Structural Bioinformatics and Molecular Modeling
CRBM-CNRS Montpellier

Details of the profile LRR_SDS22

Profile
Accession Number PS50504
Filename lrr_sds22.prf
Author Andrey Kajava
Theme Leucine Rich Repeat
Category Repeats
Validated Yes
Description
SDS22 subfamily LRR profile
Full profile
ID   LRR_SDS22; MATRIX.
AC   PS50504;
DT   OCT-2001 (CREATED); OCT-2001 (DATA UPDATE); OCT-2001 (INFO UPDATE).
DE   SDS22+-like LRR profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=66;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=61;
CC   Automatic scaling using big reversed database;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2686; R2=0.01732442; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=667; N_SCORE=13.8; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=255; N_SCORE=6.7; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; M0=-8;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='N'; M=-2,3,-11,-1,-3,-20,-2,2,-24,-5,-24,-16,10,-17,-3,-1,10,1,-18,-31,-13,-4;
MA   /M: SY='N'; M=-10,13,-26,10,0,-23,6,13,-28,-3,-25,-15,18,-17,0,-2,1,-7,-26,-28,-10,-2;
MA   /M: SY='N'; M=-10,24,-21,10,-3,-14,-6,8,-15,1,-23,-11,39,-20,0,0,5,-1,-23,-31,-8,-2;
MA   /M: SY='R'; M=-9,1,-27,2,4,-23,-15,-7,-18,12,-16,-9,1,-15,5,14,-5,-8,-15,-25,-12,3;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-29,-28,-34,-24,1,-35,-26,35,-28,25,17,-23,-14,-19,-26,-22,-10,19,-21,-3,-25;
MA   /M: SY='K'; M=-6,-7,-20,-6,4,-23,-19,-12,-20,9,-21,-12,-6,5,2,7,-1,2,-15,-27,-16,2;
MA   /M: SY='K'; M=-3,0,-18,-1,-1,-21,-17,-11,-11,4,-16,-8,0,-16,-1,-1,0,-4,-5,-29,-14,-2;
MA   /M: SY='I'; M=-8,-25,-24,-28,-17,0,-31,-23,24,-24,20,11,-21,-22,-16,-22,-17,-8,16,-17,-3,-19;
MA   /M: SY='E'; M=-3,4,-17,7,14,-29,-4,-8,-28,3,-25,-17,2,-6,6,-4,4,-6,-23,-30,-20,9;
MA   /M: SY='N'; M=-3,7,-25,3,-1,-23,9,1,-23,-8,-23,-12,14,-6,-4,-10,3,-7,-23,-30,-19,-3;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-21,-23,-23,-19,3,-25,-21,17,-26,26,11,-21,-25,-19,-21,-20,-9,10,-21,-3,-20;
MA   /M: SY='E'; M=-1,4,-24,8,10,-26,-8,-9,-21,-3,-15,-13,-2,-7,4,-8,0,-5,-17,-28,-17,7;
MA   /M: SY='A'; M=5,0,-22,-3,-1,-20,-9,-6,-17,-3,-16,-11,0,-2,-2,-9,1,-1,-15,-23,-11,-2;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-28,-11,-30,-20,6,-28,-20,15,-28,41,18,-28,-29,-19,-20,-26,-10,8,-22,-3,-20;
MA   /M: SY='P'; M=-11,0,-29,6,6,-25,-19,-11,-21,8,-19,-13,-5,12,0,4,-6,-4,-18,-28,-16,1;
MA   /M: SY='N'; M=-4,4,-9,-3,0,-21,-13,-4,-20,3,-18,-11,11,-18,5,7,2,-2,-18,-30,-16,2;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-29,-7,-31,-23,13,-30,-22,15,-29,35,14,-28,-31,-24,-21,-25,-9,12,-21,-1,-23;
