Structural Bioinformatics and Molecular Modeling
CRBM-CNRS Montpellier

Details of the profile PA200-2repeats

Profile
Accession Number AK00391
Filename pa200-2repeats.prf
Author Andrey Kajava
Theme Alpha-solenoids
Category Repeats
Validated Yes
Description
for details see Kajava AV, Gorbea C, Ortega J, Rechsteiner M, Steven AC. New HEAT-like repeat motifs in proteins regulating proteasome structure and function. J Struct Biol. 2004 Jun;146(3):425-30.
Full profile
ID   PA200-2repeats; MATRIX.
AC   AK00391;
DT   Tue Aug 11 10:46:35 2009
DE   Spans 2 repeats.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=68;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=63;
CC   Automatic scaling using big shuffled database;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=6.6103; R2=0.02313000; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=81; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=-4; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B0=*; B1=*; E0=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B0=0; B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='R'; M=-12,1,-28,-1,1,-18,-16,-1,-21,7,-20,-12,5,-16,3,11,-4,-5,-20,-8,-6,1;
MA   /M: SY='E'; M=-10,0,-25,3,4,-16,-18,4,-16,-5,-9,-8,-1,-16,2,-2,-3,-5,-15,-21,-5,2;
MA   /M: SY='L'; M=-4,-23,-19,-26,-20,12,-25,-14,12,-23,19,10,-20,-25,-20,-19,-16,-7,11,-17,3,-20;
MA   /M: SY='R'; M=-6,-2,-9,-2,0,-18,-15,-9,-22,3,-17,-11,-3,-17,-1,6,-2,-3,-15,-25,-11,-1;
MA   /M: SY='K'; M=-1,-1,-23,-3,2,-20,-13,-8,-17,6,-15,-8,0,-13,3,5,1,0,-13,-24,-10,1;
MA   /M: SY='L'; M=5,-16,-12,-22,-15,-6,-21,-20,5,-19,12,3,-15,-19,-13,-18,-4,8,5,-24,-9,-14;
MA   /M: SY='L'; M=-5,-19,-18,-23,-16,5,-24,-18,7,-15,10,7,-16,-21,-14,-13,-8,2,9,-20,-2,-15;
MA   /M: SY='N'; M=-5,-4,-24,-9,-4,-14,-16,2,-7,-4,-7,-2,3,-17,1,-3,-6,-8,-11,-24,-7,-3;
MA   /M: SY='T'; M=-7,-6,-13,-8,-11,-10,-10,-14,-15,-13,-10,-9,-6,-20,-10,-11,-1,4,-10,-14,-7,-11;
MA   /M: SY='L'; M=-4,-27,-20,-31,-24,16,-28,-19,18,-24,21,12,-23,-26,-22,-21,-18,-7,15,-12,8,-23;
MA   /M: SY='E'; M=-3,-7,-22,-8,2,-15,-20,-13,-6,-5,-3,-2,-8,-10,0,-8,-2,2,-6,-26,-11,0;
MA   /M: SY='S'; M=-1,-6,-22,-8,-4,-8,-9,-9,-13,-9,-11,-8,-4,-16,-1,-8,2,-1,-11,-19,-4,-3;
MA   /M: SY='V'; M=-6,-18,-13,-23,-19,6,-24,-11,5,-19,4,3,-14,-24,-18,-16,-8,0,7,-15,2,-19;
MA   /M: SY='Y'; M=-5,-12,-21,-15,-10,2,-19,-6,-2,-11,0,2,-11,-21,-9,-8,-8,-5,-1,-16,3,-10;
MA   /M: SY='H'; M=-10,-7,-27,-4,-2,-19,-15,6,-14,-6,-12,-5,-5,-3,-3,-3,-6,-8,-12,-28,-9,-5;
MA   /M: SY='P'; M=-6,-14,-25,-12,-2,-6,-19,-6,-12,-9,-9,-7,-11,3,-4,-7,-5,-5,-13,-19,-3,-4;
MA   /M: SY='Y'; M=-7,-17,-21,-19,-14,7,-17,-8,-3,-13,3,2,-13,-18,-12,-9,-6,-2,-4,-13,9,-13;
MA   /I: I=-3; MI=-15; MD=-15; IM=-15;
