Structural Bioinformatics and Molecular Modeling
CRBM-CNRS Montpellier

Details of the profile ECM29-2 repeats

Profile
Accession Number AK00389
Filename ecm29-2repeats.prf
Author Andrey Kajava
Theme Alpha-solenoids
Category Repeats
Validated Yes
Description
For details see: New HEAT-like repeat motifs in proteins regulating proteasome structure and function. Kajava AV, Gorbea C, Ortega J, Rechsteiner M, Steven AC. J Struct Biol. 2004 Jun;146(3):425-30.
Full profile
ID   ECM29-2 repeats; MATRIX.
AC   AK00389;
DT   Tue Aug 11 09:30:36 2009
DE   Spans 2 repeats.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=84;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=79;
CC   Automatic scaling using big shuffled database;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=4.9379; R2=0.01499600; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=237; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=104; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B0=*; B1=*; E0=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B0=0; B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='W'; M=-12,-7,-32,-1,7,-14,-20,-15,-19,-8,-13,-15,-13,-2,-5,-12,-12,-7,-21,13,-6,2;
MA   /M: SY='E'; M=-7,1,-24,1,9,-21,-5,6,-21,-2,-20,-12,6,-15,1,2,2,-6,-16,-30,-14,4;
MA   /M: SY='V'; M=0,-22,-14,-24,-21,-4,-24,-24,19,-20,6,5,-19,-24,-20,-19,-1,2,27,-30,-10,-21;
MA   /M: SY='R'; M=-13,-9,-27,-9,-3,-21,-6,-4,-30,18,-23,-13,1,-19,5,48,-2,-7,-20,-23,-14,-3;
MA   /M: SY='Q'; M=-3,1,-28,2,24,-33,-18,-1,-24,17,-21,-9,-1,-8,29,9,-1,-9,-24,-22,-14,27;
MA   /M: SY='A'; M=16,-2,-16,-4,-7,-19,1,-16,-15,-12,-10,-11,-4,-14,-10,-16,7,4,-8,-26,-17,-9;
MA   /M: SY='A'; M=20,-14,-11,-19,-14,-12,-10,-18,2,-13,-6,2,-12,-17,-12,-16,8,4,12,-27,-15,-13;
MA   /M: SY='C'; M=8,-14,17,-20,-12,-15,-21,-23,-5,-16,-7,-7,-14,-20,-15,-20,-1,1,4,-31,-17,-14;
MA   /M: SY='F'; M=-7,-14,-19,-20,-16,15,-20,-15,4,-21,5,0,-5,-22,-17,-16,-3,-1,0,-20,0,-16;
MA   /M: SY='A'; M=5,-12,-25,-17,-10,-18,-7,-17,-11,-4,-14,-7,-10,-15,-2,-9,-4,-4,-10,1,-8,-6;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-26,-26,-27,-22,8,-2,-21,-3,-26,15,2,-22,-27,-22,-20,-22,-15,-7,5,-1,-21;
MA   /M: SY='N'; M=-7,2,-21,-6,-10,-12,-5,-9,-7,-7,-4,-5,10,-23,-10,-7,-7,-6,-8,-28,-14,-10;
MA   /M: SY='G'; M=4,-2,-20,-2,-8,-23,9,-16,-20,-5,-20,-14,-1,-15,-10,-10,6,1,-9,-27,-19,-9;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-22,-32,-22,8,-32,-22,27,-30,43,20,-28,-28,-20,-22,-28,-10,15,-20,0,-22;
