Bioinformatique Structurale et Modélisation Moléculaire
CRBM-CNRS Montpellier

Details of the profile Beta-solenoid-T4-repeat

Profile
Accession Number AK00173
Filename T4-beta-solenoid
Author Andrey Kajava
Theme beta solenoid
Category Repeats
Validated Yes
Description
T4 type beta-solenoid repeats (Kajava and Steven, J Struct. Biol. 2006 in press). Profiles spans 3 repeats. Motif found in several autotransporter proteins including TibA and AidA from E.coli.
Full profile
ID   Beta-solenoid-T4-repeat; MATRIX.
AC   AK00173;
DT   Tue Nov  8 17:19:52 2005
DE   profile spans 3 repeats.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=52;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=47;
CC   Automatic scaling using big reversed database;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.1081; R2=0.01011523; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=842; N_SCORE=9.63; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=600; N_SCORE=7.18; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='G'; M=-6,-1,-28,-4,-4,-21,29,-9,-30,-10,-24,-15,6,-17,-2,-11,0,-14,-28,-21,-20,-3;
MA   /M: SY='G'; M=2,-8,-25,-8,-15,-28,53,-18,-35,-18,-30,-20,2,-18,-15,-18,10,-10,-25,-25,-28,-15;
MA   /M: SY='T'; M=2,-12,-20,-15,-10,-14,-18,-9,-3,-4,-8,-3,-6,-16,-6,-3,2,3,2,-26,-9,-10;
MA   /M: SY='A'; M=30,-8,-10,-15,-9,-17,-5,-18,-9,-11,-13,-11,-6,-12,-9,-16,17,11,2,-27,-18,-9;
MA   /M: SY='T'; M=-7,11,-19,6,8,-16,-16,-7,-14,-5,-11,-10,11,-13,-1,-7,5,13,-14,-31,-14,4;
MA   /M: SY='G'; M=0,4,-23,1,-9,-18,16,-8,-24,-11,-22,-16,8,-17,-10,-13,5,-3,-19,-21,-9,-10;
MA   /M: SY='T'; M=2,0,-10,-8,-8,-12,-16,-18,-12,-10,-14,-12,2,-10,-8,-10,24,44,-2,-32,-12,-8;
MA   /M: SY='T'; M=-3,-8,-15,-15,-10,-8,-24,-21,2,-13,-1,-3,-8,-14,-12,-13,7,28,8,-28,-9,-11;
MA   /M: SY='I'; M=-9,-30,-26,-38,-29,1,-38,-29,44,-29,23,19,-22,-22,-21,-28,-20,-9,30,-21,-1,-29;
MA   /M: SY='N'; M=-8,23,-23,17,14,-25,-8,2,-25,10,-28,-19,30,-13,5,4,7,-2,-26,-35,-18,10;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='G'; M=0,0,-25,3,-10,-29,42,-15,-35,-15,-30,-21,5,-16,-12,-16,10,-8,-25,-28,-26,-11;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='S'; M=-2,-1,-20,-2,-1,-9,-14,4,-15,-5,-16,-11,2,-16,-2,-5,7,5,-12,-19,6,-3;
MA   /M: SY='Q'; M=-8,0,-28,0,18,-38,-18,8,-20,8,-21,-2,1,-10,90,8,4,-7,-28,-22,-11,36;
MA   /M: SY='Y'; M=-13,1,-26,-1,-7,-10,-20,0,-8,-4,-12,-7,4,-19,-4,2,-3,-2,-9,-19,5,-8;
MA   /M: SY='V'; M=-3,-30,-15,-32,-29,1,-32,-29,33,-23,16,13,-28,-28,-27,-22,-14,-3,42,-27,-7,-29;
MA   /M: SY='E'; M=-8,-1,-26,-1,8,-16,-9,-1,-16,-1,-17,-10,1,-15,6,-4,-1,-7,-16,-19,-1,6;
MA   /I: I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
MA   /M: SY='M'; M=-1,-6,-13,-9,-5,-11,-11,-6,-4,-2,-7,7,-4,-11,2,-4,6,7,-1,-22,-8,-1; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
MA   /M: SY='G'; M=-4,0,-26,-3,-1,-20,21,-8,-28,-9,-24,-15,7,-16,0,-9,4,-9,-25,-23,-18,0;
MA   /M: SY='G'; M=2,-8,-25,-8,-15,-28,53,-18,-35,-18,-30,-20,2,-18,-15,-18,10,-10,-25,-25,-28,-15;
MA   /M: SY='A'; M=8,-13,-17,-18,-12,-12,-16,-11,0,-11,-6,-3,-7,-16,-9,-8,4,4,4,-26,-10,-12;
