Structural Bioinformatics and Molecular Modeling
CRBM-CNRS Montpellier

Details of the profile Beta-solenoid-L3-repeat

Profile
Accession Number AK00187
Filename L3-beta-solenoid
Author Andrey Kajava
Theme beta solenoid
Category Repeats
Validated Yes
Description
L3 type beta-solenoid repeat (see Kajava and Steven, 2006 J. Struct. Biol. in press) Profile spans 3 repeats. These repeats were found in several TPS proteins including AGRL_3085 protein from Agrobacterium tumefaciens.
Full profile
ID   Beta-solenoid-L3-repeat; MATRIX.
AC   AK00187;
DT   Fri Jul 19 16:16:00 2002
DE   Profile spans 3 repeats.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=72;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=67;
CC   Automatic scaling using big reversed database;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.2445; R2=0.00880163; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=824; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=597; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='T'; M=-5,-5,-17,-10,-14,-10,-22,-11,4,-14,-6,-2,-3,-18,-12,-14,3,12,9,-31,-8,-14;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='T'; M=-5,9,-19,2,7,-17,-16,-9,-12,-5,-16,-13,13,-11,-1,-7,11,18,-12,-32,-14,3;
MA   /M: SY='L'; M=-2,-28,-17,-30,-23,3,-28,-23,23,-24,28,17,-27,-27,-21,-20,-19,-6,24,-23,-5,-22;
MA   /M: SY='N'; M=-7,30,-18,13,-2,-18,-3,3,-18,-2,-27,-18,46,-18,-2,-2,14,10,-23,-38,-18,-2;
MA   /M: SY='I'; M=-6,-30,-21,-35,-29,1,-35,-29,39,-26,18,16,-25,-25,-24,-25,-17,-6,37,-24,-4,-29;
MA   /M: SY='S'; M=-2,-2,-19,-3,5,-21,-12,-7,-18,5,-21,-8,2,-11,8,5,14,10,-13,-30,-14,6;
MA   /M: SY='D'; M=-11,29,-25,32,12,-30,-3,-1,-29,-2,-27,-22,23,-12,3,-6,7,-1,-26,-36,-19,7;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='G'; M=-7,12,-27,12,0,-29,20,-9,-32,-2,-28,-20,13,-15,-6,-7,2,-8,-26,-28,-22,-3;
MA   /M: SY='G'; M=7,-8,-21,-9,-13,-23,34,-17,-26,-17,-22,-16,0,-17,-13,-17,12,-4,-18,-27,-24,-13;
MA   /M: SY='V'; M=-6,-18,-18,-19,-15,-4,-24,-9,6,-8,4,8,-16,-22,-12,-9,-8,0,13,-23,-1,-15;
MA   /M: SY='I'; M=-9,-31,-22,-35,-28,14,-32,-27,25,-26,16,10,-27,-27,-26,-23,-20,-8,24,-5,3,-28;
MA   /M: SY='T'; M=-6,16,-18,14,3,-20,-14,-9,-18,-5,-18,-16,13,-12,-4,-8,12,18,-11,-34,-15,-1;
MA   /I: I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
MA   /M: SY='S'; M=4,-1,-8,-4,-4,-9,-6,-8,-5,-1,-10,-6,2,-8,-4,-3,7,6,0,-17,-9,-4; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-27; IM=-27; DM=-27;
MA   /M: SY='N'; M=-5,8,-22,2,3,-23,1,-5,-24,3,-24,-15,16,-14,3,4,9,4,-21,-30,-17,2;
MA   /M: M=-8,-7,-24,-9,-5,-12,-3,-9,-9,-8,-9,-7,-1,-20,-9,-5,-7,-9,-7,-22,-8,-8;
MA   /M: SY='Y'; M=-8,-19,-25,-21,-21,-2,1,-13,-1,-20,2,0,-14,-24,-18,-18,-12,-8,-3,-10,7,-21;
MA   /M: SY='F'; M=-3,-16,-19,-23,-18,10,-23,-17,7,-19,2,0,-11,-19,-16,-17,0,9,5,-16,6,-18;