MA   /M: SY='T'; M=-5,-4,-16,-11,-12,-4,-16,-8,-1,-11,-5,-2,3,-20,-11,-10,2,5,2,-28,-8,-12; D=-3;
MA   /I: I=-3; MI=-15; MD=-15; IM=-15; DM=-15;
MA   /M: SY='N'; M=-3,-2,-12,-5,-5,-8,-6,-6,-4,-3,-7,-2,1,-10,-2,-4,1,0,-5,-9,-6,-3; D=-3;
MA   /I: I=-3; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
MA   /M: SY='D'; M=-6,8,-9,11,11,-15,-10,-2,-15,-1,-12,-10,3,-6,5,-4,3,1,-13,-18,-7,8; D=-3;
MA   /I: I=-3; MI=-15; MD=-15; IM=-15; DM=-15;
MA   /M: SY='H'; M=-6,-2,-20,-3,-1,-15,-12,12,-17,3,-15,-6,0,-13,5,8,-4,-8,-14,-7,-2,1; D=-3;
MA   /I: I=-3; MI=-15; IM=-15; DM=-15;
MA   /M: SY='L'; M=-3,-22,-14,-24,-16,-3,-26,-20,13,-17,17,9,-21,-24,-16,-16,-14,-5,13,-25,-7,-16;
MA   /M: SY='P'; M=-5,-13,-27,-14,-5,-10,-21,-15,-5,-7,-10,-3,-12,8,-5,-11,-7,-7,-8,-22,-10,-6;
MA   /M: SY='P'; M=-7,-8,-27,-6,3,-16,-18,-12,-14,2,-13,-7,-9,6,-4,-4,-7,-4,-13,-23,-11,-1;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-28,-22,-32,-24,10,-32,-21,26,-25,27,17,-25,-26,-19,-21,-22,-8,19,-18,3,-23;
MA   /M: SY='L'; M=-8,-26,-23,-30,-20,6,-29,-20,18,-22,23,14,-23,-25,-14,-16,-21,-9,11,-12,1,-18;
MA   /M: SY='E'; M=-10,6,-27,10,18,-24,-14,-4,-21,2,-15,-11,2,-11,11,-3,-2,-6,-21,-22,-13,15;
MA   /M: M=-8,-14,-7,-17,-13,-9,-23,-5,-6,-9,-3,-1,-9,-22,-8,-1,-7,-3,-1,-27,-7,-12;
MA   /M: SY='L'; M=-3,-22,-18,-25,-19,4,-21,-21,11,-23,17,6,-18,-23,-18,-19,-9,0,10,-23,-5,-19;
MA   /M: M=-3,-13,-23,-13,-4,-10,-19,-8,-5,-10,-3,-2,-12,-3,-5,-12,-3,-2,-7,-22,-4,-6;
MA   /M: M=-3,-12,-19,-14,-6,-17,-17,-17,-6,-6,-9,-6,-9,0,-6,-8,-3,-2,-6,-27,-15,-8;
MA   /M: SY='A'; M=2,-8,-19,-12,-8,-4,-4,-14,-9,-15,-5,-7,-2,-18,-12,-14,2,1,-8,-24,-11,-10;
MA   /M: SY='L'; M=-2,-18,-13,-22,-14,4,-22,-16,2,-17,10,5,-14,-22,-11,-14,-10,-4,2,-20,-3,-12;
MA   /M: SY='E'; M=-11,3,-25,7,9,-17,-20,-5,-16,1,-15,-11,-1,-10,0,0,-3,-2,-11,-26,-9,3;
MA   /I: I=-3; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
MA   /M: SY='R'; M=-12,1,-28,-1,1,-18,-16,-1,-21,7,-20,-12,5,-16,3,11,-4,-5,-20,-8,-6,1;
MA   /M: SY='E'; M=-10,0,-25,3,4,-16,-18,4,-16,-5,-9,-8,-1,-16,2,-2,-3,-5,-15,-21,-5,2;
MA   /M: SY='L'; M=-4,-23,-19,-26,-20,12,-25,-14,12,-23,19,10,-20,-25,-20,-19,-16,-7,11,-17,3,-20;
MA   /M: SY='R'; M=-6,-2,-9,-2,0,-18,-15,-9,-22,3,-17,-11,-3,-17,-1,6,-2,-3,-15,-25,-11,-1;
MA   /M: SY='K'; M=-1,-1,-23,-3,2,-20,-13,-8,-17,6,-15,-8,0,-13,3,5,1,0,-13,-24,-10,1;
MA   /M: SY='L'; M=5,-16,-12,-22,-15,-6,-21,-20,5,-19,12,3,-15,-19,-13,-18,-4,8,5,-24,-9,-14;
MA   /M: SY='L'; M=-5,-19,-18,-23,-16,5,-24,-18,7,-15,10,7,-16,-21,-14,-13,-8,2,9,-20,-2,-15;
MA   /M: SY='N'; M=-5,-4,-24,-9,-4,-14,-16,2,-7,-4,-7,-2,3,-17,1,-3,-6,-8,-11,-24,-7,-3;
MA   /M: SY='T'; M=-7,-6,-13,-8,-11,-10,-10,-14,-15,-13,-10,-9,-6,-20,-10,-11,-1,4,-10,-14,-7,-11;