MA   /M: SY='E'; M=-9,3,-24,5,13,-23,-16,-9,-22,10,-19,-13,0,-11,5,9,1,5,-15,-27,-14,8;
MA   /M: SY='H'; M=-4,-8,-23,-8,0,-13,-20,3,-8,-7,-8,-5,-8,-16,-4,-9,-4,-4,-5,-19,-2,-3;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-31,-21,9,-31,-21,23,-30,47,20,-29,-29,-20,-21,-29,-10,12,-20,0,-21;
MA   /M: SY='B'; M=-6,1,-23,1,-6,-3,-16,-8,-11,-12,-8,-9,-2,-19,-8,-13,-3,-5,-11,-14,0,-7;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-28,-20,-32,-22,12,-29,-20,21,-27,35,19,-26,-27,-20,-20,-24,-9,13,-18,1,-21;
MA   /M: SY='N'; M=-2,3,-11,-1,-3,-20,-2,2,-24,-5,-24,-16,10,-17,-3,-1,10,1,-18,-31,-13,-4;
MA   /M: SY='N'; M=-10,13,-26,10,0,-23,6,13,-28,-3,-25,-15,18,-17,0,-2,1,-7,-26,-28,-10,-2;
MA   /M: SY='N'; M=-10,24,-21,10,-3,-14,-6,8,-15,1,-23,-11,39,-20,0,0,5,-1,-23,-31,-8,-2;
MA   /M: SY='R'; M=-9,1,-27,2,4,-23,-15,-7,-18,12,-16,-9,1,-15,5,14,-5,-8,-15,-25,-12,3;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-29,-28,-34,-24,1,-35,-26,35,-28,25,17,-23,-14,-19,-26,-22,-10,19,-21,-3,-25;
MA   /M: SY='K'; M=-6,-7,-20,-6,4,-23,-19,-12,-20,9,-21,-12,-6,5,2,7,-1,2,-15,-27,-16,2;
MA   /M: SY='K'; M=-3,0,-18,-1,-1,-21,-17,-11,-11,4,-16,-8,0,-16,-1,-1,0,-4,-5,-29,-14,-2;
MA   /M: SY='I'; M=-8,-25,-24,-28,-17,0,-31,-23,24,-24,20,11,-21,-22,-16,-22,-17,-8,16,-17,-3,-19;
MA   /M: SY='E'; M=-3,4,-17,7,14,-29,-4,-8,-28,3,-25,-17,2,-6,6,-4,4,-6,-23,-30,-20,9;
MA   /M: SY='N'; M=-3,7,-25,3,-1,-23,9,1,-23,-8,-23,-12,14,-6,-4,-10,3,-7,-23,-30,-19,-3;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-21,-23,-23,-19,3,-25,-21,17,-26,26,11,-21,-25,-19,-21,-20,-9,10,-21,-3,-20;
MA   /M: SY='E'; M=-1,4,-24,8,10,-26,-8,-9,-21,-3,-15,-13,-2,-7,4,-8,0,-5,-17,-28,-17,7;
MA   /M: SY='A'; M=5,0,-22,-3,-1,-20,-9,-6,-17,-3,-16,-11,0,-2,-2,-9,1,-1,-15,-23,-11,-2;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-28,-11,-30,-20,6,-28,-20,15,-28,41,18,-28,-29,-19,-20,-26,-10,8,-22,-3,-20;
MA   /M: SY='P'; M=-11,0,-29,6,6,-25,-19,-11,-21,8,-19,-13,-5,12,0,4,-6,-4,-18,-28,-16,1;
MA   /M: SY='N'; M=-4,4,-9,-3,0,-21,-13,-4,-20,3,-18,-11,11,-18,5,7,2,-2,-18,-30,-16,2;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-29,-7,-31,-23,13,-30,-22,15,-29,35,14,-28,-31,-24,-21,-25,-9,12,-21,-1,-23;
MA   /M: SY='E'; M=-9,3,-24,5,13,-23,-16,-9,-22,10,-19,-13,0,-11,5,9,1,5,-15,-27,-14,8;
MA   /M: SY='H'; M=-4,-8,-23,-8,0,-13,-20,3,-8,-7,-8,-5,-8,-16,-4,-9,-4,-4,-5,-19,-2,-3;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-31,-21,9,-31,-21,23,-30,47,20,-29,-29,-20,-21,-29,-10,12,-20,0,-21;