MA   /M: SY='V'; M=7,-18,-14,-19,-18,-10,-6,-21,3,-18,-3,-3,-14,-21,-18,-18,4,1,14,-29,-15,-18;
MA   /M: SY='R'; M=-11,-5,-25,-8,-1,-15,-21,-6,-21,22,-19,-9,-3,-15,2,25,-4,5,-14,-16,2,-1;
MA   /M: SY='E'; M=-6,2,-22,4,5,-23,-7,-11,-21,4,-20,-14,0,-13,-2,4,4,2,-11,-29,-16,1;
MA   /M: SY='A'; M=4,-17,-6,-19,-10,-15,-19,-18,-11,-6,-2,-5,-15,-7,-10,-5,-10,-8,-7,-25,-15,-11;
MA   /M: SY='G'; M=-1,-3,-24,1,-9,-25,19,-16,-24,-14,-25,-18,-1,-5,-12,-16,8,-5,-15,-30,-24,-11;
MA   /M: SY='N'; M=0,-2,-21,-7,-1,-16,-4,-10,-13,-3,-8,-2,1,-15,-4,-6,-2,-1,-12,-25,-14,-3;
MA   /I: I=-4; MI=-18; MD=-18; IM=-18;
MA   /M: SY='Q'; M=-11,2,-24,3,10,-21,-16,15,-13,0,-9,9,-1,-11,19,-1,-6,-10,-16,-22,-5,14; D=-4;
MA   /I: I=-4; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18;
MA   /M: SY='D'; M=2,4,-10,6,1,-13,-4,-4,-13,1,-12,-9,3,-6,0,4,5,0,-8,-16,-9,0; D=-4;
MA   /I: I=-4; MI=-18; IM=-18; DM=-18;
MA   /M: SY='L'; M=-5,-14,-20,-15,-5,-12,-14,-16,-1,-13,4,1,-15,-20,-5,-12,-7,-1,3,-25,-11,-5;
MA   /M: SY='Q'; M=-4,-5,-25,-5,-2,-17,-21,-6,-5,0,-10,-3,-8,-16,8,-5,-6,-7,-5,-17,1,1;
MA   /M: SY='K'; M=-12,1,-32,7,14,-30,-19,-9,-29,22,-27,-16,-3,15,5,14,-8,-10,-25,-26,-17,8;
MA   /M: SY='Y'; M=-10,-9,-22,-10,-1,1,-21,5,-12,-6,-6,-5,-6,-18,-5,-5,-4,0,-11,-16,9,-4;
MA   /M: SY='L'; M=-3,-24,-20,-26,-19,0,-26,-7,15,-24,25,12,-21,-25,-16,-19,-19,-9,11,-23,-1,-19;
MA   /M: SY='P'; M=0,-15,-8,-14,-6,-21,-18,-19,-16,-8,-16,-12,-14,20,-10,-14,-3,-5,-15,-30,-21,-10;
MA   /M: SY='E'; M=-5,-1,-22,0,14,-24,-19,-9,-18,11,-19,-10,-2,-10,10,4,4,3,-11,-28,-14,12;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-24,-23,-25,-11,2,-29,-16,17,-23,34,19,-24,-24,-13,-18,-24,-10,7,-21,-3,-12;
MA   /M: SY='I'; M=-1,-29,-22,-32,-25,1,-27,-26,22,-24,16,9,-26,-25,-21,-23,-18,-8,19,-3,-2,-24;
MA   /M: SY='P'; M=-7,-5,-31,1,20,-31,-17,-6,-22,0,-25,-15,-6,29,17,-6,2,-6,-27,-29,-21,16;
MA   /M: SY='T'; M=-1,8,-2,8,-2,-23,-14,-12,-24,-5,-20,-18,3,-15,-6,-4,9,10,-13,-34,-18,-5;
MA   /M: SY='L'; M=-2,-27,-19,-29,-19,6,-26,-20,16,-27,42,16,-27,-27,-19,-20,-25,-9,9,-20,-3,-19;
MA   /M: SY='F'; M=-11,-24,-21,-29,-21,23,-26,-12,11,-22,16,13,-18,-25,-18,-17,-15,-6,5,-9,14,-20;
MA   /M: SY='R'; M=-11,1,-25,3,9,-24,-20,-6,-20,12,-17,-10,-1,-14,9,17,-2,-1,-12,-26,-12,7;
MA   /M: SY='S'; M=-4,-5,-23,-6,-7,-15,-3,-9,-16,-4,-22,-13,1,-4,-7,-8,5,-1,-12,-24,-8,-9;
