Structural Bioinformatics and Molecular Modeling
CRBM-CNRS Montpellier

Details of the profile U1

Profile
Accession Number ZZ99U1b
Filename profile1WeightedGapPenalty04db3NormIDForBismm.prf
Author RichardAndKajava
Theme beta solenoid
Category Repeats
Validated Yes
Description
Profile build during the FHA study, cotter collaboration (june 2014). Based on 3N6Z (chain A) PDB code, using gap extension penalty of 0.4 and default values for the rest.
Full profile
ID   U1; MATRIX.
AC   ZZ99U1b;
DT   Thu Sep  4 10:25:59 2014
DE   Generated from MSF file: 'profile1Weighted.msf'.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=58;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=53;
CC   Automatic scaling using big reversed database;
CC   /AUTHOR=RichardAndKajava;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.6550; R2=0.01116978; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=612; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=433; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-9; D=-40; I=-40; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-27,14,-37,-30,-6,-37,-30,27,-30,8,8,-20,-26,-23,-30,-17,-10,18,-29,-9,-30;
MA   /M: SY='R'; M=-10,-8,-25,-6,8,-20,-22,-10,-15,18,-15,-7,-7,-16,2,23,-8,-8,-5,-25,-12,4;
MA   /M: SY='N'; M=-10,40,-20,20,0,-20,0,10,-20,0,-30,-20,60,-20,0,0,10,0,-30,-40,-20,0;
MA   /M: SY='C'; M=-7,-23,82,-30,-30,-14,-30,-30,-12,-27,-11,-11,-23,-37,-30,-27,-10,-7,8,-44,-24,-30;
MA   /M: SY='Y'; M=-14,-17,-30,-17,-20,12,-1,8,-12,-13,-9,-6,-14,-27,-13,-13,-14,-13,-16,15,48,-20;
MA   /M: SY='T'; M=8,-11,-13,-19,-13,12,-14,-18,-9,-16,-9,-9,-6,-16,-16,-15,11,14,-2,-18,-3,-13;
MA   /M: SY='T'; M=-7,-4,-17,-11,-16,-1,-20,-7,2,-11,-7,-4,1,-23,-13,-11,0,10,5,-19,8,-16;
MA   /M: SY='G'; M=9,5,-22,-4,-12,-25,33,-11,-27,-12,-25,-18,15,-18,-12,-14,5,-9,-23,-26,-25,-12;
MA   /M: SY='A'; M=23,-3,-15,-8,7,-20,-10,-15,-15,-5,-12,-12,-5,-8,-3,-13,10,10,-7,-25,-18,2;
MA   /I: I=-12; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='V'; M=0,-30,-10,-30,-30,0,-30,-30,30,-20,10,10,-30,-30,-30,-20,-10,0,50,-30,-10,-30;
MA   /M: SY='S'; M=5,-7,-15,-10,-7,-15,-10,-15,-3,-15,-18,-10,3,-12,-5,-15,25,13,0,-35,-15,-7;
MA   /M: SY='A'; M=26,-7,-15,-12,-10,-22,17,-17,-20,-12,-21,-15,-2,-12,-10,-17,16,1,-10,-26,-22,-10;
MA   /M: SY='S'; M=12,-5,-15,-10,-5,-18,-9,-13,-17,0,-17,-12,0,-12,-3,6,15,14,-7,-27,-15,-5;
MA   /M: SY='R'; M=4,-8,-25,-10,-5,-25,7,-12,-28,13,-22,-12,-2,-15,-2,17,-3,-10,-18,-20,-17,-5;
