Structural Bioinformatics and Molecular Modeling
CRBM-CNRS Montpellier

Details of the profile LRR-CC-NEW

Profile
Accession Number AK00224
Filename new-cc-lrr.prf
Author Andrey Kajava
Theme Leucine Rich Repeat
Category Repeats
Validated Yes
Description
Full profile
ID   LRR-CC-NEW; MATRIX.
AC   AK00224;
DT   Thu Jul 13 15:44:20 2006
DE   Profile spans 3 repeat.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=72;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=67;
CC   Automatic scaling using big reversed database;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.9745; R2=0.01386986; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=455; N_SCORE=10.3; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=182; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-9; D=-60; I=-60; B0=*; B1=*; E0=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B0=0; B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='S'; M=7,-4,-20,-4,2,-24,6,-12,-25,-3,-26,-17,1,-5,-2,-5,15,1,-17,-30,-21,-1;
MA   /M: SY='G'; M=-1,1,-27,4,-4,-29,20,-13,-32,0,-27,-18,2,-11,-7,-2,0,-12,-23,-25,-22,-6;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-3,53,-14,-19,-15,-21,-10,-23,-18,-19,-16,2,-30,-17,-18,-3,-1,-14,-38,-14,-19;
MA   /I: I=-18; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='G'; M=-4,-2,-28,-2,5,-28,10,-7,-30,8,-25,-14,3,-14,6,9,0,-11,-24,-23,-19,5;
MA   /M: SY='I'; M=3,-26,-18,-32,-25,9,-27,-25,22,-23,13,8,-22,-23,-23,-23,-13,-6,22,-18,-2,-25;
MA   /M: SY='T'; M=2,-5,-18,-8,-7,-18,-1,-11,-18,-9,-17,-12,-1,-7,-7,-10,13,15,-11,-29,-15,-8;
MA   /I: I=-18; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
MA   /M: SY='D'; M=1,17,-21,19,11,-26,-4,-4,-25,-1,-23,-19,14,-11,1,-4,8,-3,-20,-31,-19,6; D=-18;
MA   /I: I=-18; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
MA   /M: SY='D'; M=2,4,-22,5,3,-17,-10,-4,-21,-5,-13,-13,-1,-14,-4,-4,-1,-3,-14,-25,-12,-1;
MA   /M: SY='G'; M=13,-9,-15,-12,-11,-25,19,-11,-26,-10,-23,-15,-4,-9,-11,-14,4,-9,-17,-24,-21,-11;
MA   /M: SY='L'; M=5,-23,-17,-25,-18,-1,-16,-21,9,-23,25,8,-22,-24,-18,-19,-15,-4,8,-21,-8,-18;
MA   /M: M=0,-12,-23,-14,-5,-13,-10,-14,-9,0,-9,-3,-10,-17,-1,-5,-7,-9,-5,-19,-10,-3;
MA   /M: SY='Q'; M=3,-4,-22,-6,7,-21,-16,7,-15,-1,-12,-3,-4,-12,9,0,0,-2,-12,-25,-9,7;
MA   /M: SY='L'; M=-11,-29,-21,-31,-21,15,-31,-18,19,-29,43,17,-28,-29,-21,-20,-28,-10,9,-15,7,-21;
MA   /M: SY='A'; M=11,-12,-14,-17,-11,-7,-14,-17,-6,-9,-5,-6,-9,-16,-11,-8,6,9,1,-24,-11,-11;
MA   /I: I=-17; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
MA   /M: SY='G'; M=8,-14,-23,-17,-12,-13,12,-19,-12,-17,-7,-8,-9,-13,-14,-19,-2,-9,-10,-21,-17,-13;
MA   /M: SY='C'; M=-6,-16,13,-20,-19,-11,-10,-20,-10,-19,1,-4,-13,-27,-19,-17,-9,-5,-4,-30,-16,-19;
MA   /M: SY='A'; M=3,-12,-13,-14,-6,-20,-16,-15,-16,0,-15,-10,-10,1,-4,2,-2,-2,-11,-26,-17,-6;
