Structural Bioinformatics and Molecular Modeling
CRBM-CNRS Montpellier

Details of the profile Beta-solenoid-L2-repeat

Profile
Accession Number AK00186
Filename L2-beta-solenoid
Author Andrey Kajava
Theme beta solenoid
Category Repeats
Validated Yes
Description
L2 type beta-solenoid repeat(see Kajava and Steven, 2006 J. Struct. Biol. in press) Profile spans 3 repeats. These repeats were found in several TPS proteins including Slr1753 protein from Synechocystis sp., Alr1397 protein from Anabaena sp.
Full profile
ID   Beta-solenoid-L2-repeat; MATRIX.
AC   AK00186;
DT   Tue Jan 22 11:32:42 2002
DE   Profile spans 3 repeats.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=68;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=63;
CC   Automatic scaling using big reversed database;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.2479; R2=0.00913687; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=850; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=574; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='D'; M=-7,38,-24,40,9,-30,-5,1,-29,-1,-27,-24,30,-14,-1,-8,5,-5,-26,-37,-20,4;
MA   /M: SY='V'; M=-3,-30,-16,-33,-30,0,-33,-30,36,-23,13,13,-27,-27,-27,-23,-13,-3,44,-27,-7,-30;
MA   /M: SY='F'; M=-13,-12,-21,-16,-17,30,-23,-13,-4,-19,-2,-5,-9,-22,-21,-16,-5,1,-3,-8,16,-18;
MA   /M: SY='I'; M=-9,-27,-22,-33,-25,13,-33,-25,26,-27,21,13,-21,-24,-23,-23,-17,-2,20,-18,2,-25;
MA   /M: SY='Q'; M=-7,6,-25,6,23,-31,-16,3,-22,5,-21,-10,7,-8,32,3,7,0,-25,-27,-15,27;
MA   /M: SY='A'; M=34,-6,-10,-12,-6,-20,0,-16,-14,-10,-18,-14,-2,-10,-6,-16,22,8,-4,-28,-20,-6;
MA   /M: SY='G'; M=-5,-7,-30,-4,-10,-26,29,-17,-30,-9,-21,-15,-4,-7,-13,-12,-6,-16,-24,-23,-23,-12;
MA   /M: SY='G'; M=-1,-8,-27,-7,-6,-24,38,-16,-30,-16,-20,-16,-2,-17,-12,-16,1,-13,-23,-24,-24,-9;
MA   /M: SY='D'; M=-9,32,-21,35,8,-28,-6,-2,-28,-3,-28,-24,25,-12,-1,-8,13,5,-23,-39,-19,4;
MA   /M: SY='I'; M=-7,-22,-24,-31,-24,-2,-34,-27,32,-25,15,12,-16,-18,-17,-24,-11,5,21,-23,-3,-24;
MA   /M: SY='T'; M=1,3,-16,2,13,-19,-13,-11,-19,-4,-20,-16,3,-7,2,-7,21,23,-12,-33,-16,7;
MA   /M: SY='T'; M=-3,-12,-15,-20,-18,-6,-26,-24,11,-16,0,0,-9,-15,-15,-16,6,28,15,-27,-7,-18;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='G'; M=10,5,-21,3,-7,-26,23,-13,-27,-11,-25,-19,7,-14,-9,-15,10,-5,-19,-28,-23,-8;
MA   /M: SY='Y'; M=-17,-19,-26,-20,-19,31,-27,11,-2,-13,-2,-2,-17,-28,-13,-11,-13,-7,-9,19,62,-19;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-30,-27,-37,-27,3,-37,-27,42,-30,28,20,-23,-23,-20,-27,-23,-10,24,-20,0,-27;
MA   /M: SY='D'; M=-15,10,-24,12,-1,4,-19,-4,-15,-9,-12,-13,5,-20,-12,-11,-7,-7,-12,-19,4,-6;