MA   /M: SY='A'; M=21,-7,-20,-12,-3,-28,10,-11,-20,-6,-17,-9,-5,-12,8,-11,5,-7,-15,-20,-19,2;
MA   /I: I=-10; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
MA   /M: SY='G'; M=-2,-5,-23,-5,-8,-23,31,-13,-28,2,-23,-13,0,-13,-8,-3,-2,-13,-20,-15,-18,-8; D=-10;
MA   /I: I=-10; MI=-25; IM=-25; DM=-25;
MA   /M: SY='A'; M=21,-20,-16,-28,-20,-10,-18,-25,16,-18,3,3,-17,-17,-17,-23,-3,-3,20,-22,-12,-20;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='G'; M=-3,-16,-30,-19,-23,-21,38,-23,-14,-23,-15,-8,-6,-20,-20,-23,-6,-17,-12,-20,-21,-23;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-30,-30,-40,-30,0,-40,-30,50,-30,20,20,-20,-20,-20,-30,-20,-10,30,-20,0,-30;
MA   /M: SY='A'; M=22,-12,-12,-19,-12,-10,-13,-20,-3,-14,3,-3,-12,-14,-12,-17,4,12,2,-23,-13,-12;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='Y'; M=-13,-16,-25,-16,-9,-5,-25,1,-4,2,-7,0,-13,-23,6,11,-11,-8,-2,-8,16,-4;
MA   /M: SY='L'; M=4,-25,-20,-30,-20,1,-25,-22,20,-25,29,13,-23,-23,-18,-22,-18,-8,12,-20,-5,-20;
MA   /M: SY='G'; M=8,-1,-20,1,-11,-23,11,-18,-16,-13,-16,-13,-5,-18,-15,-18,0,-8,-3,-27,-21,-13;
MA   /M: SY='N'; M=-8,-1,-25,-6,-8,-16,4,-10,-15,-2,-7,-6,6,-21,-8,-4,-9,-10,-16,-25,-14,-8;
MA   /M: SY='S'; M=2,-7,-16,-7,-4,-18,-13,-15,-11,5,-20,-10,-3,-15,-4,-1,13,6,1,-32,-15,-4;
MA   /M: SY='D'; M=-13,3,3,6,-11,-16,0,-7,-28,-14,-20,-18,-4,-24,-14,-17,-7,-12,-21,-20,0,-13;
MA   /I: I=-8; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
MA   /M: SY='G'; M=-5,9,-16,14,-1,-19,18,-6,-21,-6,-16,-13,5,-8,-6,-8,0,-8,-16,-16,-14,-3; D=-8;
MA   /I: I=-8; MI=-21; MD=-21; IM=-21; DM=-21;
MA   /M: SY='N'; M=-3,9,-13,3,-5,-13,17,-2,-16,-5,-16,-11,18,-11,-5,-5,3,-5,-16,-17,-13,-5; D=-8;
MA   /I: I=-8; MI=-21; MD=-21; IM=-21; DM=-21;
MA   /M: SY='Q'; M=-5,0,-16,0,8,-19,-11,0,-14,17,-14,-3,0,-5,18,11,-3,-5,-13,-11,-5,13; D=-8;
MA   /I: I=-8; MI=-21; MD=-21; IM=-21; DM=-21;
MA   /M: SY='D'; M=-7,14,-17,18,16,-19,-13,-6,-19,0,-15,-15,4,-5,2,-5,6,10,-14,-25,-12,9; D=-8;
MA   /I: I=-8; MI=-21; IM=-21; DM=-21;
MA   /M: SY='G'; M=0,-12,-25,-14,-17,-21,28,-20,-15,-20,-19,-11,-2,-18,-15,-20,5,-8,-12,-25,-21,-17;
MA   /M: SY='Y'; M=-4,-17,-23,-22,-14,16,-20,-4,-11,-3,-6,-5,-12,-23,-11,9,-10,-8,-8,-1,19,-14;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-27,14,-37,-30,-6,-37,-30,27,-30,8,8,-20,-26,-23,-30,-17,-10,18,-29,-9,-30;
MA   /M: SY='R'; M=-10,-8,-25,-6,8,-20,-22,-10,-15,18,-15,-7,-7,-16,2,23,-8,-8,-5,-25,-12,4;