MA   /M: SY='A'; M=30,-8,-10,-15,-9,-17,-5,-18,-9,-11,-13,-11,-6,-12,-9,-16,17,11,2,-27,-18,-9;
MA   /M: SY='N'; M=-8,7,-22,2,6,-15,-18,-8,-8,-7,-7,-6,9,-14,-2,-9,1,6,-11,-30,-13,1;
MA   /M: SY='G'; M=-4,5,-23,3,-8,-18,16,-6,-25,-11,-24,-18,10,-17,-9,-12,9,0,-21,-23,-9,-9;
MA   /M: SY='T'; M=2,0,-10,-8,-8,-12,-16,-18,-12,-10,-14,-12,2,-10,-8,-10,24,44,-2,-32,-12,-8;
MA   /M: SY='T'; M=-4,-12,-17,-18,-12,-7,-26,-22,9,-15,2,0,-10,-15,-13,-16,2,21,12,-27,-8,-14;
MA   /M: SY='I'; M=-9,-30,-26,-38,-29,1,-38,-29,44,-29,23,19,-22,-22,-21,-28,-20,-9,30,-21,-1,-29;
MA   /M: SY='N'; M=-8,23,-23,17,14,-25,-8,2,-25,10,-28,-19,30,-13,5,4,7,-2,-26,-35,-18,10;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='G'; M=-1,-1,-27,2,-12,-30,49,-16,-37,-16,-30,-21,4,-17,-14,-17,6,-13,-27,-26,-27,-13;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='Y'; M=-5,-4,-22,-7,-4,-7,-18,2,-7,-7,-11,-7,-1,-17,-4,-7,1,1,-8,-17,8,-7;
MA   /M: SY='Q'; M=-8,0,-28,0,18,-38,-18,8,-20,8,-21,-2,1,-10,90,8,4,-7,-28,-22,-11,36;
MA   /M: SY='R'; M=-14,-5,-27,-5,-7,-10,-22,-1,-9,-1,-11,-6,-3,-19,-3,10,-5,-3,-8,-17,6,-8;
MA   /M: SY='V'; M=-3,-30,-15,-32,-29,1,-32,-29,33,-23,16,13,-28,-28,-27,-22,-14,-3,42,-27,-7,-29;
MA   /M: SY='E'; M=-7,0,-24,0,10,-15,-17,0,-13,0,-17,-10,2,-14,9,-3,4,-2,-14,-21,0,8;
MA   /I: I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
MA   /M: SY='S'; M=0,-6,-13,-8,-4,-12,-9,-5,-5,-2,-9,6,-2,-11,3,-4,8,3,-2,-23,-9,0; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
MA   /M: SY='G'; M=-6,-1,-28,-4,-4,-21,29,-9,-30,-10,-24,-15,6,-17,-2,-11,0,-14,-28,-21,-20,-3;
MA   /M: SY='G'; M=2,-8,-25,-8,-15,-28,53,-18,-35,-18,-30,-20,2,-18,-15,-18,10,-10,-25,-25,-28,-15;
MA   /M: SY='V'; M=3,-15,-17,-19,-14,-10,-19,-12,4,-12,-3,-1,-10,-18,-11,-8,2,4,9,-27,-9,-14;
MA   /M: SY='A'; M=35,-9,-10,-16,-9,-18,-3,-18,-9,-11,-13,-11,-7,-12,-9,-17,16,5,2,-26,-19,-9;
MA   /M: SY='N'; M=-6,11,-19,7,9,-17,-14,-5,-15,-5,-13,-11,12,-13,0,-7,7,9,-15,-33,-15,5;
MA   /M: SY='G'; M=0,4,-23,1,-9,-18,16,-8,-24,-11,-22,-16,8,-17,-10,-13,5,-3,-19,-21,-9,-10;
MA   /M: SY='T'; M=2,0,-10,-8,-8,-12,-16,-18,-12,-10,-14,-12,2,-10,-8,-10,24,44,-2,-32,-12,-8;
MA   /M: SY='T'; M=-4,-4,-16,-11,-9,-9,-22,-17,1,-12,-4,-4,-1,-15,-11,-12,6,22,5,-29,-10,-10;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-30,-28,-38,-28,2,-38,-28,43,-30,27,20,-22,-22,-20,-28,-22,-10,25,-20,0,-28;
MA   /M: SY='N'; M=-8,23,-23,17,14,-25,-8,2,-25,10,-28,-19,30,-13,5,4,7,-2,-26,-35,-18,10;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='G'; M=-1,-1,-27,2,-12,-30,49,-16,-37,-16,-30,-21,4,-17,-14,-17,6,-13,-27,-26,-27,-13;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='Y'; M=2,-2,-20,-5,-2,-9,-14,3,-14,-5,-14,-10,0,-16,-3,-6,4,2,-11,-17,6,-4;
MA   /M: SY='Q'; M=-8,0,-28,0,18,-38,-18,8,-20,8,-21,-2,1,-10,55,8,4,-7,-28,-22,-11,36;
MA   /M: SY='Y'; M=-13,1,-26,-1,-7,-10,-20,0,-8,-4,-12,-7,4,-19,-4,2,-3,-2,-9,-19,5,-8;
MA   /M: SY='V'; M=-3,-30,-15,-32,-29,1,-32,-29,33,-23,16,13,-28,-28,-27,-22,-14,-3,42,-27,-7,-29;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /GENERATED_BY="pfmake tiba-Q.msf /home/kajava/blosum45.cmp";
CC   /AUTHOR=Kajava Andrey;
//