MA   /M: SY='N'; M=-8,-1,-21,-10,-8,-5,-19,-11,1,-11,-5,-4,8,-18,-8,-8,0,4,-4,-27,-8,-9;
MA   /M: SY='L'; M=-2,-23,-22,-26,-22,-6,-3,-23,8,-24,14,6,-19,-24,-21,-22,-14,-10,8,-22,-11,-22;
MA   /M: SY='G'; M=-2,-11,-30,-11,-20,-24,60,-16,-36,-19,-27,-18,-2,-21,-19,-19,-2,-19,-28,-15,-19,-20;
MA   /M: SY='Y'; M=-10,-1,-20,-6,-12,4,-17,-1,-4,-11,-9,-4,5,-23,-11,-10,-2,-2,-4,-17,10,-12;
MA   /I: I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27;
MA   /M: SY='A'; M=6,-3,-20,-5,-2,-13,-6,-7,-17,1,-15,-9,-3,-13,2,-5,1,-5,-13,-15,-5,0; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
MA   /M: SY='S'; M=5,4,-10,4,7,-13,-7,-6,-12,-2,-11,-10,1,-4,0,-6,8,7,-8,-18,-10,4; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='T'; M=-5,-5,-17,-10,-14,-10,-22,-11,4,-14,-6,-2,-3,-18,-12,-14,3,12,9,-31,-8,-14;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='T'; M=-5,9,-19,2,7,-17,-16,-9,-12,-5,-16,-13,13,-11,-1,-7,11,18,-12,-32,-14,3;
MA   /M: SY='L'; M=-2,-28,-17,-30,-23,3,-28,-23,23,-24,28,17,-27,-27,-21,-20,-19,-6,24,-23,-5,-22;
MA   /M: SY='N'; M=-7,30,-18,13,-2,-18,-3,3,-18,-2,-27,-18,46,-18,-2,-2,14,10,-23,-38,-18,-2;
MA   /M: SY='I'; M=-6,-30,-21,-35,-29,1,-35,-29,39,-26,18,16,-25,-25,-24,-25,-17,-6,37,-24,-4,-29;
MA   /M: SY='S'; M=-2,-2,-19,-3,5,-21,-12,-7,-18,5,-21,-8,2,-11,8,5,14,10,-13,-30,-14,6;
MA   /M: SY='D'; M=-11,29,-25,32,12,-30,-3,-1,-29,-2,-27,-22,23,-12,3,-6,7,-1,-26,-36,-19,7;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='G'; M=-7,12,-27,12,0,-29,20,-9,-32,-2,-28,-20,13,-15,-6,-7,2,-8,-26,-28,-22,-3;
MA   /M: SY='G'; M=7,-8,-21,-9,-13,-23,34,-17,-26,-17,-22,-16,0,-17,-13,-17,12,-4,-18,-27,-24,-13;
MA   /M: SY='V'; M=-6,-18,-18,-19,-15,-4,-24,-9,6,-8,4,8,-16,-22,-12,-9,-8,0,13,-23,-1,-15;
MA   /M: SY='I'; M=-9,-31,-22,-35,-28,14,-32,-27,25,-26,16,10,-27,-27,-26,-23,-20,-8,24,-5,3,-28;
MA   /M: SY='T'; M=-6,16,-18,14,3,-20,-14,-9,-18,-5,-18,-16,13,-12,-4,-8,12,18,-11,-34,-15,-1;
MA   /I: I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
MA   /M: SY='S'; M=4,-1,-8,-4,-4,-9,-6,-8,-5,-1,-10,-6,2,-8,-4,-3,7,6,0,-17,-9,-4; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-27; IM=-27; DM=-27;
MA   /M: SY='N'; M=-5,8,-22,2,3,-23,1,-5,-24,3,-24,-15,16,-14,3,4,9,4,-21,-30,-17,2;
MA   /M: M=-8,-7,-24,-9,-5,-12,-3,-9,-9,-8,-9,-7,-1,-20,-9,-5,-7,-9,-7,-22,-8,-8;
MA   /M: SY='Y'; M=-8,-19,-25,-21,-21,-2,1,-13,-1,-20,2,0,-14,-24,-18,-18,-12,-8,-3,-10,7,-21;
MA   /M: SY='F'; M=-3,-16,-19,-23,-18,10,-23,-17,7,-19,2,0,-11,-19,-16,-17,0,9,5,-16,6,-18;
MA   /M: SY='N'; M=-8,-1,-21,-10,-8,-5,-19,-11,1,-11,-5,-4,8,-18,-8,-8,0,4,-4,-27,-8,-9;
MA   /M: SY='L'; M=-2,-23,-22,-26,-22,-6,-3,-23,8,-24,14,6,-19,-24,-21,-22,-14,-10,8,-22,-11,-22;
