Structural Bioinformatics and Molecular Modeling
CRBM-CNRS Montpellier

Details of the profile Beta-spiral-2

Profile
Accession Number AK00373
Filename b-spir-gp12.prf
Author Andrey Kajava
Theme beta-structural
Category Repeats
Validated Yes
Description
For example, pdb 1QIU: A Triple Beta-Spiral in the Adenovirus Fibre Shaft Reveals a New Structural Motif for a Fibrous Protein (1999) Nature 401: 935 Van Raaij, M.J., Lavigne, G., Mitraki, A., Cusack, S
Full profile
ID   Beta-spiral-2; MATRIX.
AC   AK00373;
DT   Fri Sep  7 17:05:27 2001
DE   Spans two repeats.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=65;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=60;
CC   Automatic scaling using big shuffled database;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.5358; R2=0.01173656; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=593; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=422; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-7; D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='R'; M=-12,-10,-28,-10,-4,-15,-21,-8,-20,9,-19,-11,-7,7,-1,19,-4,3,-17,-19,-5,-6;
MA   /M: SY='T'; M=-8,6,-20,3,-2,-19,-18,-11,-16,9,-18,-11,5,-14,-4,6,3,12,-7,-29,-12,-3;
MA   /M: SY='A'; M=37,-7,-10,-14,-7,-20,0,-17,-13,-10,-16,-13,-4,-10,-7,-17,20,6,-3,-26,-20,-7;
MA   /M: SY='T'; M=1,0,-10,-9,-9,-11,-18,-19,-11,-10,-12,-11,1,-10,-9,-10,22,46,-1,-31,-11,-9;
MA   /M: SY='E'; M=-8,9,-29,18,43,-30,-17,-3,-29,5,-23,-21,1,8,13,-4,4,-6,-28,-32,-21,27;
MA   /M: SY='T'; M=9,-2,-12,-8,-8,-16,-4,-17,-16,-11,-18,-14,2,-11,-8,-12,23,29,-6,-31,-16,-8;
MA   /M: SY='R'; M=-9,-3,-22,-3,0,-21,-19,-6,-14,2,-11,-6,-3,-16,10,11,1,2,-9,-27,-11,4;
MA   /M: SY='Q'; M=-11,0,-27,-2,8,-20,-19,1,-16,9,-18,-8,4,-14,15,11,-2,-6,-18,-20,-3,10;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='V'; M=1,-28,-18,-32,-26,0,-30,-27,30,-24,19,13,-25,-25,-23,-23,-15,-5,31,-24,-6,-26;
MA   /M: SY='I'; M=7,-22,-18,-29,-22,-5,-25,-25,21,-21,11,8,-19,-20,-19,-22,-8,1,21,-23,-8,-22;
MA   /M: SY='R'; M=-13,-7,-29,-7,11,-12,-23,-7,-17,14,-14,-7,-5,-13,8,17,-9,-10,-15,-19,-6,9;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-29,-25,-34,-27,5,-36,-22,36,-27,23,17,-23,-24,-20,-24,-21,-9,24,-16,8,-27;
MA   /M: SY='A'; M=34,-9,-14,-14,-7,-21,-2,-18,-13,-10,-17,-13,-7,2,-8,-18,14,3,-6,-26,-21,-8;
MA   /M: SY='T'; M=1,-3,-10,-11,-11,-10,-19,-20,-7,-11,-10,-9,-2,-12,-11,-11,19,41,4,-31,-11,-11;
MA   /M: SY='Q'; M=-8,0,-24,-1,14,-23,-20,-3,-12,-1,-9,-4,0,-13,19,-2,-2,-2,-14,-26,-12,17;
