Structural Bioinformatics and Molecular Modeling
CRBM-CNRS Montpellier

Details of the profile TPR_REPEAT

Profile
Accession Number PS50005
Filename tpr-swiss.prf
Author Hofmann
Theme Alpha-solenoids
Category Repeats
Validated Yes
Description
Full profile
ID   TPR_REPEAT; MATRIX.
AC   PS50005;
DT   JUN-1995 (CREATED); MAY-1999 (DATA UPDATE);        ? (INFO UPDATE).
DE   Spans one TPR repeat.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=34; TOPOLOGY=LINEAR;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=30;
CC   Automatic scaling using small shuffled database;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.4970; R2=0.02547092; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=235; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=157; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0;
MA   /M: SY='A'; M=9,-12,-19,-15,-8,-14,-13,-14,-6,-12,-11,-8,-10,-1,-9,-15,2,0,-4,-20,-12,-10; D=-4;
MA   /M: SY='E'; M=-7,1,-24,1,7,-17,-16,-7,-16,1,-14,-11,0,-13,2,-1,-2,-5,-14,-20,-9,4; D=-4;
MA   /M: SY='A'; M=10,-15,-15,-20,-13,-9,-14,-19,1,-14,-1,-1,-12,-16,-12,-16,-1,2,5,-22,-11,-13; D=-4;
MA   /M: SY='W'; M=-14,-22,-27,-23,-17,8,-24,-1,-4,-15,3,0,-20,-25,-11,-12,-22,-14,-10,25,24,-14; D=-4;
MA   /M: SY='Y'; M=-9,-12,-14,-16,-12,4,-21,-8,-5,-10,-3,-3,-8,-22,-10,-7,-8,-3,-5,-14,8,-12; D=-4;
MA   /M: SY='N'; M=-8,-1,-21,-4,-2,-15,-9,-2,-15,-3,-11,-7,5,-18,-1,0,-4,-6,-15,-23,-8,-2; D=-4;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-21,-23,-23,-14,-1,-26,-14,9,-13,18,11,-18,-23,-9,-4,-18,-8,5,-18,-2,-13; D=-4;
MA   /M: SY='G'; M=13,-9,-23,-12,-16,-25,44,-19,-29,-16,-24,-16,-2,-17,-16,-19,4,-12,-20,-21,-26,-16; D=-4;
MA   /M: SY='Q'; M=-5,-4,-21,-8,-2,-15,-18,0,-8,-4,-6,-1,-2,-17,1,-2,-5,-4,-9,-24,-6,-1;
MA   /M: SY='V'; M=2,-17,-6,-21,-14,-5,-21,-17,2,-15,4,2,-16,-21,-13,-15,-7,-3,5,-23,-7,-14;
MA   /M: SY='Y'; M=-12,-16,-23,-18,-14,14,-23,9,-6,-12,-1,-1,-14,-25,-9,-10,-14,-10,-10,5,35,-13;
MA   /M: SY='F'; M=-7,-15,-20,-17,-10,3,-21,-9,-2,-10,2,2,-12,-20,-10,-7,-9,-4,-2,-16,2,-10;
MA   /M: SY='K'; M=-3,-2,-23,-2,5,-21,-15,-6,-17,7,-15,-8,-1,-13,6,4,-1,-4,-14,-23,-10,5;
MA   /M: SY='M'; M=-6,-9,-19,-12,-3,-12,-20,-7,-4,-4,1,4,-8,-18,1,-3,-7,-3,-5,-24,-7,-2;
MA   /M: SY='G'; M=-5,3,-27,3,1,-28,19,-7,-31,-1,-26,-16,7,-15,-2,-3,1,-11,-25,-25,-20,-1;
MA   /M: SY='D'; M=-13,18,-27,21,15,-28,-14,2,-26,10,-23,-15,14,-12,11,6,-1,-8,-25,-29,-14,13;
MA   /M: SY='Y'; M=-14,-19,-25,-21,-16,16,-25,2,-1,-14,2,2,-15,-21,-13,-11,-15,-8,-5,1,26,-16;
MA   /M: SY='D'; M=-6,12,-25,17,17,-29,-13,-3,-25,5,-23,-16,6,-6,8,-1,3,-4,-21,-31,-17,12;
MA   /M: SY='E'; M=-5,2,-26,3,15,-23,-17,-6,-19,11,-15,-9,0,-11,10,5,-4,-7,-18,-24,-12,12;
MA   /M: SY='A'; M=42,-9,-9,-18,-10,-19,0,-19,-11,-11,-12,-11,-8,-11,-10,-19,12,2,-1,-22,-19,-10;
MA   /M: SY='I'; M=-6,-19,-24,-22,-11,-3,-27,-17,13,-14,12,8,-17,-20,-11,-12,-15,-7,8,-19,-1,-13;
MA   /M: SY='E'; M=-6,8,-26,10,17,-25,-16,-3,-23,10,-19,-12,4,-9,11,4,0,-5,-20,-27,-13,14;
MA   /M: SY='Y'; M=-3,-7,-9,-9,-9,-4,-18,-2,-11,-13,-7,-6,-7,-21,-8,-13,-6,-6,-9,-16,6,-10;
MA   /M: SY='F'; M=-16,-25,-20,-30,-24,42,-28,-7,2,-23,11,3,-21,-29,-24,-17,-20,-9,-2,9,36,-24;
MA   /M: SY='Q'; M=-9,3,-24,3,11,-22,-16,1,-21,7,-17,-9,4,-13,12,8,1,-2,-19,-26,-10,11;