MA   /M: SY='T'; M=0,0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,0,-10,-10,-10,20,50,0,-30,-10,-10;
MA   /M: SY='G'; M=1,-7,-23,-8,-7,-17,8,-8,-24,1,-23,-14,-1,-16,-5,2,6,-3,-17,-18,-6,-7;
MA   /M: SY='G'; M=9,-11,-27,-12,-16,-28,46,-20,-32,-17,-26,-18,-4,-5,-17,-20,1,-15,-24,-21,-28,-17;
MA   /M: SY='Y'; M=-6,-14,-22,-18,-15,16,-11,-7,-12,-10,-10,-8,-9,-21,-15,-11,-3,-1,-9,-3,19,-15;
MA   /M: SY='G'; M=-4,8,-25,4,4,-28,18,-4,-28,-5,-27,-17,16,-14,4,-7,8,-7,-27,-29,-22,4;
MA   /M: SY='G'; M=-5,-2,-27,-1,-6,-24,23,-17,-23,-14,-19,-14,0,-15,-12,-17,0,-6,-18,-25,-21,-10;
MA   /I: I=-4; MI=-19; MD=-19; IM=-19;
MA   /M: SY='E'; M=-5,1,-20,1,6,-19,0,-5,-20,1,-20,-14,6,1,1,4,4,-3,-18,-23,-16,2; D=-4;
MA   /I: I=-4; MI=-19; MD=-19; IM=-19; DM=-19;
MA   /M: SY='A'; M=6,-6,-9,-7,-6,-8,6,-9,-7,-9,-3,-4,-3,-9,-6,-9,3,-1,-4,-13,-9,-6; D=-4;
MA   /I: I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='D'; M=-7,38,-24,40,9,-30,-5,1,-29,-1,-27,-24,30,-14,-1,-8,5,-5,-26,-37,-20,4;
MA   /M: SY='V'; M=-3,-30,-16,-33,-30,0,-33,-30,36,-23,13,13,-27,-27,-27,-23,-13,-3,44,-27,-7,-30;
MA   /M: SY='F'; M=-13,-12,-21,-16,-17,30,-23,-13,-4,-19,-2,-5,-9,-22,-21,-16,-5,1,-3,-8,16,-18;
MA   /M: SY='I'; M=-9,-27,-22,-33,-25,13,-33,-25,26,-27,21,13,-21,-24,-23,-23,-17,-2,20,-18,2,-25;
MA   /M: SY='Q'; M=-7,6,-25,6,23,-31,-16,3,-22,5,-21,-10,7,-8,32,3,7,0,-25,-27,-15,27;
MA   /M: SY='A'; M=34,-6,-10,-12,-6,-20,0,-16,-14,-10,-18,-14,-2,-10,-6,-16,22,8,-4,-28,-20,-6;
MA   /M: SY='G'; M=-5,-7,-30,-4,-10,-26,29,-17,-30,-9,-21,-15,-4,-7,-13,-12,-6,-16,-24,-23,-23,-12;
MA   /M: SY='G'; M=-1,-8,-27,-7,-6,-24,38,-16,-30,-16,-20,-16,-2,-17,-12,-16,1,-13,-23,-24,-24,-9;
MA   /M: SY='D'; M=-9,32,-21,35,8,-28,-6,-2,-28,-3,-28,-24,25,-12,-1,-8,13,5,-23,-39,-19,4;
MA   /M: SY='I'; M=-7,-22,-24,-31,-24,-2,-34,-27,32,-25,15,12,-16,-18,-17,-24,-11,5,21,-23,-3,-24;
MA   /M: SY='T'; M=1,3,-16,2,13,-19,-13,-11,-19,-4,-20,-16,3,-7,2,-7,21,23,-12,-33,-16,7;
MA   /M: SY='T'; M=-3,-12,-15,-20,-18,-6,-26,-24,11,-16,0,0,-9,-15,-15,-16,6,28,15,-27,-7,-18;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='G'; M=10,5,-21,3,-7,-26,23,-13,-27,-11,-25,-19,7,-14,-9,-15,10,-5,-19,-28,-23,-8;
MA   /M: SY='Y'; M=-17,-19,-26,-20,-19,31,-27,11,-2,-13,-2,-2,-17,-28,-13,-11,-13,-7,-9,19,62,-19;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-30,-27,-37,-27,3,-37,-27,42,-30,28,20,-23,-23,-20,-27,-23,-10,24,-20,0,-27;
MA   /M: SY='D'; M=-15,10,-24,12,-1,4,-19,-4,-15,-9,-12,-13,5,-20,-12,-11,-7,-7,-12,-19,4,-6;
MA   /M: SY='T'; M=0,0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,0,-10,-10,-10,20,50,0,-30,-10,-10;