MA   /M: SY='G'; M=-2,-11,-30,-11,-20,-24,60,-16,-36,-19,-27,-18,-2,-21,-19,-19,-2,-19,-28,-15,-19,-20;
MA   /M: SY='Y'; M=-10,-1,-20,-6,-12,4,-17,-1,-4,-11,-9,-4,5,-23,-11,-10,-2,-2,-4,-17,10,-12;
MA   /I: I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27;
MA   /M: SY='A'; M=6,-3,-20,-5,-2,-13,-6,-7,-17,1,-15,-9,-3,-13,2,-5,1,-5,-13,-15,-5,0; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
MA   /M: SY='S'; M=5,4,-10,4,7,-13,-7,-6,-12,-2,-11,-10,1,-4,0,-6,8,7,-8,-18,-10,4; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='T'; M=-5,-5,-17,-10,-14,-10,-22,-11,4,-14,-6,-2,-3,-18,-12,-14,3,12,9,-31,-8,-14;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='T'; M=-5,9,-19,2,7,-17,-16,-9,-12,-5,-16,-13,13,-11,-1,-7,11,18,-12,-32,-14,3;
MA   /M: SY='L'; M=-2,-28,-17,-30,-23,3,-28,-23,23,-24,28,17,-27,-27,-21,-20,-19,-6,24,-23,-5,-22;
MA   /M: SY='N'; M=-7,30,-18,13,-2,-18,-3,3,-18,-2,-27,-18,46,-18,-2,-2,14,10,-23,-38,-18,-2;
MA   /M: SY='I'; M=-6,-30,-21,-35,-29,1,-35,-29,39,-26,18,16,-25,-25,-24,-25,-17,-6,37,-24,-4,-29;
MA   /M: SY='S'; M=-2,-2,-19,-3,5,-21,-12,-7,-18,5,-21,-8,2,-11,8,5,14,10,-13,-30,-14,6;
MA   /M: SY='D'; M=-11,29,-25,32,12,-30,-3,-1,-29,-2,-27,-22,23,-12,3,-6,7,-1,-26,-36,-19,7;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='G'; M=-7,12,-27,12,0,-29,20,-9,-32,-2,-28,-20,13,-15,-6,-7,2,-8,-26,-28,-22,-3;
MA   /M: SY='G'; M=7,-8,-21,-9,-13,-23,34,-17,-26,-17,-22,-16,0,-17,-13,-17,12,-4,-18,-27,-24,-13;
MA   /M: SY='V'; M=-6,-18,-18,-19,-15,-4,-24,-9,6,-8,4,8,-16,-22,-12,-9,-8,0,13,-23,-1,-15;
MA   /M: SY='I'; M=-9,-31,-22,-35,-28,14,-32,-27,25,-26,16,10,-27,-27,-26,-23,-20,-8,24,-5,3,-28;
MA   /M: SY='T'; M=-6,16,-18,14,3,-20,-14,-9,-18,-5,-18,-16,13,-12,-4,-8,12,18,-11,-34,-15,-1;
MA   /I: I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
MA   /M: SY='S'; M=4,-1,-8,-4,-4,-9,-6,-8,-5,-1,-10,-6,2,-8,-4,-3,7,6,0,-17,-9,-4; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-27; IM=-27; DM=-27;
MA   /M: SY='N'; M=-5,8,-22,2,3,-23,1,-5,-24,3,-24,-15,16,-14,3,4,9,4,-21,-30,-17,2;
MA   /M: M=-8,-7,-24,-9,-5,-12,-3,-9,-9,-8,-9,-7,-1,-20,-9,-5,-7,-9,-7,-22,-8,-8;
MA   /M: SY='Y'; M=-8,-19,-25,-21,-21,-2,1,-13,-1,-20,2,0,-14,-24,-18,-18,-12,-8,-3,-10,7,-21;
MA   /M: SY='F'; M=-3,-16,-19,-23,-18,10,-23,-17,7,-19,2,0,-11,-19,-16,-17,0,9,5,-16,6,-18;
MA   /M: SY='N'; M=-8,-1,-21,-10,-8,-5,-19,-11,1,-11,-5,-4,8,-18,-8,-8,0,4,-4,-27,-8,-9;
MA   /M: SY='L'; M=-2,-23,-22,-26,-22,-6,-3,-23,8,-24,14,6,-19,-24,-21,-22,-14,-10,8,-22,-11,-22;
MA   /M: SY='G'; M=-2,-11,-30,-11,-20,-24,60,-16,-36,-19,-27,-18,-2,-21,-19,-19,-2,-19,-28,-15,-19,-20;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /GENERATED_BY="pfmake ydek-rep.msf /home/kajava/backup/blosum45.cmp";
CC   /AUTHOR=Kajava Andrey;
//