Structural Bioinformatics and Molecular Modeling
CRBM-CNRS Montpellier

Details of the profile Beta-solenoid-O1-repeat

Profile
Accession Number AK00181
Filename O1-beta-solenoid
Author Andrey Kajava
Theme beta solenoid
Category Repeats
Validated Yes
Description
O1 type beta-solenoid repeat (see Kajava and Steven, 2006 J. Struct. Biol. in press) Profile spans 3 repeats. These repeats were found in several trimeric autotransporter proteins including XadA from X.fastidiosa and Yersinia adhesin YadA.
Full profile
ID   Beta-solenoid-O1-repeat; MATRIX.
AC   AK00181;
DT   Thu Nov 10 12:00:18 2005
DE   Profile spans 3 repeats.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=42;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=38;
CC   Automatic scaling using big reversed database;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.3980; R2=0.01243532; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=651; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=490; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='S'; M=18,-5,-15,-8,-8,-22,17,-15,-22,-12,-25,-17,2,-12,-8,-15,22,5,-12,-30,-22,-8;
MA   /M: SY='V'; M=-3,-30,-15,-33,-30,0,-33,-30,35,-23,13,13,-27,-27,-27,-23,-13,-3,45,-27,-7,-30;
MA   /M: SY='A'; M=42,-8,-10,-18,-10,-18,-3,-20,-10,-10,-10,-10,-8,-10,-10,-18,12,8,0,-22,-18,-10;
MA   /M: SY='I'; M=-9,-28,-26,-35,-28,5,-36,-22,38,-25,15,15,-22,-24,-21,-25,-18,-8,28,-14,11,-28;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='A'; M=19,-4,-19,-7,-6,-13,-9,-3,-16,-11,-14,-11,-6,-4,-10,-16,1,-6,-10,-21,-11,-8;
MA   /M: SY='R'; M=2,-4,-20,-9,-7,-17,-3,-10,-18,-1,-14,-11,3,-17,-4,9,5,3,-12,-26,-15,-7;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='S'; M=14,-3,-13,-4,-4,-21,9,-13,-21,-11,-27,-19,6,-11,-4,-13,30,12,-11,-35,-21,-4;
MA   /M: SY='K'; M=-7,-2,-24,-3,7,-21,-19,1,-17,11,-19,-8,0,-11,4,4,2,3,-13,-27,-8,4;
MA   /M: SY='A'; M=30,-10,-10,-19,-12,-15,-9,-21,-5,-11,-8,-8,-10,-12,-12,-17,10,13,6,-24,-16,-12;
MA   /M: SY='D'; M=7,7,-19,8,3,-24,-11,-9,-17,-6,-14,-12,1,-12,4,-10,7,3,-13,-29,-15,3;
MA   /M: SY='K'; M=3,1,-25,2,-1,-28,4,-12,-29,12,-24,-15,0,-13,-2,8,-2,-10,-19,-23,-18,-2;
MA   /I: I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
MA   /M: SY='G'; M=-4,0,-19,3,2,-19,9,-9,-18,0,-15,-11,-1,-10,-5,-5,-2,-8,-11,-18,-14,-1; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-27; IM=-27; DM=-27;
MA   /M: SY='N'; M=-1,18,-19,12,-2,-16,-8,-1,-18,-5,-21,-16,21,-16,-4,-8,9,6,-17,-27,-6,-4;
MA   /M: SY='S'; M=18,-5,-15,-8,-8,-22,17,-15,-22,-12,-25,-17,2,-12,-8,-15,22,5,-12,-30,-22,-8;
MA   /M: SY='V'; M=-3,-30,-15,-33,-30,0,-33,-30,35,-23,13,13,-27,-27,-27,-23,-13,-3,45,-27,-7,-30;
MA   /M: SY='A'; M=42,-8,-10,-18,-10,-18,-3,-20,-10,-10,-10,-10,-8,-10,-10,-18,12,8,0,-22,-18,-10;