MA   /M: SY='N'; M=-5,11,-24,10,4,-26,-10,-3,-25,8,-26,-16,14,-7,6,10,5,-3,-21,-30,-17,4;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-30,-19,-30,-21,9,-30,-21,21,-29,47,19,-30,-30,-21,-20,-28,-9,13,-21,-1,-21;
MA   /M: SY='Q'; M=-3,2,-24,2,12,-28,-17,3,-19,6,-19,-8,0,-11,20,1,3,0,-17,-26,-11,16;
MA   /M: SY='S'; M=-4,-1,-20,0,6,-20,-14,-4,-17,0,-17,-11,2,-12,6,3,11,7,-13,-30,-13,5;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-30,-19,-30,-21,9,-30,-21,21,-29,47,19,-30,-30,-21,-20,-28,-9,13,-21,-1,-21;
MA   /M: SY='N'; M=-9,15,-22,9,-2,-19,-10,8,-20,-4,-24,-15,22,-17,-2,-4,6,2,-19,-24,-10,-2;
MA   /M: SY='L'; M=-11,-29,-20,-32,-23,18,-30,-20,19,-28,38,20,-27,-29,-22,-20,-26,-9,12,-16,4,-22;
MA   /M: SY='A'; M=10,-6,-12,-8,-1,-23,-3,-11,-22,1,-21,-14,-1,-13,2,3,10,0,-14,-27,-18,0;
MA   /M: SY='H'; M=-15,-8,-30,-7,-10,-11,1,23,-27,-9,-17,-9,-2,-22,-6,1,-11,-17,-24,-9,4,-10;
MA   /M: SY='C'; M=-4,-3,57,-14,-18,-19,-18,-18,-23,-18,-21,-18,2,-28,-18,-19,3,2,-13,-43,-24,-18;
MA   /I: I=-17; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
MA   /M: SY='N'; M=-2,-1,-28,-4,-3,-20,-4,-11,-21,0,-21,-12,1,-5,-5,-7,-6,-11,-21,-3,-12,-3;
MA   /M: SY='I'; M=-7,-29,-21,-33,-26,5,-33,-27,31,-23,19,14,-24,-25,-23,-21,-18,-7,29,-22,-2,-26;
MA   /M: SY='S'; M=-3,-2,-20,-3,-4,-17,2,-13,-19,-9,-19,-14,1,-14,-7,-7,11,11,-13,-26,-12,-6;
MA   /M: SY='D'; M=-11,20,-26,28,7,-23,-1,-1,-31,-7,-24,-21,9,-13,-4,-11,4,-5,-23,-30,-12,1;
MA   /M: SY='A'; M=4,1,-19,-3,-1,-18,-10,-12,-14,-3,-11,-10,2,-15,-5,-4,2,3,-8,-27,-15,-3;
MA   /M: SY='G'; M=8,-8,-23,-11,-16,-25,39,-13,-30,-16,-23,-16,-1,-17,-15,-17,4,-7,-20,-22,-22,-16;
MA   /M: SY='V'; M=9,-23,-8,-27,-21,-2,-22,-21,11,-20,15,5,-23,-25,-20,-20,-11,-4,17,-21,-5,-21;
MA   /M: SY='K'; M=-5,-6,-27,-4,9,-26,-9,-9,-21,11,-19,-9,-5,-9,9,10,-4,-9,-15,-23,-16,8;
MA   /M: SY='A'; M=12,-7,-19,-10,-3,-18,-8,9,-15,-9,-11,-7,-4,-15,-4,-11,2,-3,-8,-26,-9,-5;
MA   /M: SY='L'; M=-6,-29,-19,-31,-21,12,-29,-21,19,-28,39,16,-28,-28,-22,-20,-25,-9,13,-19,0,-21;
MA   /M: SY='A'; M=18,-11,-17,-16,-8,-11,-4,-18,-11,-6,-9,-8,-10,-15,-11,-12,1,-2,-4,-20,-13,-9;
MA   /I: I=-17; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
MA   /M: SY='G'; M=4,-9,-21,-13,-12,-14,11,-14,-20,-7,-17,-12,-2,-18,-11,-1,3,-6,-12,-23,-16,-12;
MA   /M: SY='C'; M=-6,-9,19,-15,-16,-11,-13,-16,-11,-21,-2,-7,-3,-27,-16,-18,-4,-4,-8,-35,-17,-16;
MA   /M: SY='T'; M=-4,-1,-21,-2,2,-21,-15,-10,-19,1,-20,-14,1,-1,1,6,8,9,-13,-30,-16,0;
MA   /M: SY='R'; M=-1,0,-21,-4,-1,-23,-5,0,-21,4,-22,-11,7,-15,5,8,6,0,-16,-27,-14,1;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-29,-21,-31,-21,8,-31,-20,24,-29,44,23,-28,-28,-19,-21,-28,-10,13,-20,0,-21;
MA   /M: SY='K'; M=-4,-3,-21,-5,5,-21,-19,-10,-17,10,-17,-9,-2,-12,7,10,4,10,-10,-26,-12,5;
MA   /M: SY='S'; M=-4,-7,-21,-8,1,-10,-18,-7,-14,2,-15,-9,-5,-15,1,2,4,4,-8,-20,-1,0;
MA   /M: SY='L'; M=-8,-30,-18,-30,-22,8,-30,-22,22,-28,44,18,-30,-30,-22,-20,-27,-8,16,-22,-2,-22;
