Structural Bioinformatics and Molecular Modeling
CRBM-CNRS Montpellier

Details of the profile PC-Repeats

Profile
Accession Number AK00383
Filename apc-proteasome
Author Andrey Kajava
Theme Alpha-solenoids
Category Repeats
Validated Yes
Description
A repetitive sequence in subunits of the 26S proteasome and 20S cyclosome (anaphase-promoting complex). Lupas A, Baumeister W, Hofmann K. Trends Biochem Sci. 1997 Jun;22(6):195-6. manually corrected for LGLGL region Kajava JBC 2002;
Full profile
ID   PC-Repeats; MATRIX.
AC   AK00383;
DT   Tue Dec  4 13:27:45 2001
DE   one repeat 
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=36;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=4; N2=33;
CC   Automatic scaling using big shuffled database;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8108; R2=0.02059549; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=324; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=227; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='D'; M=-12,8,-25,11,4,-13,-19,-1,-12,-10,-10,-10,4,-15,-5,-12,-2,-3,-12,-29,-8,-1;
MA   /M: SY='P'; M=-3,-7,-25,-7,-8,-20,-6,-16,-11,-12,-12,-9,-5,5,-8,-15,-3,-2,-11,-27,-18,-10;
MA   /M: SY='D'; M=-15,2,-28,7,3,-10,-19,-7,-18,-2,-13,-13,-2,-11,-5,-3,-10,-10,-16,-11,-3,-1;
MA   /M: SY='V'; M=-6,-14,-11,-18,-13,-7,-26,-17,8,-11,-3,0,-11,-21,-14,-14,-5,0,12,-25,-4,-15;
MA   /M: SY='K'; M=2,-5,-23,-7,1,-23,-2,-11,-21,5,-17,-10,-3,-13,2,3,3,-2,-15,-24,-16,1;
MA   /M: SY='A'; M=5,-11,-20,-14,-7,-12,-2,-15,-16,-3,-11,-9,-7,-16,-9,0,0,-2,-8,-21,-13,-8;
MA   /M: SY='G'; M=10,-8,-21,-12,-13,-14,12,-3,-18,-14,-13,-10,-2,-19,-11,-15,1,-8,-14,-16,-4,-13;
MA   /M: SY='A'; M=31,-14,-15,-22,-14,-7,-1,-17,-9,-14,-5,-7,-12,-15,-14,-19,2,-4,-2,-14,-8,-14;
MA   /M: SY='V'; M=6,-21,-18,-27,-21,-6,-17,-23,15,-20,10,9,-18,-21,-18,-20,-8,-1,17,-23,-9,-21;
MA   /M: SY='I'; M=-4,-27,-21,-32,-24,12,-29,-21,38,-24,37,33,-24,-24,-18,-21,-20,-8,31,-21,3,-22;
MA   /M: SY='G'; M=34,-8,-17,-12,-12,-24,35,-18,-23,-14,-21,-16,-2,-14,-12,-18,23,-3,-13,-24,-24,-12;
MA   /M: SY='L'; M=-11,-29,-23,-32,-23,24,-32,-18,34,-27,45,30,-26,-27,-19,-21,-26,-10,22,-14,8,-22;
MA   /M: SY='G'; M=22,-10,-25,-12,-18,-28,53,-20,-33,-18,-25,-18,-2,-18,-18,-20,12,-15,-23,-20,-28,-18;
MA   /M: SY='L'; M=-12,-29,-22,-32,-23,31,-31,-18,29,-28,46,25,-27,-29,-22,-20,-27,-10,19,-11,11,-23;
