,-11,4,0,-4,-22,-16,-9;
MA   /M: SY='L'; M=-11,-29,-21,-30,-21,11,-31,-18,21,-29,45,19,-29,-29,-19,-20,-29,-10,10,-17,5,-21;
MA   /M: SY='A'; M=37,-10,-12,-17,-10,-19,3,-19,-11,-12,-10,-10,-8,-12,-10,-19,11,1,-3,-23,-19,-10;
MA   /M: SY='A'; M=10,2,-21,1,-1,-23,2,-11,-21,-4,-16,-14,2,-14,-5,-3,3,-5,-15,-26,-19,-3;
MA   /M: SY='N'; M=0,16,-17,5,-2,-18,-3,-1,-17,-4,-23,-15,29,-16,-1,-1,16,5,-18,-36,-18,-2;
MA   /M: SY='R'; M=0,-9,-22,-12,-1,-17,-16,-10,-18,6,-11,-9,-6,-8,-1,19,-1,2,-11,-23,-13,-3;
MA   /M: SY='T'; M=4,-8,-15,-10,-8,-15,-14,-18,-7,-11,-15,-11,-5,-1,-10,-14,14,18,2,-32,-17,-10;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20,10,-30,-20,20,-30,50,20,-30,-30,-20,-20,-30,-10,10,-20,0,-20;
MA   /M: SY='T'; M=6,-5,-15,-12,-6,-15,-17,-16,-13,1,-12,-9,-4,-13,-6,4,8,21,-2,-26,-12,-7;
MA   /M: SY='S'; M=11,-3,-11,-4,-3,-18,-3,-12,-14,-11,-25,-16,6,-11,-2,-12,34,17,-6,-37,-18,-3;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20,10,-30,-20,21,-30,49,20,-30,-30,-20,-20,-30,-10,10,-20,0,-20;
MA   /M: SY='D'; M=-15,37,-28,44,17,-33,-10,1,-33,8,-29,-24,25,-12,3,-1,1,-8,-29,-36,-19,10;
MA   /M: SY='L'; M=0,-27,-19,-31,-23,2,-28,-24,24,-25,28,14,-25,-25,-21,-22,-19,-7,21,-22,-5,-23;
MA   /I: E0=0; E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /GENERATED_BY="pfmake -1 c:Documents and SettingsA. KajavaMy DocumentsLRRnemolrrgala-one.msf blosum45.cmp";
CC /AUTHOR=Kajava Andrey;
//