MA   /M: SY='Q'; M=-9,-6,-25,-3,-3,-20,-12,-10,-10,-3,-3,-1,-9,-19,4,-5,-10,-10,-8,-24,-11,1;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-9,-20,-11,-10,1,-20,-11,-5,-11,6,4,-9,-20,-10,-3,-7,1,-4,-22,-4,-10;
MA   /M: SY='V'; M=-3,-2,-16,1,-9,-15,-16,-14,-1,-12,-8,-1,-7,-19,-12,-14,4,1,11,-34,-14,-10;
MA   /M: M=-9,-6,-26,-7,0,-11,-20,-7,-7,-3,-9,-6,-2,-4,-3,-7,-5,-5,-12,-21,-2,-3;
MA   /M: SY='H'; M=-11,6,-27,3,7,-22,-15,11,-20,10,-21,-5,11,-2,5,4,-5,-9,-23,-29,-11,5;
MA   /I: I=-3; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
MA   /M: SY='W'; M=-12,-7,-32,-1,7,-14,-20,-15,-19,-8,-13,-15,-13,-2,-5,-12,-12,-7,-21,13,-6,2;
MA   /M: SY='E'; M=-7,1,-24,1,9,-21,-5,6,-21,-2,-20,-12,6,-15,1,2,2,-6,-16,-30,-14,4;
MA   /M: SY='V'; M=0,-22,-14,-24,-21,-4,-24,-24,19,-20,6,5,-19,-24,-20,-19,-1,2,27,-30,-10,-21;
MA   /M: SY='R'; M=-13,-9,-27,-9,-3,-21,-6,-4,-30,18,-23,-13,1,-19,5,48,-2,-7,-20,-23,-14,-3;
MA   /M: SY='Q'; M=-3,1,-28,2,24,-33,-18,-1,-24,17,-21,-9,-1,-8,29,9,-1,-9,-24,-22,-14,27;
MA   /M: SY='A'; M=16,-2,-16,-4,-7,-19,1,-16,-15,-12,-10,-11,-4,-14,-10,-16,7,4,-8,-26,-17,-9;
MA   /M: SY='A'; M=20,-14,-11,-19,-14,-12,-10,-18,2,-13,-6,2,-12,-17,-12,-16,8,4,12,-27,-15,-13;
MA   /M: SY='C'; M=8,-14,17,-20,-12,-15,-21,-23,-5,-16,-7,-7,-14,-20,-15,-20,-1,1,4,-31,-17,-14;
MA   /M: SY='F'; M=-7,-14,-19,-20,-16,15,-20,-15,4,-21,5,0,-5,-22,-17,-16,-3,-1,0,-20,0,-16;
MA   /M: SY='A'; M=5,-12,-25,-17,-10,-18,-7,-17,-11,-4,-14,-7,-10,-15,-2,-9,-4,-4,-10,1,-8,-6;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-26,-26,-27,-22,8,-2,-21,-3,-26,15,2,-22,-27,-22,-20,-22,-15,-7,5,-1,-21;
MA   /M: SY='N'; M=-7,2,-21,-6,-10,-12,-5,-9,-7,-7,-4,-5,10,-23,-10,-7,-7,-6,-8,-28,-14,-10;
MA   /M: SY='G'; M=4,-2,-20,-2,-8,-23,9,-16,-20,-5,-20,-14,-1,-15,-10,-10,6,1,-9,-27,-19,-9;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-22,-32,-22,8,-32,-22,27,-30,43,20,-28,-28,-20,-22,-28,-10,15,-20,0,-22;
MA   /M: SY='V'; M=7,-18,-14,-19,-18,-10,-6,-21,3,-18,-3,-3,-14,-21,-18,-18,4,1,14,-29,-15,-18;
MA   /M: SY='R'; M=-11,-5,-25,-8,-1,-15,-21,-6,-21,22,-19,-9,-3,-15,2,25,-4,5,-14,-16,2,-1;
MA   /M: SY='E'; M=-6,2,-22,4,5,-23,-7,-11,-21,4,-20,-14,0,-13,-2,4,4,2,-11,-29,-16,1;
MA   /M: SY='A'; M=4,-17,-6,-19,-10,-15,-19,-18,-11,-6,-2,-5,-15,-7,-10,-5,-10,-8,-7,-25,-15,-11;
MA   /M: SY='G'; M=-1,-3,-24,1,-9,-25,19,-16,-24,-14,-25,-18,-1,-5,-12,-16,8,-5,-15,-30,-24,-11;
MA   /M: SY='N'; M=0,-2,-21,-7,-1,-16,-4,-10,-13,-3,-8,-2,1,-15,-4,-6,-2,-1,-12,-25,-14,-3;