MA   /M: SY='L'; M=-4,-27,-20,-31,-24,16,-28,-19,18,-24,21,12,-23,-26,-22,-21,-18,-7,15,-12,8,-23;
MA   /M: SY='E'; M=-3,-7,-22,-8,2,-15,-20,-13,-6,-5,-3,-2,-8,-10,0,-8,-2,2,-6,-26,-11,0;
MA   /M: SY='S'; M=-1,-6,-22,-8,-4,-8,-9,-9,-13,-9,-11,-8,-4,-16,-1,-8,2,-1,-11,-19,-4,-3;
MA   /M: SY='V'; M=-6,-18,-13,-23,-19,6,-24,-11,5,-19,4,3,-14,-24,-18,-16,-8,0,7,-15,2,-19;
MA   /M: SY='Y'; M=-5,-12,-21,-15,-10,2,-19,-6,-2,-11,0,2,-11,-21,-9,-8,-8,-5,-1,-16,3,-10;
MA   /M: SY='H'; M=-10,-7,-27,-4,-2,-19,-15,6,-14,-6,-12,-5,-5,-3,-3,-3,-6,-8,-12,-28,-9,-5;
MA   /M: SY='P'; M=-6,-14,-25,-12,-2,-6,-19,-6,-12,-9,-9,-7,-11,3,-4,-7,-5,-5,-13,-19,-3,-4;
MA   /M: SY='Y'; M=-7,-17,-21,-19,-14,7,-17,-8,-3,-13,3,2,-13,-18,-12,-9,-6,-2,-4,-13,9,-13;
MA   /I: I=-3; MI=-15; MD=-15; IM=-15;
MA   /M: SY='T'; M=-5,-4,-16,-11,-12,-4,-16,-8,-1,-11,-5,-2,3,-20,-11,-10,2,5,2,-28,-8,-12; D=-3;
MA   /I: I=-3; MI=-15; MD=-15; IM=-15; DM=-15;
MA   /M: SY='N'; M=-3,-2,-12,-5,-5,-8,-6,-6,-4,-3,-7,-2,1,-10,-2,-4,1,0,-5,-9,-6,-3; D=-3;
MA   /I: I=-3; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
MA   /M: SY='D'; M=-6,8,-9,11,11,-15,-10,-2,-15,-1,-12,-10,3,-6,5,-4,3,1,-13,-18,-7,8; D=-3;
MA   /I: I=-3; MI=-15; MD=-15; IM=-15; DM=-15;
MA   /M: SY='H'; M=-6,-2,-20,-3,-1,-15,-12,12,-17,3,-15,-6,0,-13,5,8,-4,-8,-14,-7,-2,1; D=-3;
MA   /I: I=-3; MI=-15; IM=-15; DM=-15;
MA   /M: SY='L'; M=-3,-22,-14,-24,-16,-3,-26,-20,13,-17,17,9,-21,-24,-16,-16,-14,-5,13,-25,-7,-16;
MA   /M: SY='P'; M=-5,-13,-27,-14,-5,-10,-21,-15,-5,-7,-10,-3,-12,8,-5,-11,-7,-7,-8,-22,-10,-6;
MA   /M: SY='P'; M=-7,-8,-27,-6,3,-16,-18,-12,-14,2,-13,-7,-9,6,-4,-4,-7,-4,-13,-23,-11,-1;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-28,-22,-32,-24,10,-32,-21,26,-25,27,17,-25,-26,-19,-21,-22,-8,19,-18,3,-23;
MA   /M: SY='L'; M=-8,-26,-23,-30,-20,6,-29,-20,18,-22,23,14,-23,-25,-14,-16,-21,-9,11,-12,1,-18;
MA   /M: SY='E'; M=-10,6,-27,10,18,-24,-14,-4,-21,2,-15,-11,2,-11,11,-3,-2,-6,-21,-22,-13,15;
MA   /M: M=-8,-14,-7,-17,-13,-9,-23,-5,-6,-9,-3,-1,-9,-22,-8,-1,-7,-3,-1,-27,-7,-12;
MA   /M: SY='L'; M=-3,-22,-18,-25,-19,4,-21,-21,11,-23,17,6,-18,-23,-18,-19,-9,0,10,-23,-5,-19;
MA   /M: M=-3,-13,-23,-13,-4,-10,-19,-8,-5,-10,-3,-2,-12,-3,-5,-12,-3,-2,-7,-22,-4,-6;
MA   /M: M=-3,-12,-19,-14,-6,-17,-17,-17,-6,-6,-9,-6,-9,0,-6,-8,-3,-2,-6,-27,-15,-8;
MA   /M: SY='A'; M=2,-8,-19,-12,-8,-4,-4,-14,-9,-15,-5,-7,-2,-18,-12,-14,2,1,-8,-24,-11,-10;
MA   /M: SY='L'; M=-2,-18,-13,-22,-14,4,-22,-16,2,-17,10,5,-14,-22,-11,-14,-10,-4,2,-20,-3,-12;
MA   /M: SY='E'; M=-11,3,-25,7,9,-17,-20,-5,-16,1,-15,-11,-1,-10,0,0,-3,-2,-11,-26,-9,3;
MA   /I: E0=0; E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /GENERATED_BY="pfmake -1 temo-two.msf blosum45.cmp";
CC /AUTHOR=Kajava;
//

//