MA   /M: SY='G'; M=1,-7,-23,-8,-7,-17,8,-8,-24,1,-23,-14,-1,-16,-5,2,6,-3,-17,-18,-6,-7;
MA   /M: SY='G'; M=9,-11,-27,-12,-16,-28,46,-20,-32,-17,-26,-18,-4,-5,-17,-20,1,-15,-24,-21,-28,-17;
MA   /M: SY='Y'; M=-6,-14,-22,-18,-15,16,-11,-7,-12,-10,-10,-8,-9,-21,-15,-11,-3,-1,-9,-3,19,-15;
MA   /M: SY='G'; M=-4,8,-25,4,4,-28,18,-4,-28,-5,-27,-17,16,-14,4,-7,8,-7,-27,-29,-22,4;
MA   /M: SY='G'; M=-5,-2,-27,-1,-6,-24,23,-17,-23,-14,-19,-14,0,-15,-12,-17,0,-6,-18,-25,-21,-10;
MA   /I: I=-4; MI=-19; MD=-19; IM=-19;
MA   /M: SY='E'; M=-5,1,-20,1,6,-19,0,-5,-20,1,-20,-14,6,1,1,4,4,-3,-18,-23,-16,2; D=-4;
MA   /I: I=-4; MI=-19; MD=-19; IM=-19; DM=-19;
MA   /M: SY='A'; M=6,-6,-9,-7,-6,-8,6,-9,-7,-9,-3,-4,-3,-9,-6,-9,3,-1,-4,-13,-9,-6; D=-4;
MA   /I: I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='D'; M=-7,38,-24,40,9,-30,-5,1,-29,-1,-27,-24,30,-14,-1,-8,5,-5,-26,-37,-20,4;
MA   /M: SY='V'; M=-3,-30,-16,-33,-30,0,-33,-30,36,-23,13,13,-27,-27,-27,-23,-13,-3,44,-27,-7,-30;
MA   /M: SY='F'; M=-13,-12,-21,-16,-17,30,-23,-13,-4,-19,-2,-5,-9,-22,-21,-16,-5,1,-3,-8,16,-18;
MA   /M: SY='I'; M=-9,-27,-22,-33,-25,13,-33,-25,26,-27,21,13,-21,-24,-23,-23,-17,-2,20,-18,2,-25;
MA   /M: SY='Q'; M=-7,6,-25,6,23,-31,-16,3,-22,5,-21,-10,7,-8,32,3,7,0,-25,-27,-15,27;
MA   /M: SY='A'; M=34,-6,-10,-12,-6,-20,0,-16,-14,-10,-18,-14,-2,-10,-6,-16,22,8,-4,-28,-20,-6;
MA   /M: SY='G'; M=-5,-7,-30,-4,-10,-26,29,-17,-30,-9,-21,-15,-4,-7,-13,-12,-6,-16,-24,-23,-23,-12;
MA   /M: SY='G'; M=-1,-8,-27,-7,-6,-24,38,-16,-30,-16,-20,-16,-2,-17,-12,-16,1,-13,-23,-24,-24,-9;
MA   /M: SY='D'; M=-9,32,-21,35,8,-28,-6,-2,-28,-3,-28,-24,25,-12,-1,-8,13,5,-23,-39,-19,4;
MA   /M: SY='I'; M=-7,-22,-24,-31,-24,-2,-34,-27,32,-25,15,12,-16,-18,-17,-24,-11,5,21,-23,-3,-24;
MA   /M: SY='T'; M=1,3,-16,2,13,-19,-13,-11,-19,-4,-20,-16,3,-7,2,-7,21,23,-12,-33,-16,7;
MA   /M: SY='T'; M=-3,-12,-15,-20,-18,-6,-26,-24,11,-16,0,0,-9,-15,-15,-16,6,28,15,-27,-7,-18;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='G'; M=10,5,-21,3,-7,-26,23,-13,-27,-11,-25,-19,7,-14,-9,-15,10,-5,-19,-28,-23,-8;
MA   /M: SY='Y'; M=-17,-19,-26,-20,-19,31,-27,11,-2,-13,-2,-2,-17,-28,-13,-11,-13,-7,-9,19,62,-19;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-30,-27,-37,-27,3,-37,-27,42,-30,28,20,-23,-23,-20,-27,-23,-10,24,-20,0,-27;
MA   /M: SY='D'; M=-15,10,-24,12,-1,4,-19,-4,-15,-9,-12,-13,5,-20,-12,-11,-7,-7,-12,-19,4,-6;
MA   /M: SY='T'; M=0,0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,0,-10,-10,-10,20,50,0,-30,-10,-10;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /GENERATED_BY="pfmake g16329644.msf /home/kajava/prtool/pft2.1/blosum45.cmp";
CC   /AUTHOR=Kajava Andrey;
//