Structural Bioinformatics and Molecular Modeling
CRBM-CNRS Montpellier

Details of the profile Alpha-helical coiled coil

Profile
Accession Number AK00367
Filename coiled-charge
Author Andrey Kajava
Theme alpha-coiled coils
Category Repeats
Validated Yes
Description
See also Kulangara C, Kajava AV, Corradin G, Felger I (2009) Sequence Conservation in Plasmodium falciparum a-Helical Coiled Coil Domains Proposed for Vaccine Development. PLoS ONE 4(5): e5419. doi:10.1371/journal.pone.0005419 Long synthetic peptides for the production of vaccines and drugs: a technological platform coming of age.Corradin G, Kajava AV, Verdini A.Sci Transl Med. 2010 Sep 22;2(50):50rv3.
Full profile
ID   Alpha-helical coiled coil; MATRIX.(coil.prf was modified manually D=10 E=15, K=15, R=15)
AC   AK00367;
DE  25 residue long fragment
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=25;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=3; N2=23;
CC   Automatic scaling using small shuffled database;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.0554; R2=0.01738608; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=485; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=370; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: D=-20; I=-20; B0=*; B1=*; E1=*; E0=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='L'; M=0,-28,-20,-33,-25,10,-30,-19,25,-24,35,30,-25,-127,-22,-20,-21,-8,25,-16,4,-23;
MA   /M: SY='N'; M=-8,8,-21,10,15,-23,-13,-3,-17,15,-21,-12,10,-20,7,15,6,5,-13,-32,-15,3;
MA   /M: SY='E'; M=-5,5,-21,10,15,-23,-14,-4,-16,15,-21,-11,8,-20,10,15,6,5,-13,-31,-16,11;
MA   /M: SY='L'; M=0,-24,-17,-27,-21,10,-24,-17,25,-21,35,30,-20,-125,-19,-17,-12,-4,25,-19,1,-19;
MA   /M: SY='N'; M=-8,13,-21,10,15,-24,-11,-2,-23,15,-24,-15,16,-20,9,15,10,6,-20,-32,-15,6;
MA   /M: SY='E'; M=-6,9,-24,10,15,-28,-13,-1,-25,15,-27,-14,13,-20,16,15,6,-3,-23,-29,-16,16;
MA   /M: SY='N'; M=-11,10,-24,10,15,-19,-13,4,-22,15,-22,-14,13,-20,9,15,5,-3,-21,-23,-2,5;
MA   /M: SY='L'; M=0,-28,-20,-33,-25,10,-30,-19,25,-24,35,30,-25,-127,-22,-20,-21,-8,25,-16,4,-23;
MA   /M: SY='N'; M=-8,8,-21,10,15,-23,-13,-3,-17,15,-21,-12,10,-20,7,15,6,5,-13,-32,-15,3;
MA   /M: SY='E'; M=-5,5,-21,10,15,-23,-14,-4,-16,15,-21,-11,8,-20,10,15,6,5,-13,-31,-16,11;
MA   /M: SY='L'; M=0,-24,-17,-27,-21,10,-24,-17,25,-21,35,30,-20,-125,-19,-17,-12,-4,25,-19,1,-19;
MA   /M: SY='N'; M=-8,13,-21,10,15,-24,-11,-2,-23,15,-24,-15,16,-20,9,15,10,6,-20,-32,-15,6;
MA   /M: SY='E'; M=-6,9,-24,10,15,-28,-13,-1,-25,15,-27,-14,13,-20,16,15,6,-3,-23,-29,-16,16;
MA   /M: SY='N'; M=-11,10,-24,10,15,-19,-13,4,-22,15,-22,-14,13,-20,9,15,5,-3,-21,-23,-2,5;
MA   /M: SY='L'; M=0,-28,-20,-33,-25,10,-30,-19,25,-24,35,30,-25,-127,-22,-20,-21,-8,25,-16,4,-23;
MA   /M: SY='N'; M=-8,8,-21,10,15,-23,-13,-3,-17,15,-21,-12,10,-20,7,15,6,5,-13,-32,-15,3;
MA   /M: SY='E'; M=-5,5,-21,10,15,-23,-14,-4,-16,15,-21,-11,8,-20,10,15,6,5,-13,-31,-16,11;
MA   /M: SY='L'; M=0,-24,-17,-27,-21,10,-24,-17,25,-21,35,30,-20,-125,-19,-17,-12,-4,25,-19,1,-19;
MA   /M: SY='N'; M=-8,13,-21,10,15,-24,-11,-2,-23,15,-24,-15,16,-20,9,15,10,6,-20,-32,-15,6;
MA   /M: SY='E'; M=-6,9,-24,10,15,-28,-13,-1,-25,15,-27,-14,13,-20,16,15,6,-3,-23,-29,-16,16;
MA   /M: SY='N'; M=-11,10,-24,10,15,-19,-13,4,-22,15,-22,-14,13,-20,9,15,5,-3,-21,-23,-2,5;
MA   /M: SY='L'; M=0,-28,-20,-33,-25,10,-30,-19,25,-24,35,30,-25,-127,-22,-20,-21,-8,25,-16,4,-23;
MA   /M: SY='N'; M=-8,8,-21,10,15,-23,-13,-3,-17,15,-21,-12,10,-20,7,15,6,5,-13,-32,-15,3;
MA   /M: SY='E'; M=-5,5,-21,10,15,-23,-14,-4,-16,15,-21,-11,8,-20,10,15,6,5,-13,-31,-16,11;
MA   /M: SY='L'; M=0,-24,-17,-27,-21,10,-24,-17,25,-21,35,30,-20,-125,-19,-17,-12,-4,25,-19,1,-19;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC/  Generated from file: 'coil.msf'.
CC/AUTHOR=Kajava;
//