MA   /M: SY='I'; M=-9,-28,-26,-35,-28,5,-36,-22,38,-25,15,15,-22,-24,-21,-25,-18,-8,28,-14,11,-28;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='A'; M=19,-4,-19,-7,-6,-13,-9,-3,-16,-11,-14,-11,-6,-4,-10,-16,1,-6,-10,-21,-11,-8;
MA   /M: SY='R'; M=2,-4,-20,-9,-7,-17,-3,-10,-18,-1,-14,-11,3,-17,-4,9,5,3,-12,-26,-15,-7;
MA   /I: I=-8; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='S'; M=14,-3,-13,-4,-4,-21,9,-13,-21,-11,-27,-19,-190,-11,-4,-13,30,12,-11,-35,-21,-4;
MA   /M: SY='K'; M=-7,-2,-24,-3,7,-21,-19,1,-17,11,-19,-8,0,-11,4,4,2,3,-13,-27,-8,4;
MA   /M: SY='A'; M=30,-10,-10,-19,-12,-15,-9,-21,-5,-11,-8,-8,-10,-12,-12,-17,10,13,6,-24,-16,-12;
MA   /M: SY='D'; M=7,7,-19,8,3,-24,-11,-9,-17,-6,-14,-12,1,-12,4,-10,7,3,-13,-29,-15,3;
MA   /M: SY='K'; M=3,1,-25,2,-1,-28,4,-12,-29,12,-24,-15,0,-13,-2,8,-2,-10,-19,-23,-18,-2;
MA   /I: I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
MA   /M: SY='G'; M=-4,0,-19,3,2,-19,9,-9,-18,0,-15,-11,-1,-10,-5,-5,-2,-8,-11,-18,-14,-1; D=-5;
MA   /I: I=-8; MI=-27; IM=-27; DM=-27;
MA   /M: SY='N'; M=-1,18,-19,12,-2,-16,-8,-1,-18,-5,-21,-16,21,-16,-4,-8,9,6,-17,-27,-6,-4;
MA   /M: SY='S'; M=18,-5,-15,-8,-8,-22,17,-15,-22,-12,-25,-17,2,-12,-8,-15,22,5,-12,-30,-22,-8;
MA   /M: SY='V'; M=-3,-30,-15,-33,-30,0,-33,-30,35,-23,13,13,-27,-27,-27,-23,-13,-3,45,-27,-7,-30;
MA   /M: SY='A'; M=42,-8,-10,-18,-10,-18,-3,-20,-10,-10,-10,-10,-8,-10,-10,-18,12,8,0,-22,-18,-10;
MA   /M: SY='I'; M=-9,-28,-26,-35,-28,5,-36,-22,38,-25,15,15,-22,-24,-21,-25,-18,-8,28,-14,11,-28;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='A'; M=19,-4,-19,-7,-6,-13,-9,-3,-16,-11,-14,-11,-6,-4,-10,-16,1,-6,-10,-21,-11,-8;
MA   /M: SY='R'; M=2,-4,-20,-9,-7,-17,-3,-10,-18,-1,-14,-11,3,-17,-4,9,5,3,-12,-26,-15,-7;
MA   /I: I=-8; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='S'; M=14,-3,-13,-4,-4,-21,9,-13,-21,-11,-27,-19,-190,-11,-4,-13,30,12,-11,-35,-21,-4;
MA   /M: SY='K'; M=-7,-2,-24,-3,7,-21,-19,1,-17,11,-19,-8,0,-11,4,4,2,3,-13,-27,-8,4;
MA   /M: SY='A'; M=30,-10,-10,-19,-12,-15,-9,-21,-5,-11,-8,-8,-10,-12,-12,-17,10,13,6,-24,-16,-12;
MA   /M: SY='D'; M=7,7,-19,8,3,-24,-11,-9,-17,-6,-14,-12,1,-12,4,-10,7,3,-13,-29,-15,3;
MA   /M: SY='K'; M=3,1,-25,2,-1,-28,4,-12,-29,12,-24,-15,0,-13,-2,8,-2,-10,-19,-23,-18,-2;
MA   /I: I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
MA   /M: SY='G'; M=-4,0,-19,3,2,-19,9,-9,-18,0,-15,-11,-1,-10,-5,-5,-2,-8,-11,-18,-14,-1; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-27; IM=-27; DM=-27;
MA   /M: SY='N'; M=-1,18,-19,12,-2,-16,-8,-1,-18,-5,-21,-16,21,-16,-4,-8,9,6,-17,-27,-6,-4;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /GENERATED_BY="pfmake -f yada-roll-rep.msf /home/kajava/blosum45.cmp";
CC   /AUTHOR=Kajava Andrey;
//