Structural Bioinformatics and Molecular Modeling
CRBM-CNRS Montpellier

Details of the profile ARM_REPEAT

Profile
Accession Number PS50176
Filename arm-repeat-swiss.prf
Author Hofmann
Theme Alpha-solenoids
Category Repeats
Validated Yes
Description
Full profile
ID   ARM_REPEAT; MATRIX.
AC   PS50176;
DT   OCT-2001 (CREATED); OCT-2001 (DATA UPDATE); OCT-2001 (INFO UPDATE).
DE   Spans one Armadillo/plakoglobin ARM repeat.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=45;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=41;
CC   Automatic scaling using big reversed database;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.5229; R2=0.03301257; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=241; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=181; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=*; E1=-30; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='G'; M=-5,1,-28,1,-6,-26,27,-8,-31,-5,-26,-17,7,-16,-3,-5,0,-13,-27,-22,-18,-5;
MA   /M: SY='G'; M=8,-15,-16,-19,-19,-16,15,-20,-11,-18,-7,-5,-10,-19,-17,-19,-4,-9,-5,-23,-19,-18;
MA   /M: SY='I'; M=-6,-26,-20,-29,-23,0,-30,-23,25,-24,21,15,-23,-20,-20,-21,-17,-4,21,-24,-5,-23;
MA   /M: SY='P'; M=-2,-4,-27,0,9,-29,-13,-10,-22,-1,-24,-16,-5,22,5,-6,2,-5,-22,-29,-21,5;
MA   /M: SY='A'; M=9,-10,-22,-12,-2,-19,-14,-9,-10,-4,-11,-6,-8,-1,-4,-7,-1,-3,-7,-25,-14,-4;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-28,-21,-31,-22,14,-30,-18,19,-27,37,19,-27,-28,-20,-19,-26,-10,10,-16,5,-21;
MA   /M: SY='V'; M=0,-24,-15,-27,-25,-4,-25,-26,22,-19,8,8,-23,-22,-23,-20,-8,2,31,-27,-10,-25;
MA   /M: SY='R'; M=-9,1,-26,0,6,-23,-15,1,-22,12,-20,-9,4,-10,11,15,-2,-6,-20,-25,-11,7;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-23,-20,-25,-16,2,-26,-14,13,-23,30,14,-22,-25,-13,-17,-19,-5,7,-21,-2,-15;
MA   /M: SY='L'; M=-8,-28,-20,-30,-21,6,-29,-19,22,-26,38,24,-27,-27,-18,-19,-25,-8,15,-21,-1,-20;
MA   /M: SY='H'; M=-8,-2,-24,-4,-2,-17,-12,7,-17,0,-15,-6,3,-17,7,4,0,-4,-16,-22,-3,1;
MA   /M: SY='S'; M=-1,4,-20,2,0,-21,-8,0,-20,0,-23,-13,9,-10,1,0,12,4,-15,-32,-13,-1;
MA   /M: SY='P'; M=-5,4,-26,6,7,-24,-12,-5,-23,0,-23,-16,2,9,1,-5,2,-1,-22,-28,-15,2;
MA   /I: I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25;
MA   /M: SY='N'; M=-8,15,-21,14,3,-22,-4,2,-21,-1,-23,-15,17,-14,-1,-3,6,-2,-18,-31,-14,0; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
MA   /M: SY='D'; M=-4,6,-8,7,2,-6,-4,1,-8,1,-7,-5,3,-4,1,0,1,-1,-6,-7,-1,1; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
MA   /M: SY='R'; M=-2,1,-3,2,1,-3,-2,0,-3,2,-2,-2,1,-1,1,3,-1,-1,-2,-3,-1,1; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
MA   /M: SY='E'; M=-7,-8,-25,-5,6,-16,-20,-12,-8,-7,-8,-5,-10,0,0,-10,-5,-5,-10,-18,-11,2; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-25; IM=-25; DM=-25;
MA   /M: SY='E'; M=-8,11,-26,12,13,-26,-8,-4,-25,5,-24,-16,10,-4,3,1,1,-5,-22,-31,-18,7;
MA   /M: SY='I'; M=-5,-26,-20,-31,-25,3,-31,-25,28,-24,18,13,-23,-24,-21,-22,-15,-3,26,-22,-3,-24;
MA   /M: SY='V'; M=0,-16,-19,-19,-11,-10,-23,-15,6,-12,5,5,-15,-20,-2,-11,-6,-1,8,-23,-8,-7;
MA   /M: SY='R'; M=-6,-5,-19,-7,2,-14,-17,-10,-19,5,-15,-10,-4,-15,0,7,-3,-1,-14,-16,-9,1;
MA   /M: M=-1,-7,-9,-10,-6,-16,-14,-8,-12,-9,-15,-10,-4,-8,-5,-12,-1,-3,-10,-24,-8,-7;
MA   /M: SY='A'; M=30,-8,-5,-16,-11,-17,-6,-20,-10,-12,-10,-10,-8,-13,-11,-18,10,8,0,-25,-18,-11;
MA   /M: SY='A'; M=14,-15,-3,-21,-16,-10,-17,-22,2,-17,-1,-3,-13,-18,-16,-19,4,9,10,-28,-14,-16;
