Structural Bioinformatics and Molecular Modeling
CRBM-CNRS Montpellier

Details of the profile V1

Profile
Accession Number ZZ99V1b
Filename profile1Weighteddb3NormIDForBismm.prf
Author RichardAndKajava
Theme beta solenoid
Category Repeats
Validated Yes
Description
Profile build during the FHA study, cotter collaboration (june 2014). Based on 4phb (chain A) PDB code, using gap extension penalty of 0.3 and default values for the rest.
Full profile
ID   V1; MATRIX.
AC   ZZ99V1b;
DT   Mon Sep  8 10:58:41 2014
DE   Generated from MSF file: '../profile1Weighted.msf'.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=44;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=40;
CC   Automatic scaling using big reversed database;
CC   /AUTHOR=RichardAndKajava;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.0669; R2=0.01140815; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=739; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=563; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-9; D=-30; I=-30; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='N'; M=-7,28,-17,11,-3,-17,-6,1,-17,-3,-24,-17,43,-17,-3,-3,13,15,-21,-37,-17,-3;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-30,-27,-37,-27,3,-37,-27,42,-30,28,20,-23,-23,-20,-27,-23,-10,25,-20,0,-27;
MA   /M: SY='T'; M=-7,11,-20,10,2,-22,-18,-13,-22,10,-20,-14,4,-10,-2,2,7,19,-12,-29,-12,0;
MA   /M: SY='I'; M=-5,-30,-20,-35,-30,0,-35,-30,40,-25,15,15,-25,-25,-25,-25,-15,-5,40,-25,-5,-30;
MA   /M: SY='R'; M=-11,8,-23,0,0,-20,-15,-4,-23,18,-23,-13,16,-16,3,25,2,6,-18,-27,-13,0;
MA   /M: SY='A'; M=50,-10,-10,-20,-10,-20,0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20,10,0,0,-20,-20,-10;
MA   /M: SY='N'; M=-10,2,-25,-6,-8,-2,3,-9,-23,3,-21,-13,11,-19,-11,0,-5,-10,-20,-18,-8,-8;
MA   /M: SY='B'; M=-2,13,-21,10,-4,1,-11,-7,-18,-10,-15,-15,12,-18,-13,-13,-1,-6,-15,-22,-7,-7;
MA   /I: I=-9; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='B'; M=-15,45,-25,45,10,-30,-5,5,-30,0,-30,-25,40,-15,0,-5,5,-5,-30,-40,-20,5;
MA   /M: SY='G'; M=15,-10,-24,-13,-17,-27,50,-20,-31,-17,-24,-17,-3,-17,-17,-20,3,-14,-21,-20,-27,-17;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-30,-28,-38,-28,2,-38,-28,43,-30,27,20,-22,-22,-20,-28,-22,-10,25,-20,0,-28;
MA   /M: SY='D'; M=-10,12,-30,18,5,-33,7,-10,-36,17,-30,-18,6,-13,-1,5,-4,-13,-26,-26,-18,2;
MA   /M: SY='S'; M=3,-9,-15,-11,-14,-15,4,-19,-11,-14,-16,-11,-4,-17,-14,-14,15,14,1,-31,-17,-14;
MA   /M: SY='S'; M=-2,3,-17,0,4,-16,-13,-9,-8,-6,-16,-11,8,-16,-4,-8,10,3,-2,-35,-17,0;
MA   /M: SY='N'; M=-11,14,-25,5,-5,-22,10,0,-27,4,-27,-17,29,-20,-2,16,2,-7,-27,-30,-19,-5;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
MA   /M: SY='S'; M=-5,9,-20,14,1,-14,-9,-1,-21,-7,-23,-18,6,-14,-2,-10,16,5,-15,-25,2,-2;
MA   /M: SY='V'; M=-3,-30,-13,-30,-27,3,-30,-27,27,-23,21,13,-30,-30,-27,-20,-15,-3,39,-27,-7,-27;