MA   /M: SY='S'; M=8,-2,-19,0,1,-25,-10,-10,-16,-6,-21,-13,-2,0,4,-11,12,2,-11,-31,-19,2;
MA   /M: SY='E'; M=-10,7,-30,14,48,-33,-20,3,-27,10,-20,-14,0,-3,32,3,0,-10,-30,-27,-17,40;
MA   /M: SY='V'; M=10,-20,-11,-25,-22,1,-21,-25,11,-17,2,1,-19,-22,-23,-18,-1,8,25,-24,-9,-22;
MA   /M: SY='I'; M=-11,-5,-24,-11,-14,-9,-24,-14,12,-13,2,2,2,-22,-12,-9,-10,-6,6,-28,-9,-15;
MA   /M: SY='A'; M=20,1,-16,-3,-1,-24,-9,-12,-16,-5,-14,-10,-2,-10,5,-11,9,7,-9,-24,-16,2;
MA   /M: SY='G'; M=-2,1,-28,-4,-16,-28,55,-14,-36,-16,-30,-20,13,-20,-16,-16,2,-16,-30,-24,-28,-16;
MA   /M: SY='T'; M=5,-7,-12,-14,-11,-13,-20,-19,-3,-10,-7,-5,-7,-14,-6,-11,11,27,7,-28,-11,-8;
MA   /M: SY='D'; M=-8,23,-20,25,4,-23,-8,-4,-22,-6,-20,-19,20,-14,-3,-9,11,5,-19,-37,-17,1;
MA   /M: SY='B'; M=-8,16,-24,14,2,-14,-12,1,-21,-1,-19,-15,14,-17,2,0,-1,-6,-21,-23,-5,1;
MA   /I: I=-5; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
MA   /M: SY='T'; M=-5,14,-18,8,2,-19,-5,-9,-20,-6,-20,-16,16,-12,-4,-8,12,19,-16,-32,-16,-1;
MA   /M: SY='T'; M=-1,-8,-20,-13,-8,-11,-18,-11,-10,2,-12,-7,-4,-15,-4,6,5,12,-5,-20,-2,-8;
MA   /M: SY='A'; M=26,-16,-15,-24,-16,-13,-13,-22,8,-16,-3,-2,-12,-15,-13,-21,4,0,12,-23,-14,-16;
MA   /M: SY='V'; M=-4,-26,-18,-31,-26,-2,-30,-25,31,-21,11,17,-22,-23,-20,-21,-10,-3,33,-26,-6,-25;
MA   /M: SY='T'; M=2,0,-10,-8,-8,-12,-16,-18,-12,-10,-14,-12,2,-10,-8,-10,24,43,-2,-32,-12,-8;
MA   /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20,90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
MA   /M: SY='K'; M=3,-9,-23,-11,2,-13,-19,-10,-12,9,-5,-4,-11,-15,-2,1,-9,-8,-9,-16,-2,-1;
MA   /M: SY='K'; M=-6,5,-21,-2,1,-21,-18,-12,-21,19,-22,-11,7,-11,1,10,5,16,-13,-27,-11,1;
MA   /M: SY='L'; M=-11,-26,-20,-31,-22,21,-30,-21,15,-28,32,12,-23,-27,-23,-20,-21,-3,9,-15,5,-22;
MA   /M: SY='Q'; M=-3,4,-23,-3,1,-22,-14,8,-17,8,-18,-2,9,-14,11,4,0,-2,-17,-26,-9,6;
MA   /M: SY='T'; M=-6,0,-24,-2,1,-18,-17,-11,-16,0,-17,-11,-1,-15,2,-4,-1,3,-12,-7,-8,2;
MA   /I: I=-4; MI=-19; MD=-19; IM=-19;
MA   /M: SY='R'; M=-5,-12,-21,-14,-6,-11,-18,-9,-7,8,-3,-1,-7,-15,-1,20,-10,-7,-4,-16,-7,-6; D=-4;
MA   /I: I=-4; MI=-19; MD=-19; IM=-19; DM=-19;
MA   /M: SY='L'; M=8,-12,-9,-15,-10,5,-10,-11,2,-12,10,2,-11,-12,-11,-11,-6,-3,2,-8,-2,-10; D=-4;
MA   /I: I=-4; MI=-19; MD=-19; IM=-19; DM=-19;
MA   /M: SY='N'; M=-3,4,-12,-1,-1,-11,-7,-2,-3,-4,-10,-4,11,-9,5,-4,4,0,-7,-18,-8,1; D=-4;
MA   /I: I=-4; MI=-19; MD=-19; IM=-19; DM=-19;
MA   /M: SY='N'; M=-3,2,-11,0,-1,-6,-6,0,-10,3,-13,-8,6,-9,0,0,6,2,-9,-12,2,-1; D=-4;