MA   /M: SY='G'; M=-2,-9,-18,-10,-14,-20,15,-17,-26,-11,-20,-14,-7,-20,-12,-9,-4,-11,-19,-4,-15,-13;
MA   /M: SY='A'; M=13,-16,-1,-23,-18,-9,-18,-22,3,-17,2,-1,-15,-19,-16,-19,0,7,10,-26,-12,-17;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-30,-20,-31,-23,8,-31,-22,25,-28,40,20,-28,-28,-21,-21,-26,-9,18,-21,-1,-22;
MA   /M: SY='R'; M=-9,-7,-20,-9,-3,-16,-10,6,-24,2,-20,-11,0,-18,3,12,-1,-6,-19,-17,-5,-2;
MA   /M: SY='N'; M=-11,23,-22,10,1,-18,-8,11,-15,-1,-22,-13,37,-19,2,1,3,-4,-22,-34,-13,1;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-29,-19,-32,-22,6,-31,-20,25,-27,38,22,-26,-27,-18,-21,-26,-10,14,-20,0,-22;
MA   /M: SY='S'; M=17,-7,-9,-12,-9,-15,-9,-17,-9,-12,-14,-11,-3,-13,-9,-15,20,18,0,-31,-16,-9;
MA   /M: M=-2,-11,-8,-13,-8,-10,-17,-4,-10,-9,-8,-6,-8,-20,-7,-7,0,0,-4,-26,-5,-8;
MA   /M: SY='N'; M=-11,6,-10,6,-2,-24,-5,7,-29,-2,-22,-15,8,-19,-3,2,-3,-9,-22,-30,-12,-4;
MA   /M: SY='N'; M=-8,7,-26,7,7,-24,-13,4,-23,5,-22,-14,9,-3,3,4,0,-4,-21,-30,-14,4;
MA   /M: SY='E'; M=3,2,-24,3,14,-26,-11,-3,-21,0,-18,-13,0,-3,11,-4,4,-4,-19,-27,-16,12;
MA   /M: SY='N'; M=-5,10,-24,6,5,-23,3,-4,-23,0,-21,-15,16,-15,2,-2,3,-6,-23,-28,-17,3;
MA   /I: I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
MA   /M: SY='R'; M=0,1,-21,0,3,-19,-12,-5,-17,6,-13,-9,3,-13,5,7,0,-4,-14,-23,-11,3; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
MA   /M: SY='E'; M=-9,-3,-27,-2,10,-19,-18,6,-19,7,-14,-7,-3,-8,5,3,-6,-7,-18,-23,-5,6;
MA   /M: SY='A'; M=7,-10,-19,-13,-4,-14,-16,-13,-4,-3,-1,4,-11,-15,-3,-6,-4,-2,-1,-23,-11,-4;
MA   /M: SY='I'; M=-2,-23,-25,-28,-18,-6,-28,-23,23,-19,11,10,-18,-12,-15,-21,-14,-7,15,-22,-7,-19;
MA   /M: SY='V'; M=-5,-18,-20,-20,-12,-3,-24,-16,9,-11,4,7,-17,-21,-9,-7,-10,-5,12,-22,-6,-11;
MA   /M: SY='N'; M=-7,1,-20,-3,0,-19,-12,-8,-13,0,-12,-8,6,-17,1,2,-3,-5,-14,-27,-13,-1;
MA   /M: SY='S'; M=9,-1,-18,-2,6,-20,-9,-4,-17,-5,-15,-11,0,-11,4,-8,11,2,-13,-27,-13,5;
MA   /M: SY='G'; M=4,-8,-22,-11,-11,-20,10,-11,-16,-12,-18,-11,-2,-12,-9,-14,2,-6,-10,-23,-18,-10;
MA   /M: SY='G'; M=5,-16,-22,-17,-22,-20,32,-23,-15,-19,-16,-10,-10,-22,-22,-20,-2,-12,-2,-23,-23,-22;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
NR   /RELEASE=39,87397;
NR   /TOTAL=169(39); /POSITIVE=165(35); /UNKNOWN=2(2); /FALSE_POS=2(2);
NR   /FALSE_NEG=0; /PARTIAL=0;
CC   /TAXO-RANGE=??E??; /MAX-REPEAT=9;
CC   /FT_KEY=REPEAT; /FT_DESC=ARM;
CC   /AUTHOR=K_Hofmann;
DR   P25054, APC_HUMAN , T; P18824, ARM_DROME , T; Q02453, ARM_MUSDO , T; 
DR   P12024, CHAO_DROME, T; P35222, CTNB_HUMAN, T; Q02248, CTNB_MOUSE, T; 
DR   P35223, CTNB_TRIGR, T; P35224, CTNB_URECA, T; P26233, CTNB_XENLA, T; 
DR   Q04173, GDS1_BOVIN, T; P52306, GDS1_HUMAN, T; Q96321, IMA1_ARATH, T; 
DR   P52294, IMA1_HUMAN, T; Q60960, IMA1_MOUSE, T; O14063, IMA1_SCHPO, T; 
DR   P52170, IMA1_XENLA, T; Q02821, IMA1_YEAST, T; O04294, IMA2_ARATH, T; 
DR   P52292, IMA2_HUMAN, T; P52293, IMA2_MOUSE, T; P52171, IMA2_XENLA, T; 
DR   O00505, IMA3_HUMAN, T; O35344, IMA3_MOUSE, T; O00629, IMA4_HUMAN, T; 
DR   O35343, IMA4_MOUSE, T; O15131, IMA6_HUMAN, T; O35345, IMA6_MOUSE, T; 
DR   Q19969, IMA_CAEEL , T; P52295, IMA_DROME , T; O22478, IMA_LYCES , T; 
DR   P30999, P120_MOUSE, T; P14923, PLAK_HUMAN, T; Q02257, PLAK_MOUSE, T; 
DR   P30998, PLAK_XENLA, T; P39968, VAC8_YEAST, T; 
DR   P41541, P115_BOVIN, ?; P41542, P115_RAT  , ?; 
DR   P23445, FLII_BACSU, F; P29730, PECF_MASLA, F; 
3D   2BCT; 3BCT; 1BK5; 
DO   PDOC50176;
//