MA   /M: SY='N'; M=-10,40,-20,20,0,-20,0,10,-20,0,-30,-20,60,-20,0,0,10,0,-30,-40,-20,0;
MA   /M: SY='C'; M=-7,-23,82,-30,-30,-14,-30,-30,-12,-27,-11,-11,-23,-37,-30,-27,-10,-7,8,-44,-24,-30;
MA   /M: SY='Y'; M=-14,-17,-30,-17,-20,12,-1,8,-12,-13,-9,-6,-14,-27,-13,-13,-14,-13,-16,15,48,-20;
MA   /M: SY='T'; M=8,-11,-13,-19,-13,12,-14,-18,-9,-16,-9,-9,-6,-16,-16,-15,11,14,-2,-18,-3,-13;
MA   /M: SY='T'; M=-7,-4,-17,-11,-16,-1,-20,-7,2,-11,-7,-4,1,-23,-13,-11,0,10,5,-19,8,-16;
MA   /M: SY='G'; M=9,5,-22,-4,-12,-25,33,-11,-27,-12,-25,-18,15,-18,-12,-14,5,-9,-23,-26,-25,-12;
MA   /M: SY='A'; M=23,-3,-15,-8,7,-20,-10,-15,-15,-5,-12,-12,-5,-8,-3,-13,10,10,-7,-25,-18,2;
MA   /I: I=-12; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='V'; M=0,-30,-10,-30,-30,0,-30,-30,30,-20,10,10,-30,-30,-30,-20,-10,0,50,-30,-10,-30;
MA   /M: SY='S'; M=5,-7,-15,-10,-7,-15,-10,-15,-3,-15,-18,-10,3,-12,-5,-15,25,13,0,-35,-15,-7;
MA   /M: SY='A'; M=26,-7,-15,-12,-10,-22,17,-17,-20,-12,-21,-15,-2,-12,-10,-17,16,1,-10,-26,-22,-10;
MA   /M: SY='S'; M=12,-5,-15,-10,-5,-18,-9,-13,-17,0,-17,-12,0,-12,-3,6,15,14,-7,-27,-15,-5;
MA   /M: SY='R'; M=4,-8,-25,-10,-5,-25,7,-12,-28,13,-22,-12,-2,-15,-2,17,-3,-10,-18,-20,-17,-5;
MA   /M: SY='A'; M=21,-7,-20,-12,-3,-28,10,-11,-20,-6,-17,-9,-5,-12,8,-11,5,-7,-15,-20,-19,2;
MA   /I: I=-10; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
MA   /M: SY='G'; M=-2,-5,-23,-5,-8,-23,31,-13,-28,2,-23,-13,0,-13,-8,-3,-2,-13,-20,-15,-18,-8; D=-10;
MA   /I: I=-10; MI=-25; IM=-25; DM=-25;
MA   /M: SY='A'; M=21,-20,-16,-28,-20,-10,-18,-25,16,-18,3,3,-17,-17,-17,-23,-3,-3,20,-22,-12,-20;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='G'; M=-3,-16,-30,-19,-23,-21,38,-23,-14,-23,-15,-8,-6,-20,-20,-23,-6,-17,-12,-20,-21,-23;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-30,-30,-40,-30,0,-40,-30,50,-30,20,20,-20,-20,-20,-30,-20,-10,30,-20,0,-30;
MA   /M: SY='A'; M=22,-12,-12,-19,-12,-10,-13,-20,-3,-14,3,-3,-12,-14,-12,-17,4,12,2,-23,-13,-12;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='Y'; M=-13,-16,-25,-16,-9,-5,-25,1,-4,2,-7,0,-13,-23,6,11,-11,-8,-2,-8,16,-4;
MA   /M: SY='L'; M=4,-25,-20,-30,-20,1,-25,-22,20,-25,29,13,-23,-23,-18,-22,-18,-8,12,-20,-5,-20;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /GENERATED_BY="pfmake -2 -E 0.4 profile1Weighted.msf /home/francois/frichard/Tools/pfmake/matrices/blosum45.cmp";
//