MA   /M: SY='B'; M=-6,1,-23,1,-6,-3,-16,-8,-11,-12,-8,-9,-2,-19,-8,-13,-3,-5,-11,-14,0,-7;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-28,-20,-32,-22,12,-29,-20,21,-27,35,19,-26,-27,-20,-20,-24,-9,13,-18,1,-21;
MA   /M: SY='N'; M=-2,3,-11,-1,-3,-20,-2,2,-24,-5,-24,-16,10,-17,-3,-1,10,1,-18,-31,-13,-4;
MA   /M: SY='N'; M=-10,13,-26,10,0,-23,6,13,-28,-3,-25,-15,18,-17,0,-2,1,-7,-26,-28,-10,-2;
MA   /M: SY='N'; M=-10,24,-21,10,-3,-14,-6,8,-15,1,-23,-11,39,-20,0,0,5,-1,-23,-31,-8,-2;
MA   /M: SY='R'; M=-9,1,-27,2,4,-23,-15,-7,-18,12,-16,-9,1,-15,5,14,-5,-8,-15,-25,-12,3;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-29,-28,-34,-24,1,-35,-26,35,-28,25,17,-23,-14,-19,-26,-22,-10,19,-21,-3,-25;
MA   /M: SY='K'; M=-6,-7,-20,-6,4,-23,-19,-12,-20,9,-21,-12,-6,5,2,7,-1,2,-15,-27,-16,2;
MA   /M: SY='K'; M=-3,0,-18,-1,-1,-21,-17,-11,-11,4,-16,-8,0,-16,-1,-1,0,-4,-5,-29,-14,-2;
MA   /M: SY='I'; M=-8,-25,-24,-28,-17,0,-31,-23,24,-24,20,11,-21,-22,-16,-22,-17,-8,16,-17,-3,-19;
MA   /M: SY='E'; M=-3,4,-17,7,14,-29,-4,-8,-28,3,-25,-17,2,-6,6,-4,4,-6,-23,-30,-20,9;
MA   /M: SY='N'; M=-3,7,-25,3,-1,-23,9,1,-23,-8,-23,-12,14,-6,-4,-10,3,-7,-23,-30,-19,-3;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-21,-23,-23,-19,3,-25,-21,17,-26,26,11,-21,-25,-19,-21,-20,-9,10,-21,-3,-20;
MA   /M: SY='E'; M=-1,4,-24,8,10,-26,-8,-9,-21,-3,-15,-13,-2,-7,4,-8,0,-5,-17,-28,-17,7;
MA   /M: SY='A'; M=5,0,-22,-3,-1,-20,-9,-6,-17,-3,-16,-11,0,-2,-2,-9,1,-1,-15,-23,-11,-2;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-28,-11,-30,-20,6,-28,-20,15,-28,41,18,-28,-29,-19,-20,-26,-10,8,-22,-3,-20;
MA   /M: SY='P'; M=-11,0,-29,6,6,-25,-19,-11,-21,8,-19,-13,-5,12,0,4,-6,-4,-18,-28,-16,1;
MA   /M: SY='N'; M=-4,4,-9,-3,0,-21,-13,-4,-20,3,-18,-11,11,-18,5,7,2,-2,-18,-30,-16,2;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-29,-7,-31,-23,13,-30,-22,15,-29,35,14,-28,-31,-24,-21,-25,-9,12,-21,-1,-23;
MA   /M: SY='E'; M=-9,3,-24,5,13,-23,-16,-9,-22,10,-19,-13,0,-11,5,9,1,5,-15,-27,-14,8;
MA   /M: SY='H'; M=-4,-8,-23,-8,0,-13,-20,3,-8,-7,-8,-5,-8,-16,-4,-9,-4,-4,-5,-19,-2,-3;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-31,-21,9,-31,-21,23,-30,47,20,-29,-29,-20,-21,-29,-10,12,-20,0,-21;
MA   /M: SY='B'; M=-6,1,-23,1,-6,-3,-16,-8,-11,-12,-8,-9,-2,-19,-8,-13,-3,-5,-11,-14,0,-7;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-28,-20,-32,-22,12,-29,-20,21,-27,35,19,-26,-27,-20,-20,-24,-9,13,-18,1,-21;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /STATUS=submitted;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /AUTHOR=A_Kajava;
DO   QDOC50500;
//