MA   /I: I=-4; MI=-18; MD=-18; IM=-18;
MA   /M: SY='Q'; M=-11,2,-24,3,10,-21,-16,15,-13,0,-9,9,-1,-11,19,-1,-6,-10,-16,-22,-5,14; D=-4;
MA   /I: I=-4; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18;
MA   /M: SY='D'; M=2,4,-10,6,1,-13,-4,-4,-13,1,-12,-9,3,-6,0,4,5,0,-8,-16,-9,0; D=-4;
MA   /I: I=-4; MI=-18; IM=-18; DM=-18;
MA   /M: SY='L'; M=-5,-14,-20,-15,-5,-12,-14,-16,-1,-13,4,1,-15,-20,-5,-12,-7,-1,3,-25,-11,-5;
MA   /M: SY='Q'; M=-4,-5,-25,-5,-2,-17,-21,-6,-5,0,-10,-3,-8,-16,8,-5,-6,-7,-5,-17,1,1;
MA   /M: SY='K'; M=-12,1,-32,7,14,-30,-19,-9,-29,22,-27,-16,-3,15,5,14,-8,-10,-25,-26,-17,8;
MA   /M: SY='Y'; M=-10,-9,-22,-10,-1,1,-21,5,-12,-6,-6,-5,-6,-18,-5,-5,-4,0,-11,-16,9,-4;
MA   /M: SY='L'; M=-3,-24,-20,-26,-19,0,-26,-7,15,-24,25,12,-21,-25,-16,-19,-19,-9,11,-23,-1,-19;
MA   /M: SY='P'; M=0,-15,-8,-14,-6,-21,-18,-19,-16,-8,-16,-12,-14,20,-10,-14,-3,-5,-15,-30,-21,-10;
MA   /M: SY='E'; M=-5,-1,-22,0,14,-24,-19,-9,-18,11,-19,-10,-2,-10,10,4,4,3,-11,-28,-14,12;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-24,-23,-25,-11,2,-29,-16,17,-23,34,19,-24,-24,-13,-18,-24,-10,7,-21,-3,-12;
MA   /M: SY='I'; M=-1,-29,-22,-32,-25,1,-27,-26,22,-24,16,9,-26,-25,-21,-23,-18,-8,19,-3,-2,-24;
MA   /M: SY='P'; M=-7,-5,-31,1,20,-31,-17,-6,-22,0,-25,-15,-6,29,17,-6,2,-6,-27,-29,-21,16;
MA   /M: SY='T'; M=-1,8,-2,8,-2,-23,-14,-12,-24,-5,-20,-18,3,-15,-6,-4,9,10,-13,-34,-18,-5;
MA   /M: SY='L'; M=-2,-27,-19,-29,-19,6,-26,-20,16,-27,42,16,-27,-27,-19,-20,-25,-9,9,-20,-3,-19;
MA   /M: SY='F'; M=-11,-24,-21,-29,-21,23,-26,-12,11,-22,16,13,-18,-25,-18,-17,-15,-6,5,-9,14,-20;
MA   /M: SY='R'; M=-11,1,-25,3,9,-24,-20,-6,-20,12,-17,-10,-1,-14,9,17,-2,-1,-12,-26,-12,7;
MA   /M: SY='S'; M=-4,-5,-23,-6,-7,-15,-3,-9,-16,-4,-22,-13,1,-4,-7,-8,5,-1,-12,-24,-8,-9;
MA   /M: SY='Q'; M=-9,-6,-25,-3,-3,-20,-12,-10,-10,-3,-3,-1,-9,-19,4,-5,-10,-10,-8,-24,-11,1;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-9,-20,-11,-10,1,-20,-11,-5,-11,6,4,-9,-20,-10,-3,-7,1,-4,-22,-4,-10;
MA   /M: SY='V'; M=-3,-2,-16,1,-9,-15,-16,-14,-1,-12,-8,-1,-7,-19,-12,-14,4,1,11,-34,-14,-10;
MA   /M: M=-9,-6,-26,-7,0,-11,-20,-7,-7,-3,-9,-6,-2,-4,-3,-7,-5,-5,-12,-21,-2,-3;
MA   /M: SY='H'; M=-11,6,-27,3,7,-22,-15,11,-20,10,-21,-5,11,-2,5,4,-5,-9,-23,-29,-11,5;
MA   /I: E0=0; E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /GENERATED_BY="pfmake -1 ecm29-2repeats.msf blosum45.cmp";
CC /AUTHOR=Kajava;
//

//