MA   /I: I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
MA   /M: SY='R'; M=-12,-10,-28,-10,-4,-15,-21,-8,-20,9,-19,-11,-7,7,-1,19,-4,3,-17,-19,-5,-6;
MA   /M: SY='T'; M=-8,6,-20,3,-2,-19,-18,-11,-16,9,-18,-11,5,-14,-4,6,3,12,-7,-29,-12,-3;
MA   /M: SY='A'; M=37,-7,-10,-14,-7,-20,0,-17,-13,-10,-16,-13,-4,-10,-7,-17,20,6,-3,-26,-20,-7;
MA   /M: SY='T'; M=1,0,-10,-9,-9,-11,-18,-19,-11,-10,-12,-11,1,-10,-9,-10,22,46,-1,-31,-11,-9;
MA   /M: SY='E'; M=-8,9,-29,18,43,-30,-17,-3,-29,5,-23,-21,1,8,13,-4,4,-6,-28,-32,-21,27;
MA   /M: SY='T'; M=9,-2,-12,-8,-8,-16,-4,-17,-16,-11,-18,-14,2,-11,-8,-12,23,29,-6,-31,-16,-8;
MA   /M: SY='R'; M=-9,-3,-22,-3,0,-21,-19,-6,-14,2,-11,-6,-3,-16,10,11,1,2,-9,-27,-11,4;
MA   /M: SY='Q'; M=-11,0,-27,-2,8,-20,-19,1,-16,9,-18,-8,4,-14,15,11,-2,-6,-18,-20,-3,10;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='V'; M=1,-28,-18,-32,-26,0,-30,-27,30,-24,19,13,-25,-25,-23,-23,-15,-5,31,-24,-6,-26;
MA   /M: SY='I'; M=7,-22,-18,-29,-22,-5,-25,-25,21,-21,11,8,-19,-20,-19,-22,-8,1,21,-23,-8,-22;
MA   /M: SY='R'; M=-13,-7,-29,-7,11,-12,-23,-7,-17,14,-14,-7,-5,-13,8,17,-9,-10,-15,-19,-6,9;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-29,-25,-34,-27,5,-36,-22,36,-27,23,17,-23,-24,-20,-24,-21,-9,24,-16,8,-27;
MA   /M: SY='A'; M=34,-9,-14,-14,-7,-21,-2,-18,-13,-10,-17,-13,-7,2,-8,-18,14,3,-6,-26,-21,-8;
MA   /M: SY='T'; M=1,-3,-10,-11,-11,-10,-19,-20,-7,-11,-10,-9,-2,-12,-11,-11,19,41,4,-31,-11,-11;
MA   /M: SY='Q'; M=-8,0,-24,-1,14,-23,-20,-3,-12,-1,-9,-4,0,-13,19,-2,-2,-2,-14,-26,-12,17;
MA   /M: SY='S'; M=8,-2,-19,0,1,-25,-10,-10,-16,-6,-21,-13,-2,0,4,-11,12,2,-11,-31,-19,2;
MA   /M: SY='E'; M=-10,7,-30,14,48,-33,-20,3,-27,10,-20,-14,0,-3,32,3,0,-10,-30,-27,-17,40;
MA   /M: SY='V'; M=10,-20,-11,-25,-22,1,-21,-25,11,-17,2,1,-19,-22,-23,-18,-1,8,25,-24,-9,-22;
MA   /M: SY='I'; M=-11,-5,-24,-11,-14,-9,-24,-14,12,-13,2,2,2,-22,-12,-9,-10,-6,6,-28,-9,-15;
MA   /M: SY='A'; M=20,1,-16,-3,-1,-24,-9,-12,-16,-5,-14,-10,-2,-10,5,-11,9,7,-9,-24,-16,2;
MA   /M: SY='G'; M=-2,1,-28,-4,-16,-28,55,-14,-36,-16,-30,-20,13,-20,-16,-16,2,-16,-30,-24,-28,-16;
MA   /M: SY='T'; M=5,-7,-12,-14,-11,-13,-20,-19,-3,-10,-7,-5,-7,-14,-6,-11,11,27,7,-28,-11,-8;
MA   /M: SY='D'; M=-8,23,-20,25,4,-23,-8,-4,-22,-6,-20,-19,20,-14,-3,-9,11,5,-19,-37,-17,1;
MA   /M: SY='B'; M=-8,16,-24,14,2,-14,-12,1,-21,-1,-19,-15,14,-17,2,0,-1,-6,-21,-23,-5,1;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /GENERATED_BY="pfmake b-spir-gp12.msf /home/kajava/prtool/blosum45.cmp";
CC /AUTHOR=Kajava;
//