MA   /M: SY='K'; M=-8,-1,-26,-1,12,-25,-18,-3,-24,21,-21,-10,0,-11,13,20,-3,-5,-19,-22,-11,11;
MA   /M: SY='A'; M=25,-15,-5,-21,-15,-14,-9,-21,-2,-15,-3,-4,-13,-17,-14,-20,4,0,6,-25,-16,-15;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-25,-20,-28,-20,1,-29,-17,19,-22,23,14,-22,-25,-16,-17,-19,-7,14,-20,-1,-19;
MA   /M: SY='E'; M=-4,4,-23,6,13,-24,-14,-5,-22,8,-19,-12,3,-11,8,6,3,-2,-17,-27,-14,10;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-21,-19,-24,-15,-1,-25,-16,11,-17,19,10,-19,-24,-12,-12,-17,-7,7,-19,-3,-15;
MA   /M: SY='D'; M=-8,16,-23,16,7,-21,-13,-1,-21,0,-18,-15,12,-14,1,-4,0,-5,-19,-29,-12,4;
MA   /M: SY='P'; M=-8,-12,-34,-6,5,-27,-18,-14,-20,-3,-26,-16,-12,50,-3,-9,-5,-7,-24,-29,-23,-3;
MA   /M: SY='N'; M=-9,10,-23,9,5,-19,-11,1,-22,2,-21,-14,11,-14,2,0,2,-2,-20,-25,-8,3;
MA   /M: SY='N'; M=-10,9,-22,6,0,-14,-12,3,-18,-4,-16,-11,12,-13,-3,-3,-1,-4,-18,-26,-9,-2;
MA   /I: E1=0;
NR   /RELEASE=32,?;
NR   /TOTAL=53(218); /POSITIVE=53(218); /UNKNOWN=?(?); /FALSE_POS=0(0);
NR   /FALSE_NEG=0; /PARTIAL=0;
CC   /TAXO-RANGE=??EP?; /MAX-REPEAT=9;
CC   /STATUS=submitted;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=reversed;
CC   /AUTHOR=K_Hofmann;
DR   P19450, ACSC_ACEXY, T; P08467, AFSB_STRCO, T; P25941, AFSR_STRCO, T;
DR   P37718, BCSC_ACEXY, T; P17885, BIMA_EMENI, T; P23890, CADC_ECOLI, T;
DR   P09798, CC16_YEAST, T; P16522, CC23_YEAST, T; P30260, CC27_HUMAN, T;
DR   P38042, CC27_YEAST, T; P40955, CSD3_YEAST, T; P41889, CUT9_SCHPO, T;
DR   P26882, CYP4_BOVIN, T; Q08752, CYP4_HUMAN, T; P25161, DXA2_DROME, T;
DR   P31759, FRZF_MYXXA, T; Q00828, GSIA_BACSU, T; P39143, GUTR_BACSU, T;
DR   Q02790, HBI_HUMAN , T; P30416, HBI_MOUSE , T; P27124, HBI_RABIT , T;
DR   P09128, HEMY_ECOLI, T; Q02508, HGV2_HALRO, T; P06180, HIBN_XENLA, T;
DR   P43016, IAGA_SALTI, T; P43015, IAGA_SALTY, T; P31948, IEFS_HUMAN, T;
DR   P09913, INI4_HUMAN, T; P09914, INI6_HUMAN, T; Q07866, KNLC_HUMAN, T;
DR   P37285, KNLC_RAT  , T; Q05090, KNLC_STRPU, T; P40990, MSS2_YEAST, T;
DR   P42828, MTC1_COREQ, T; P27123, NASP_RABIT, T; P12945, NAT1_YEAST, T;
DR   P19878, NCF2_HUMAN, T; P31600, NFRA_ECOLI, T; P43130, NPRA_BACST, T;
DR   P32712, NRFG_ECOLI, T; P10505, NUC2_SCHPO, T; P23231, OM70_NEUCR, T;
DR   P07213, OM70_YEAST, T; P16924, P4HA_CHICK, T; P13674, P4HA_HUMAN, T;
DR   P33973, PKN1_MYXXA, T; P19735, PR06_YEAST, T; P12672, PS43_MOUSE, T;
DR   P09108, PS43_TORCA, T; P33292, PTSR_PICPA, T; P35056, PTSR_YEAST, T;
DR   Q02099, RAD3_SCHPO, T; P17883, SKI3_YEAST, T; P33731, SR72_CANFA, T;
DR   P38688, SR72_YEAST, T; P14922, SSN6_YEAST, T; P15705, STI1_YEAST, T;
DR   P33339, TFC4_YEAST, T; P33746, YAD5_CLOAB, T; P33313, YB05_YEAST, T;
DR   P25407, YCA1_PLAFA, T; Q08814, YCF3_GALSU, T; P27324, YCF3_MAIZE, T;
DR   P12202, YCF3_MARPO, T; P12203, YCF3_ORYSA, T; P12204, YCF3_TOBAC, T;
DR   P42460, YCOA_SYNP7, T; P25638, YCV0_YEAST, T; P33925, YEJP_ECOLI, T;
DR   P39833, YHBM_ECOLI, T; P42810, YHE3_PSEAE, T; P37650, YHJL_ECOLI, T;
DR   P38811, YHP9_YEAST, T; P38825, YHR7_YEAST, T; Q03560, YKD1_CAEEL, T;
DR   P42842, YNOI_YEAST, T; P41842, YO91_CAEEL, T; Q02335, YOL8_CAEEL, T;
DR   P43037, YPAL_PSEPU, T; P19737, YREC_SYNP2, T;
DO   QDOC50005;
CC   Alignment not available
//