MA   /M: SY='N'; M=-2,9,-17,2,0,-20,-10,-8,-20,8,-25,-15,16,-12,0,3,16,14,-15,-32,-15,0;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-30,-30,-40,-30,0,-40,-30,50,-30,20,20,-20,-20,-20,-30,-20,-10,30,-20,0,-30;
MA   /M: SY='T'; M=-1,12,-13,1,-5,-15,-10,-9,-15,-7,-20,-15,20,-13,-5,-7,22,29,-11,-35,-15,-5;
MA   /M: SY='G'; M=-3,5,-27,-1,-14,-27,50,-11,-34,-14,-30,-20,17,-20,-14,-14,3,-14,-30,-26,-27,-14;
MA   /I: I=-9; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='N'; M=-7,28,-17,11,-3,-17,-6,1,-17,-3,-24,-17,43,-17,-3,-3,13,15,-21,-37,-17,-3;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-30,-27,-37,-27,3,-37,-27,42,-30,28,20,-23,-23,-20,-27,-23,-10,25,-20,0,-27;
MA   /M: SY='T'; M=-7,11,-20,10,2,-22,-18,-13,-22,10,-20,-14,4,-10,-2,2,7,19,-12,-29,-12,0;
MA   /M: SY='I'; M=-5,-30,-20,-35,-30,0,-35,-30,40,-25,15,15,-25,-25,-25,-25,-15,-5,40,-25,-5,-30;
MA   /M: SY='R'; M=-11,8,-23,0,0,-20,-15,-4,-23,18,-23,-13,16,-16,3,25,2,6,-18,-27,-13,0;
MA   /M: SY='A'; M=50,-10,-10,-20,-10,-20,0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20,10,0,0,-20,-20,-10;
MA   /M: SY='N'; M=-10,2,-25,-6,-8,-2,3,-9,-23,3,-21,-13,11,-19,-11,0,-5,-10,-20,-18,-8,-8;
MA   /M: SY='B'; M=-2,13,-21,10,-4,1,-11,-7,-18,-10,-15,-15,12,-18,-13,-13,-1,-6,-15,-22,-7,-7;
MA   /I: I=-9; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='B'; M=-15,45,-25,45,10,-30,-5,5,-30,0,-30,-25,40,-15,0,-5,5,-5,-30,-40,-20,5;
MA   /M: SY='G'; M=15,-10,-24,-13,-17,-27,50,-20,-31,-17,-24,-17,-3,-17,-17,-20,3,-14,-21,-20,-27,-17;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-30,-28,-38,-28,2,-38,-28,43,-30,27,20,-22,-22,-20,-28,-22,-10,25,-20,0,-28;
MA   /M: SY='D'; M=-10,12,-30,18,5,-33,7,-10,-36,17,-30,-18,6,-13,-1,5,-4,-13,-26,-26,-18,2;
MA   /M: SY='S'; M=3,-9,-15,-11,-14,-15,4,-19,-11,-14,-16,-11,-4,-17,-14,-14,15,14,1,-31,-17,-14;
MA   /M: SY='S'; M=-2,3,-17,0,4,-16,-13,-9,-8,-6,-16,-11,8,-16,-4,-8,10,3,-2,-35,-17,0;
MA   /M: SY='N'; M=-11,14,-25,5,-5,-22,10,0,-27,4,-27,-17,29,-20,-2,16,2,-7,-27,-30,-19,-5;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
MA   /M: SY='S'; M=-5,9,-20,14,1,-14,-9,-1,-21,-7,-23,-18,6,-14,-2,-10,16,5,-15,-25,2,-2;
MA   /M: SY='V'; M=-3,-30,-13,-30,-27,3,-30,-27,27,-23,21,13,-30,-30,-27,-20,-15,-3,39,-27,-7,-27;
MA   /M: SY='N'; M=-2,9,-17,2,0,-20,-10,-8,-20,8,-25,-15,16,-12,0,3,16,14,-15,-32,-15,0;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-30,-30,-40,-30,0,-40,-30,50,-30,20,20,-20,-20,-20,-30,-20,-10,30,-20,0,-30;
MA   /M: SY='T'; M=-1,12,-13,1,-5,-15,-10,-9,-15,-7,-20,-15,20,-13,-5,-7,22,29,-11,-35,-15,-5;
MA   /M: SY='G'; M=-3,5,-27,-1,-14,-27,50,-11,-34,-14,-30,-20,17,-20,-14,-14,3,-14,-30,-26,-27,-14;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /GENERATED_BY="pfmake -2 -E 0.3 ../profile1Weighted.msf /home/francois/frichard/Tools/pfmake/matrices/blosum45.cmp";
//