MA   /M: SY='I'; M=6,-24,-19,-30,-22,-4,-25,-25,24,-22,13,9,-20,-21,-19,-23,-9,-4,22,-23,-8,-22;
MA   /M: SY='F'; M=-4,-12,-12,-19,-17,5,-6,3,-13,-18,-6,-2,-6,-23,-15,-15,-9,-11,-11,-15,4,-16;
MA   /M: SY='A'; M=8,-14,-5,-19,-15,-7,-18,-9,-4,-17,3,-2,-13,-20,-13,-16,-2,4,1,-23,-4,-15;
MA   /M: SY='G'; M=-4,-2,-18,-6,-14,-27,29,-14,-35,-9,-29,-19,8,-21,-13,-7,-1,-15,-27,-25,-25,-14;
MA   /I: I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25;
MA   /M: SY='S'; M=-2,-3,-13,-4,0,-11,-10,6,-7,-7,-11,-6,1,-10,-1,-7,9,5,-4,-23,-6,-2; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
MA   /M: SY='Q'; M=-5,-2,-17,-4,1,-15,-1,-5,-8,-2,-7,-3,1,-10,5,-3,-3,-7,-11,-15,-9,3; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=-25; IM=-25; DM=-25;
MA   /M: SY='N'; M=-12,21,-27,18,12,-27,-5,10,-28,5,-26,-17,24,-14,8,5,1,-8,-29,-32,-15,9;
MA   /M: SY='R'; M=-8,1,-5,-2,1,-20,-18,-4,-20,4,-19,-11,3,-19,5,6,-4,-7,-16,-26,-10,1;
MA   /M: SY='E'; M=-6,7,-23,12,29,-25,-15,-5,-26,3,-21,-18,4,-6,9,1,11,6,-20,-32,-18,18;
MA   /M: SY='A'; M=6,-17,-19,-21,-13,-11,-17,-17,3,-11,-1,6,-15,-3,-10,-11,-3,0,4,-25,-13,-13;
MA   /M: SY='A'; M=16,-15,-13,-22,-16,-5,-14,-19,3,-15,-1,1,-13,-17,-14,-18,4,4,10,-23,-10,-15;
MA   /M: SY='E'; M=-5,-4,-24,-3,2,-14,-13,-8,-12,-5,-5,-4,-5,-9,-4,-9,-6,-7,-13,-23,-8,-1;
MA   /M: SY='R'; M=-7,-8,-23,-8,-3,-12,-20,-10,-9,1,-6,-5,-7,-18,-4,8,-5,-2,-5,-22,-5,-6;
MA   /M: SY='L'; M=-6,-25,-21,-28,-20,3,-28,-11,19,-25,31,19,-23,-26,-16,-19,-22,-9,12,-21,-1,-19;
MA   /M: SY='L'; M=-6,-27,-21,-29,-20,8,-29,-22,18,-22,30,13,-24,-26,-20,-18,-22,-9,12,-18,-1,-20;
MA   /M: SY='Q'; M=-8,2,-26,5,13,-29,-9,6,-25,1,-23,-12,3,-5,18,2,6,-3,-24,-28,-14,15;
MA   /M: M=-11,-10,-28,-8,0,-13,-24,-4,-6,-6,-7,-4,-11,-10,-1,-9,-11,-7,-9,-10,0,-2;
MA   /M: SY='L'; M=-2,-21,-21,-25,-19,2,-25,-7,13,-20,17,12,-19,-23,-14,-17,-15,-5,8,-15,8,-18;
MA   /M: SY='V'; M=-2,-16,-19,-17,-9,-9,-22,-17,6,-8,5,6,-15,-19,-10,-10,-7,-3,9,-26,-9,-9;
MA   /M: SY='B'; M=0,8,-21,8,5,-23,-11,6,-23,-2,-22,-15,8,-5,0,-6,8,3,-18,-31,-13,1;
MA   /M: SY='S'; M=5,0,-19,-4,-4,-12,-12,-10,-17,-2,-18,-13,0,-7,-6,-8,6,5,-12,-22,-7,-6;
MA   /M: SY='E'; M=-11,8,-29,15,17,-25,-11,4,-23,-3,-20,-15,2,-4,6,-8,-1,-9,-23,-27,-10,10;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /GENERATED_BY="pfmake apc-new.msf /home/kajava/prtool/blosum45.cmp";
CC /and manually corrected for LGLGL region	Kajava JBC 2002;
CC /AUTHOR=Kajava;
//

//