Bioinformatique Structurale et Modélisation Moléculaire
CRBM-CNRS Montpellier

 PROTEINES A UNITES REPETITIVES EN TANDEM.
Les projets de séquençage du génome ont révélé un grand nombre de protéines biologiquement importantes à unités répétitives en tandem contenant jusqu’à 50 résidus. Ces protéines. sont encore sous-représentées dans les banques de données structurales à cause de leur poids moléculaire élevé et de leur forme allongée qui empêchent les études par RMN et cristallographie aux rayons-X. Ces difficultés expérimentales rendent donc les approches bioinformatiques encore plus importantes. Nous avons initié l’analyse bioinformatique, la classification, la prédiction structurale et la modélisation de protéines à séquences répétitives qui se replient avec un arrangement solénoïdale. Le développement ultérieur de méthodes fiables d’identification des motifs répétitifs protéiques (voir notre librairie de profils de séquences) et la prédiction ab initio de structure 3D promet d’être un sujet de recherche fertile en bioinformatique structurale. Au cours des dernières années, de nombreuses évidences ont été accumulées sur la forte incidence des répétitions en tandem dans les séquences en acides aminés des facteurs de virulence de pathogènes et de certains amyloïdes et prions. La découverte et les prédictions structure-fonction de ces domaines peuvent conduire à l’identification de cibles pour de nouveaux antibiotiques et vaccins contre des maladies infectieuses émergeantes et au développement d’inhibiteurs de l’amyloïdogénèse.