Structural Bioinformatics and Molecular Modeling
CRBM-CNRS Montpellier

Details of the profile TS-beta-solenoid

Profile
Accession Number AK00370
Filename st-fibre-rep2009.prf
Author Andrey Kajava
Theme beta solenoid
Category Repeats
Validated Yes
Description
Triple-stranded beta-solenoids found in T4 short tail-fiber gp12 and several other viral proteins. To have TS-beta-solenoid structure, protein needs to have a trimerization domain. TS-beta-solenoid itself is not a trimerization domain. --------------- van Raaij et al., (2001) J.Mol.Biol. 314:1137; Kajava and Steven (2006) Adv. Protein. Chemistry 73: 55.
Full profile
ID   TS-beta-solenoid; MATRIX.
AC   AK00370;
DT   Sat Jan 31 17:43:12 2009
DE   Spans 3.5 repeats.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=21;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=3; N2=19;
CC   Automatic scaling using big shuffled database;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-0.1298; R2=0.02157718; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=399; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=307; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-9; D=-50; I=-50; B0=*; B1=*; E0=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B0=0; B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='L'; M=0,-26,-18,-29,-21,11,-26,-19,15,-23,24,10,-24,-26,-21,-20,-18,-7,13,-14,5,-21;
MA   /M: SY='T'; M=-6,7,-18,-2,-3,-17,-14,-8,-19,5,-20,-13,14,-14,-1,10,12,20,-13,-30,-13,-3;
MA   /M: SY='I'; M=-2,-27,-22,-34,-26,-1,-31,-24,34,-23,18,21,-21,-21,-18,-24,-16,-7,26,-22,-4,-24;
MA   /M: SY='T'; M=8,3,-14,-5,-5,-17,-4,-14,-16,-9,-17,-14,7,-12,-7,-11,16,23,-9,-30,-16,-6;
MA   /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='G'; M=2,-1,-27,-1,-14,-29,51,-16,-36,-16,-28,-20,5,-18,-16,-18,2,-16,-27,-23,-27,-15;
MA   /M: SY='T'; M=0,0,-17,-6,-11,-18,13,-16,-22,-12,-20,-15,6,-14,-11,-12,15,20,-13,-29,-18,-11;
MA   /M: SY='L'; M=1,-25,-17,-28,-23,11,-16,-22,8,-23,16,5,-22,-26,-24,-20,-14,-7,13,-17,-3,-23;
MA   /M: SY='N'; M=-8,14,-19,3,-1,-19,-12,-2,-18,3,-20,-13,23,-16,4,10,9,14,-18,-31,-14,1;
MA   /M: SY='I'; M=-8,-26,-24,-33,-24,-4,-33,-22,35,-21,14,22,-21,-22,-12,-21,-16,-8,27,-22,-3,-21;
MA   /M: SY='T'; M=13,0,-11,-9,-5,-15,-12,-17,-12,-9,-13,-12,1,-10,-7,-12,18,29,-4,-29,-14,-6;
MA   /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='G'; M=-3,-1,-29,0,-15,-30,57,-16,-38,-17,-30,-21,6,-19,-17,-18,1,-18,-30,-23,-28,-16;
MA   /M: SY='T'; M=2,5,-15,-5,-10,-16,-1,-14,-16,-10,-17,-13,10,-13,-10,-10,14,26,-10,-30,-16,-10;
MA   /M: SY='L'; M=5,-25,-15,-29,-22,13,-23,-22,11,-23,18,7,-23,-25,-23,-20,-13,-5,15,-17,-2,-22;
MA   /M: SY='T'; M=-6,10,-18,-1,-6,-16,-6,-7,-19,-1,-20,-14,18,-16,-4,6,10,19,-15,-30,-15,-6;
MA   /M: SY='I'; M=-8,-25,-24,-31,-22,-3,-31,-19,30,-20,17,25,-21,-22,-9,-19,-17,-8,21,-22,-3,-18;
MA   /M: SY='T'; M=10,4,-15,-1,-1,-19,-13,-14,-15,-6,-14,-12,2,-10,-2,-10,13,21,-8,-28,-15,-2;
MA   /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='G'; M=-1,1,-26,1,-12,-29,46,-14,-35,-15,-30,-21,8,-17,-13,-16,7,-11,-27,-27,-27,-13;
MA   /M: SY='T'; M=-1,-1,-16,-9,-12,-14,-5,-18,-11,-12,-14,-10,4,-13,-11,-12,14,28,-5,-29,-14,-12;
MA   /M: SY='L'; M=1,-24,-15,-29,-22,15,-24,-22,11,-23,19,7,-23,-25,-24,-19,-13,-1,15,-17,-1,-22;
MA   /M: SY='R'; M=-7,2,-18,-4,-3,-17,-14,-7,-20,6,-20,-13,10,-15,0,20,12,16,-13,-30,-13,-3;
MA   /M: SY='I'; M=-7,-29,-20,-33,-27,2,-32,-24,33,-24,22,22,-25,-25,-21,-22,-18,-7,30,-23,-3,-25;
MA   /I: E0=0; E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /GENERATED_BY="pfmake -1 -E 0.5 st-fibre-rep09.msf blosum45.cmp";
CC   /AUTHOR=Kajava Andrey;
//