MA   /M: SY='D'; M=-13,32,-26,33,6,-26,-8,-1,-28,0,-28,-23,27,-15,-1,-5,4,-3,-27,-25,-15,3;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-29,-19,-31,-21,13,-29,-21,19,-28,40,16,-28,-28,-22,-20,-25,-9,12,-18,1,-21;
MA   /M: SY='S'; M=6,-6,-17,-10,-5,-10,1,-13,-19,-10,-18,-13,-1,-14,-5,-8,13,7,-12,-24,-13,-5;
MA   /M: SY='G'; M=-6,-4,-15,-6,-12,-14,6,0,-24,-12,-18,-10,-2,-21,-11,-11,-6,-13,-19,-13,-5,-12;
MA   /M: SY='C'; M=-7,-3,47,-13,-18,-16,-14,-15,-24,-18,-21,-18,3,-28,-17,-18,1,1,-14,-38,-18,-18;
MA   /I: I=-17; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
MA   /M: SY='N'; M=-8,1,-25,-3,-4,-17,-9,-1,-15,-9,-16,-11,9,5,-3,-10,0,-2,-20,-28,-12,-5;
MA   /M: SY='I'; M=-8,-23,-23,-29,-21,-1,-32,-24,25,-19,19,13,-19,-21,-16,-18,-17,-2,17,-22,-3,-21;
MA   /M: SY='T'; M=2,2,-17,-3,-5,-19,-4,-13,-16,-8,-18,-13,5,-13,-3,-7,15,17,-10,-30,-16,-5;
MA   /M: SY='D'; M=-14,25,-27,32,14,-29,-13,9,-26,0,-24,-19,17,-12,3,-5,1,-7,-23,-35,-13,8;
MA   /M: SY='A'; M=8,-9,-18,-11,-4,-9,-11,-15,-10,-10,-3,-7,-9,-16,-9,-9,0,0,-4,-23,-12,-7;
MA   /M: SY='G'; M=0,-4,-17,-4,-12,-25,24,-16,-27,-12,-23,-16,0,-18,-12,-11,4,-6,-18,-26,-22,-13;
MA   /M: SY='L'; M=8,-25,-18,-28,-19,0,-21,-22,10,-23,24,8,-25,-24,-18,-20,-17,-7,9,-10,-5,-18;
MA   /M: SY='S'; M=-1,-12,-19,-13,-8,-8,-17,-8,-6,-3,-6,-1,-9,-19,-3,-2,1,0,-2,-19,1,-7;
MA   /M: SY='E'; M=-2,-1,-24,0,9,-17,-17,6,-18,1,-10,-8,-3,-13,1,-4,-3,-5,-15,-23,-4,4;
MA   /M: SY='L'; M=-5,-27,-20,-29,-21,4,-22,-21,17,-27,36,15,-26,-28,-20,-21,-23,-9,11,-21,-4,-21;
MA   /M: SY='A'; M=14,-8,-18,-12,-5,-19,-9,-8,-13,-1,-12,-7,-6,-14,-2,-6,4,-1,-6,-24,-13,-4;
MA   /I: I=-18; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='R'; M=-2,1,-15,2,1,-26,-2,-11,-29,4,-24,-17,0,-11,-3,6,2,-7,-19,-28,-19,-2;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-20,12,-23,-19,-4,-21,-13,-2,-26,17,3,-17,-30,-18,-20,-17,-9,-2,-30,-9,-19;
MA   /M: SY='P'; M=0,-13,-28,-11,-3,-24,-16,-16,-15,-6,-22,-14,-10,34,-4,-8,2,0,-17,-28,-21,-6;
MA   /M: SY='N'; M=-1,9,-22,5,3,-26,-5,5,-24,7,-26,-13,15,-14,8,2,7,-3,-22,-29,-14,5;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20,10,-30,-20,20,-30,50,20,-30,-30,-20,-20,-30,-10,10,-20,0,-20;
MA   /M: SY='R'; M=-5,-3,-23,-3,10,-23,-19,-7,-19,11,-18,-10,-2,-11,10,14,3,5,-13,-25,-13,9;
MA   /M: SY='S'; M=-2,-7,-9,-8,-5,-14,-15,-6,-13,-6,-15,-10,-2,-17,-5,-3,12,9,-5,-31,-9,-6;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-31,-21,9,-31,-21,22,-30,48,20,-29,-29,-20,-21,-29,-10,12,-20,0,-21;
MA   /M: SY='B'; M=-5,16,-23,16,8,-26,-5,-6,-25,4,-24,-18,14,-13,-1,-1,4,-3,-19,-31,-18,4;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-29,-20,-31,-22,7,-30,-19,23,-27,41,25,-28,-28,-18,-20,-26,-9,15,-21,-1,-20;
MA   /I: E0=0; E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /GENERATED_BY="pfmake -1 -E 0.6 newcc-lrr.msf blosum45.cmp";
CC   /AUTHOR=Kajava Andrey;
//